6、
皇帝亲率诸军出屯南皇堂。七月三日夜，招募壮士，派将军段秀、中军司马曹浑等率甲卒一千人渡过秦淮河，乘叛军未备，发动突袭。此日黎明，战于越城，大破叛军，斩其前锋将领何康。段秀，是段匹磾的弟弟。
王敦听说王含战败，大怒道：“我这哥哥，简直是像个糟老太婆！家门衰落。大势已去矣！”转头对参军吕宝说：“我应该亲自去。”于是作势而起，但困乏难支，又躺下来，对他的舅舅、少府羊鉴及王应说：“我死之后，王应即刻即位，先立朝廷百官，然后再安排葬事。”王敦寻即去世，王应秘不发丧，用席子裹起尸体，外面涂蜡，埋在议事厅中，与诸葛瑶等日夜纵酒淫乐。
皇帝派吴兴人沈桢去游说沈充，许诺他为司空。沈充说：“三司是国家瞻望的重臣，岂是我能担任的！贿赂太厚，说话太甜，这是古人所畏惧的。况且大丈夫与人共事，应该始终如一，岂可中途改变，那谁还能容我呢！”遂举兵向建康进发。
宗正卿虞潭因病回会稽休养，听到消息，在馀姚起兵，讨伐沈充，皇帝任命虞潭兼任会稽内史。前安东将军刘超、宣城内史钟雅也起兵讨伐沈充。义兴人周蹇杀王敦所任命的太守刘芳，平西将军祖约驱逐王敦所任命的淮南太守任台。
沈充率众一万余人与王含会师，司马顾飏对沈充说：“如今举大事，而天子已扼其咽喉，我军兵锋被摧，士气沮丧，相持日久，必致祸败。今若将栅塘决堤，引湖水以灌京邑，乘着水势，以水师进攻，这是上策；凭藉大军初至之锐气，并东、西两军之力，十道并进，我军兵力是朝廷两倍还多，按理必能摧陷他们，这是中策；转祸为福，召钱凤来开会商议，乘机将他斩杀，献出他的首级投降，这是下策。”沈充上中下三策都不能用，顾飏逃回吴国。
七月十七日，兖州刺史刘遐、临淮太守苏峻等率精卒一万人抵达，皇帝当夜接见，劳军，赏赐将士各有等差。沈充、钱凤想要乘北军初到疲困，即刻发动攻击。二十五日夜，沈充、钱凤从竹格渚渡过秦淮河。护军将军应詹、建威将军赵胤等迎战，不利，沈充、钱凤到了宣阳门，拔掉栅栏，准备进攻，刘遐、苏峻自南塘横击，大破叛军，赴水淹死者三千人。刘遐乘胜追击，又击破沈充于青溪。
寻阳太守周光听闻王敦举兵，率领一千余人来追随。抵达之后，求见王敦。王应推辞说王敦生病。周光退下后说：“我远来却不得见，王公是不是已经死了！”立即找到他的哥哥周抚说：“王公已死，兄长为何与钱凤作贼！”众皆愕然。
七月二十六日，王含等烧毁大营，乘夜逃走。
七月二十七日，皇帝还宫，大赦，惟独王敦党羽不在赦免之列。命庾亮督苏峻等追沈充于吴兴，温峤督刘遐等追王含、钱凤于江宁，分命诸将追捕其党羽。刘遐的士兵颇为放纵抢掠，温峤责骂他说：“天道助顺，所以王含被剿绝，岂可乘乱作乱！”刘遐惶恐，下拜谢罪。
王含想要逃亡荆州，王应说：“不如江州。”王含说：“大将军平素与江州刺史王彬关系怎么样呢，你想去投奔他？”王应说：“这正是应该投奔他的原因。王彬在大将军强盛时，能表示不同意见，此不是常人所能赶得上的，如今看到我们困厄，必有同情之心。而荆州刺史王舒小心谨慎，岂能有出人意料的担当呢！”王含不听，于是奔荆州。王舒派军迎接，将王含父子投入长江淹死。王彬听说王应要来，秘密准备舟船迎接；结果没来，王彬深感遗憾。
