单细胞分析之细胞注释-1：Azimuth

Azimuth：使用锚点整合的方法对单细胞类型进行预测，可以用于手动细胞注释结果的参考
参考网站：https://satijalab.org/seurat/articles/multimodal_reference_mapping.html
Azimuth细胞预测网址：https://satijalab.org/azimuth/

将seurat对象的count矩阵保存为rds文件，直接输入Azimuth网站进行预测

pbmc <- readRDS("pbmc.rds")
tmp <- pbmc@assays$RNA@counts
saveRDS(tmp,file = 'pbmc_count.rds')

打开网页：https://app.azimuth.hubmapconsortium.org/app/human-pbmc，点击左上角browser，上传刚刚保存的rds文件。

上传好后选择处理数据时的质控标准，然后点击map cells to reference。

运行完成后就可以在Cell Plots和Feature Plots中查看结果

用于比对的细胞：

预测的结果：

在Download Results页面下载Predicted cell types and scores (TSV)，将下载得到的结果(azimuth_pred)重新上传到R中。
查看Azimuth注释结果

predictions <- read.delim('azimuth_pred.tsv', row.names = 1)
pbmc <- AddMetaData(pbmc,  metadata = predictions)
DimPlot(pbmc, reduction = "umap", group.by = "predicted.celltype.l2") + ggsci::scale_color_igv()