如何将WGCNA导出的基因共表达网络进行可视化（cytoscape软件的使用）

WGCNA分析过程中，你可以得到edge和node的文件，里面有你某一个module里所有基因相互之间的connectivity的weight值，根据这些值你可以将它们之间的作用关系进行可视化，这里就需要用到一个软件，Cytoscape。

cytoscape软件下载网址：https://cytoscape.org/
下载方法相当简单，安装也相当简单。我用的是win10系统，这里不再赘述安装过程。（安装方法同安装微信/QQ）

先来看看我们的edge文件吧，它应该是一个csv文件（有些教程说需要node文件和edge文件，但实际上我认为只需要edge文件，因为node文件里只有基因名，而没有weight值）：

这里我的基因list里有1014个基因，相互作用的connectivity有几十万个条，当然不可能将几十万条关系网都画出来，根本看不清，画出来就是一大坨，而且电脑有可能会挂。所以在使用cytoscape前，最好按照weight值进行排序，选取weight值在某一个范围内的来进行可视化。这里Source和target的意思是“某一个基因作用于另一个基因”。我选取的是weight值大于0.35的，因为最大也才是0.44。这里一共是800多个connectivity，实际上也很多了。（我感觉如果你想看清每一条edge，最多不能超过100条）

打开cytoscape后，是这样的界面：

点击File>>>Import>>>Network from File,然后选择你的edge文件。然后会弹出：

如果你的文件里Source,Target,Weight三列没有问题，这个过程并不会报错，然后点击OK。

这时右上方会展示出你的网络图。这个网络图太难看了，我们需要把它优化一下（鼠标滚动可以放大缩小）。首先点击最左侧一栏的“Style”,然后在弹出的页面里点击“Default”旁边的箭头，可以选择不同的样式，目前这个蓝色框框太丑了：

然后在左边控制栏里：

比如我选择了“Gradient1”的模板样式，然后调整了node的颜色、渐变的模式（放射渐变还是线性渐变）、背景颜色调成白色（原来是黑色），还有基因label的文字大小：

那么你的weight值该怎么进行可视化呢？

调整后：

这样一来，你的edge线就有粗有细了

调整基本的颜色和形状外，你还可以将你的source node和target node展示出来，即展示这些相互作用是哪些基因作用于哪些基因：

调整后：

这样一来，你的edge的粗细不一样了，而且还表明了从哪些基因作用于哪些基因。

那么如果你对其中某一个基因感兴趣，想把它用不同的颜色展示出来，该怎么做呢？首先你要点击你想改颜色的node,然后你可以在左边node栏里：

更改后，你会发现你选择的node的颜色不一样了：

到这一步你会发现，我有100多个基因，800多条connectivity，我怎么能知道每一个node都对应了多少条connectivity?你可以在你原始的edge文件里自己去计算，当然很麻烦，那还有一个方法可以让你直接获得这个数据，点击最上面的工具栏“Layout”,选择“degree sorted circle layout”，然后你会发现页面右下角会出现：

你可以点击“degree”上面的黑色文件似的向外的箭头，那是“export”，就会得到一个表格，里面有所有的基因和它对应的edge数量。

最后不要忘记保存你的图：File>>>Export>>>Network to File/Network to image.