钱凤走到阖庐洲，周光将他斩杀，到宫门前赎罪。
沈充迷路，误入老部下吴儒家。吴儒引诱沈充藏进夹墙中，笑眯眯地对沈充说：“三千户侯，我到手了！”沈充说：“你以大义保全我，我家必定厚厚报答你。你如果为利杀我，我死之后，你就会被灭族。”吴儒杀沈充，将首级送到建康。王敦一党全部平定。沈充的儿子沈劲也应当被连坐处死，乡人钱举将他窝藏起来，得以逃生；后来沈劲报仇，将吴儒灭族。
有司挖出王敦尸体，焚烧其衣冠，让尸体下跪，斩首。与沈充的人头一起悬挂于南桁。郗鉴对皇帝说：“前朝诛杨骏等，都是先接受国家法律制裁，然后允许家人安葬。臣以为，王诛加于上，私义行于下，应该允许王敦家收葬，这才是大义。”皇帝批准。
司徒王导等都以讨伐王敦的功劳受封赏。
周抚与邓岳一起逃亡，周光想要帮助哥哥，取邓岳人头。周抚怒道：“我与伯山（邓岳字伯山）同亡，何不先斩我！”正好邓岳来，周抚出门，远远的对他呼喊说：“何不速去！如今骨肉之亲，尚且互相残杀，何况他人！”邓岳回舟而走，与周抚一起进入西阳蛮中。第二年，朝廷下诏赦免王敦党羽，周抚、邓岳出来自首，得以免死，剥夺政治权利终身。
前吴国内史张茂的妻子陆氏，倾尽家产，率张茂部曲，率先起兵以讨伐沈充，报其夫仇。沈充败亡，陆氏到宫门前上书，为张茂不能克制叛逆请罪；皇帝下诏，追赠张茂为太仆。
有司上奏：“王彬等人，是王敦亲族，都应当罢黜。”皇帝下诏说：“司徒王导以大义灭亲，犹将就算是再过一百世，也应当宽恕，更何况王彬等，都是王导的近亲呢！”一概不问。
皇帝下诏：“王敦的助理官员，全部罢黜，帐下参佐，终身剥夺政治权利。”温峤上疏说：“王敦刚愎不仁，残忍凶暴，随意杀戮，朝廷不能制服他，骨肉亲人不能谏止他；在他的统治下，都陷于死亡恐惧，所以人们不敢开口讲话，道路上遇见熟人，都只能目视而过，就是贤人君子，也陷入穷途末路，束手无策，只能遵循韬光养晦之道，假装糊涂。探究他们的本心，岂是愿意这样吗！比如陆玩、刘胤、郭璞等人，时常与臣说到他们的痛苦，所以我非常了解。如果说他们是王敦的帮凶，自当明正典刑；如果只是身不由己，陷身于奸党，那就应该宽大处理。我认为，像陆玩等人那样的忠诚，陛下自己也知道，却要他们承担逆贼的责任。如果我默而不言，不替他们说话，实在是辜负了他们的忠心，希望陛下以仁圣裁决！”郗鉴认为，先王立君臣之教，贵在伏节死义。王敦的佐吏，虽然都是被逼，但是，进不能止其逆谋，退不能脱身远遁，按照古训，也应受到大义责备。皇帝最终听了温峤的意见。
华杉曰：
王含、王应父子兵败逃亡，该投奔谁？王彬还是王舒？王应认为应该投奔王彬，可见他有一定见识。王敦立他为继承人，是有道理的。
为什么呢？王彬这样的人，行得正，有浩然之气，敢自己做主，他之前昂着脑袋顶撞王敦，王敦威胁要杀他，他还能骂回去，今天他就能反过来保护王敦的人。而且他之前对王敦的激烈态度，也能让朝廷容忍他今日对王含、王应的保护。反过来，王舒呢，他跟你关系好，要有多好的关系，才能冒着杀头危险保护你呢？没好到那个地步！
