PSSM矩阵的生成（ncbi-blast

PSSM矩阵的生成（ncbi-blast-2.9.0±win64）
参考链接：https://blog.csdn.net/sxz940613/article/details/97102046
https://blog.csdn.net/sxz940613/article/details/83993804
https://blog.csdn.net/cpc784221489/article/details/88879650
1.下载ncbi-blast,下载地址为：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/，选择适合自己电脑的。我下载的是ncbi-blast-2.9.0±win64.exe
2.安装及环境变量的配置
下载完成后运行ncbi-blast-2.9.0±win64.exe，可自行选择安装目录（D:\protein\ncbi-blast-2.9.0\blast-2.9.0+）因为自己第一次弄把安装路径弄得有点繁琐。
然后配置环境变量：计算机右键属性——高级系统设置——环境变量

新建变量BLASTDB（D:\protein\ncbi-blast-2.9.0\blast-2.9.0+\db）——配置path路径（在后面加上（“；D:\protein\ncbi-blast-2.9.0\blast-2.9.0+\bin”））完成环境变量配置。
3、数据库构建
可以在https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/上下载自己需要的进行构建
因为自己只想做一个简单的实验，就下载了一个很小的vector
（1）下载的数据进行格式化
用DOS命令行，转到D:\protein\ncbi-blast-2.9.0\blast-2.9.0+\db文件夹下运行格式化的命令:
D:\protein\ncbi-blast-2.9.0\blast-2.9.0+\db>makeblastdb -in swissprot -dbtype prot -title “swissprot” -out sp
切记swissprot要改成你自己下载的数据库名称完成后，本地数据库就建立完成。
sp是自己建立的数据库的名称 对应在下文中生成pssm 用的数据库
（2）生成pssm文件
D:\protein\ncbi-blast-2.9.0\blast-2.9.0+\db>:psiblast.exe -db sp -query vector -evalue 0.001 -num_iterations 3 -out_ascii_pssm 1.pssm

C:\Users\86150\Desktop\PSSM\blast\bin\psiblast.exe -db lxsp -query 1.txt -evalue 0.001-num_iterations 3 -out_ascii_pssm
1.pssm

会输出一个1.pssm的文件
用notepad之类的打开