sam转bam文件报错

在做BWA比对到参考基因组后，得到sam文件，在进行sam转bam时候遇到一个报错：

[W::sam_read1] parse error at line 1

[main_samview] truncated file

打开sam文件看看

less -S sample.sam

image.png

sam文件的header第一行多了一行文字

[M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs

然后我用关键词搜了一些错误，发现真的有前辈遇到过。以下是前辈的原文。

开始接触ubuntu和生物信息分析，

作为初学者，没有人带路，属于摸石头过河

在用bwa mem比对的时候，遇到过几次sam文件不能被samtools识别，后来也不知道是什么原因就又识别了，所以也没在意，最近又遇到了，就尝试解决一下

尝试了几次发现原因主要是bwa的安装问题，我用 apt-get install bwa安装bwa，可以使用nohup bwa mem进行比对，也可以被samtools识别

因为ubuntu自带的bwa版本低一点，所以就重新下载，自己安装了一个，再次运行 nohup bwa mem的时候，sam文件中，第一行为

[M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs

这样的sam文件是不能够被识别的，导致了不能进行下去了。

但是如果去掉nohup即可

我后来采用的是建立sh文件，然后nohup 运行.sh文件，运行没问题


总结如下，bwa mem比对结果错误，sam文件不能被samtools识别的原因之一是bwa安装的问题！

写这个初级的帖子，为后来人遇到同样问题的人，在百度搜索的时候能够找到能解决问题的帖子！
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先前出现错误结果的原因是直接在命令行下面使用nohup bwa。根据前辈的经验我把运行代码放进sh文件中，就没问题了。