2019-04-01 文献阅读 circAtlas

circRNA database

circAtlas

这是一个脊椎动物circRNA整合数据库，包括人，猴，小鼠，大鼠，猪，鸡共6个物种。
数据库界面主要利用bootstrap框架，logo赶脚怪怪的，现在大家都喜欢用太极主题了咩

检索

数据库可以通过物种及ID对数据库的数据进行浏览，利用DataTables jquery插件对结果表格进行展示，并且使用server side processing，加快浏览速度。

circRNA保守性分析

这项功能主要是依赖于circRNA的全长转录本，赵老师之前的工作CIRI-full可以挖掘出全长转录本，因此可以更好地进行这项分析。

ID 转化功能

目前circRNA的数据库太多，作者在这里通过提供染色体，起始，终止，链方向的信息，进行ID mapping。应该类似注释文件merge或crossmap工具

circRNA的ORF寻找

搜索circRNA的ORF，有研究表明circRNA可能翻译，所以这个功能还是有意义的。
和NCBI的orffinder进行比较，发现其输出是一样的，应该和其实现原理差不多，六框翻译之类的。
但是circRNA因为其环状，序列分析和线性分析应该不同，可能会有重复n次之类的，这个可能需要再考虑一下。

circRNA中IRES(internal ribosome entry site)预测

预测circRNA中的内部核糖体进入位点，circInteractome中是这么预测的

The sequences of reported IRES were downloaded from the IRESite (http://iresite.org/), which contains information about experimentally validated IRES sequences.⁵⁰ These IRES sequences were analyzed against mature circRNA sequences to find out the presence of IRES in circRNAs; 99% similarity between the IRES sequence and the mature circRNA sequence was allowed (Fig. 1). IRES sequences present in circRNAs were further analyzed against the RBP CLIP cluster sequences to identify binding sites of different RBPs in the IRES sequences of circRNAs

Interaction

• RBP 预测circRNA可能结合的RNA binding protein，来源于ChIP-seq数据库(GTRD)
• miRNA 预测circRNA可能结合的miRNA

二者应该都是通过全长的circRNA序列利用生物信息学工具进行预测

Disease

疾病相关的circRNA 的list，文献挖掘或是其它数据库的整合。

文献部分

这篇文章主要就是作者的分析了。

数据来源

作者测了3个物种的数据，分别用

• RiboMinus 和 RNase R (鉴定circRNA，但是RNase R会破坏线性转录本)
• poly(A) enrichment （mRNA，lncRNA等表达定量）
• RiboMinus treatment （circRNA和mRNA表达定量）
  三种处理进行建库
  使用CIRI2, DCC, MapSplice和CircExplorer2进行分析

circRNAs detected by at least two tools and supported by at least two independent BSJ reads were kept for downstream analyses

后续分析

circRNA的可变剪切

circRNA和其母基因的表达相关性

超过一半的编码基因有linear和circular isoforms，Dominant circRNA

circRNA组织特异性和RBP蛋白

circRNA的序列保守性分析

共表达网络预测circRNA功能