故事开始，失去妈妈的秀琳和继父一同来到了一个小岛上生活，秀琳刚来学校加之性格孤僻，在班上很不受待见，这时她遇到了隔壁班的成珉。
成珉和秀琳有许多共同之处，一来二去，他们成了彼此要好的朋友。同时，秀琳发明了一种文字，只有成珉和她两人看得懂。
他们在山上找到了一所旧房子，这里也理所当然的成了他们二人的秘密基地。随着故事的发展，二人感情逐渐升温，小朋友的感情就是那么简单且直接，秀琳和成珉一吻定情。
画面一转，成珉和他的小伙伴大胖和小瘦商量着去看炸矿现场，恰巧被路过的秀琳发现了，于是四人一起去了山上，在无聊的等待时间里，他们发现了一个树洞，好奇心催使他们去一探究竟。
他们爬进树洞后发现里面别有洞天，一个小谭下竟然有一颗发光的怪蛋，当他们把怪蛋拿出洞穴后，却又发现怪蛋不再发光。
出了洞穴以后，几人正在商量该怎么处理这只怪蛋，这时秀琳发现妈妈送给自己的发卡掉在了洞里，于是一个人爬进树洞寻找，找到发卡的同时，秀琳也发现洞里竟然还有一颗怪蛋，此时突然发生了一起地震，秀琳吓坏了连忙往洞外跑。
当秀琳出来了却看不到成珉、大胖和小瘦的踪影，只有地上留下的怪蛋碎片。惊慌失措的秀琳在山上迷了路，最终手机没电，昏在了山上。
四位孩子的失踪的消息轰动了本就不大的小岛，经过警方的全力搜山，发现并及时救治了昏迷在山上的秀琳，可其他3个小男孩却怎么也找不到。
几天后，搜救队在海滩上发现了大胖的尸体，群众再次轰动了起来，秀琳在被警官问话时，说出了怪蛋的事，可是警官们并不相信，只觉得她在编故事。
又过了几天，秀琳出门时在山上遇到一个奇怪的男子，男子认出是秀琳，自称是成珉，想要接触秀琳，这可把秀琳吓坏了，连忙跑开报警了。警方随即搜山，发现一本厚厚的画满奇怪符号的记事本，以为是秀琳掉下的便归还给她，秀琳拿到本子，惊奇的发现上面正是成珉用她发明的文字记录下的整个事件的来龙去脉。
原来秀琳回树洞时，三位小伙伴忍不住好奇将怪蛋砸碎了，此后，他们惊奇地发现整个小岛的时间都停止了，只有他们三人不受影响。
起初，他们沉浸在时间停止的新奇之中，愉快的在小岛上做自己想做的事，肆意的吃喝玩乐，因为时间禁止，食物也不会变质，更恶劣的是，她们还偷看女生的裙底，以前不敢做的事，他们都可以放心大胆的做。
但是兴奋过后，便只剩下了孤独。三人想到了会不会只是小岛的时间停止了，外面的世界没有，于是他们整装待发，准备划船到外面的世界看看，可是计划很快失败了，时间停止了连水也是静止的，他们根本划不动船！没办法，三人只好继续在小岛上生活，好在他们都很乐观，很快发现了有趣的事做。
好景不长，有一天，大胖突发哮喘，成珉和小瘦也沉迷在漫画里面，没在大胖身边，当他们回去准备分享快乐时，发现大胖已经静止的死去了，这时，一向最为坚强的小瘦哭了。成珉和小瘦将死去的大胖拖到沙滩上埋了。
不知过了多少年，成珉和小瘦也长成青年，成珉说道，会不会当他们20岁成年时，时间就能恢复。于是二人兴冲冲地做起了准备，然而在他们成年之后，时间依然是静止的，二人逐渐陷入了绝望之中。
成珉疯狂地沉浸在雕刻秀琳的木雕之中，好让自己不去想那么多，可是小瘦却终于受不了了，留下小时候的衣物独自跳入海里。当成珉发现时，也接受不了这个事实，这时候这个小岛上只有他一个人，孤独更加肆虐，他也学着小瘦，一头扎进海中。
不知道是时间禁止的魔咒在三人都不复存在的时间边缘瞬间解除，还是单纯的主角光环作祟，反正三个小伙伴只有成珉活了下来，他被冲到了海岸上，这下子成珉被恢复过来的世界吓到了。
秀琳看到这里，相信了那个奇怪的男子就是成珉，并想让孤儿院的院长认出长大后的成珉，可是消失这么多年突然出现，院长看见成珉后，眼中也只有恐惧和害怕，成珉看到院长的表现后，明白了世人不可能相信他就是成珉了。
秀琳知道后，想到了之前树洞中还剩下的一颗怪蛋，想当着众多媒体和警官的面砸开它，这样大家就能相信了，可是成珉明白时间静止后有多痛苦，甚至还可能付出生命的代价，死活不同意这个做法，于是和秀琳商量着和成珉私奔到外面的世界去。
就在这时，警方通过监控拍下了给小瘦家送小瘦小时候衣服的成珉，误认为他就是杀人凶手，并开始全岛通缉他。秀琳和成珉知道后更是加快了准备私奔的步伐，然而秀琳的继父也注意到了成珉，以为他是拐骗秀琳的恋童癖，阻拦了二人的私奔计划。
在一个月黑风高的晚上，警察找到了他们并把他们包围在了悬崖上，随即就是一阵撕扯，秀琳不慎掉下悬崖，警官为救秀琳也掉了下去，看着秀琳掉下悬崖，成珉终于忍不住砸碎了怪蛋，让时间再次静止并救下秀琳和警官，自己独自一人承受这漫无边际的黑夜。
当秀琳醒来后，发现警官和自己都在海滩上，成珉却不见了去向。事已至此，经历了大难不死的警官也终于相信了秀琳的话，可是仅他们两人相信还是没用，外界的人仍然会觉得这是在编故事。
最终，警官为了秀琳以后的正常生活，还是让她对外说谎，宣布成珉是凶手。
时光辗转，秀琳的生活也回归正常，虽然对外界撒了这么多年的谎，最后秀琳还是在心理医生那里放下心防说出了真相，使得心理医生将其写做了一本书叫《被掩盖的时间》，并拜托心理医生将一首只有她和成珉能看懂的诗发表在书籍的最后一页。
这天，在秀琳外出上学时，看见了那个熟悉的背影，慌忙追了上去，可好像是自己看错了，心灰意冷的秀琳上了船，在船上也看见了那个熟悉的身影。
她很清楚发生了什么，时间再次禁止，成珉独自一人又孤独地生活了几十年，他的头发早已花白，脸上布满皱纹，可秀琳还是能够认出他。
秀琳面对眼前的这个男人，他们相对无言，这就是与她相爱短短几天却已经倾尽了一生的人。
影片到此结束，留给人们的只有对现实社会中像秀琳一样得不到别人理解相信，最终也只能屈服，说出一个让大众相信的谎言来掩盖真相的思考。
而到底什么是谎言，什么是真相，在强大时间面前，一切好像都不重要。