人是由基本的原子构成，那么原子是不会思考的，为什么原子所组成的人就能思考？

你陷入了机械唯物论的怪圈了。当然你这个问题是很有水平的，这涉及到我们认识论上缺少的一个训练，那就是：衍生论。

世界上所有的东西都是原子构成的，类似你提出的问题可以提很多，比如铁原子与硅原子是不能做计算的，为什么它们做成的电脑（计算机）能看电影玩游戏呢？

人确实也是由原子构成的，这种说法是典型的“还原论”，我们除了要有“还原论”的思维，还要有“衍生论”的思维，所谓“衍生论”其实是基于统计物理与固体物理学，这个观点认为多原子的相互作用能衍生出新的物理规律。比如单个原子不可能是超导体，但一桶水银在低温下就可以有超导性，而且这个超导的物理规律是衍生出来的——不是那种基本规律。人的思维与超导现象其实也是一样的，人的神经网络有大量的原子构成，这些原子的相互作用衍生出一种现象，这种现象就是思维现象。所以，在衍生论种，一切现象都是多体原子的相互作用激发出来的。