政治斗争，江湖来往，都是博弈，王彬这样的人，活得坦荡，活得透明，人人都知道他的心，他反而安全。因为杀戮，都是因为不知道对方怎么想，不知道他会怎么做，所以杀掉他才能保证自己安全。宁可错杀一千，不可放过一个，就是这个道理。
透明是一种力量，我称之为“透明力”。就是现在，处理好多问题也是“一刀切”，因为搞不清楚，领导就划一条自己最安全的边界切一刀，他自己也知道肯定切错了好多人，但是把这当“正常成本”了。还有“理论”，叫做“哪个庙里没有冤死的鬼！”你如果一直建立了“透明力”，谁都知道你怎么回事，你那一刀，就可以自己切。
坦荡、透明地生活，是一种幸福，但是你必须放弃一些东西，处理任何事情，任何情况，始终按自己的原则办，不会有任何选择性，不为任何眼前利益所动，这样坚持二十年，全天下都会认你的原则，而且都欣赏你的原则，遇到你的事，就按你的原则办。因为你真正把每一次无论大小的博弈，都当成终身重复博弈，而不是一次博弈，绝不“具体情况具体分析”，不出权宜之计。
危难时刻该投奔谁，再讲一个故事：
二战时期，有一家犹太人，四兄妹，爸爸妈妈都被抓紧集中营了，接下来就是他们，该去投奔谁。兄妹四人分为两个意见，一个认为应该去投奔之前爸爸妈妈帮助过的朋友，因为他们应该回报我们。一个认为应该去投奔之前帮助过我们的朋友，因为他们会继续帮助我们。
哪个对？
后一个对！
你帮助过的人，只是你记得你帮助过他罢了，他可不一定记得。再说，多大人情，能让人家冒生命危险来回报呢？而帮助过你的人，你放心，他一定记得！而且他会继续帮助你。这是一个心理学问题，人们会在他已经下注的地方继续下注，跟打德州扑克一样，继续跟！他这次如果不帮你，之前就白帮了。
兄妹四人不能达成一致意见，于是分头行动。结果呢，投奔之前帮助过他家的，得到保护，活下来了。投奔之前他家帮助过的人，被送进了集中营，上了烟囱。
以这犹太兄妹的故事再看王彬。他如果杀了王含父子，他和王敦就是私仇。他若保护王含父子，他就是大义凛然。王应看到了这一点，王含没看到。
7、
冬，十月，任命司徒王导为太保、仍兼司徒，加殊礼，西阳王司马羕兼任太尉，应詹为江州刺史，刘遐为徐州刺史，替代王邃，镇守淮阴，苏峻为历阳内史，加授庾亮为护军将军，温峤为前将军。王导坚决推辞不受。应詹到了江州，吏民人心尚未安定，应詹抚慰怀柔，吏民莫不悦服。
8、
十二月，凉州将领辛晏据守枹罕，不服从命令，张骏将要讨伐。从事刘庆进谏说：“霸王之师，必须天时、人事相得，然后发动。辛晏凶暴狂妄，残忍好杀，必定会自取灭亡；何必在饥年大举兴兵，在酷寒季节去攻城呢！”张骏于是停止。
张骏派参军王骘出使前赵报聘，赵主刘曜对他说：“贵州和好的诚意，你能保证吗？”王骘说：“不能。”侍中徐邈曰：“你来结好，又说不能保证，什么意思呢？”王骘说：“齐桓公贯泽之盟，忧心忡忡，诸侯不召自至；葵丘之会，沾沾自喜，立即有九国叛离。赵国的教化，如果一直能保持像今天这样，就可以保证；如果政治败坏，教化堕落，就是自己眼前的变化都看不见，何况鄙州呢！”刘曜曰：“这真是凉州的君子啊，选择使臣，可以说是选对人了！”送上厚礼，遣返他回去。
9、
这一年，代王贺傉开始亲政，因为诸部落很多还没有臣服，于是筑城于东木根山，搬进去居住。