龙宫是一个传说。传说那里有美味的佳肴和迷人的舞姬，龙宫的公主被誉为“深海里的珍珠”，她掌管着这个强盛美丽的移动桃源乡。传说曾有一位叫做浦岛的男人到了那里，玩到老才回自己星球去。
阿银三人组在海滩遇到了偷拍女性的龟梨，在盘问他的时候得知他是住在龙宫里的海龟。龟梨为了平息自己偷拍女性照片的事，答应带阿银三人去龙宫。中途发生了意外，阿银三人，龟梨，九兵卫，阿妙，假发还有长谷川八人被冲到了一个无人岛。在八人搞笑的再次遇见并撞见莫名士兵之后龟梨告诉他们，其实他们是他寻找和他一起对抗乙姬的人，而龟梨真实的身份是乙姬的大楼主亲卫队队长。乙姬，那个传说中龙宫的主人，美丽的女人。
能够回去的地方已经不存在了。江户的人已经全部变成了老人。这一切都是因为叫做玉手箱G的东西。同时，假发和阿银因为不小心触碰了龟梨的玉手箱G样本而变成了老人。
八人敌不过龙宫士兵而被抓。阿妙被带去见乙姬大人，同时神乐和新八几人逃出了地牢。龟梨说，乙姬活了三千年，曾经美丽的容颜已经消失，为了留住美貌乙姬派出许多士兵寻找返老还童之法，在研究过程中却意外发现了反产物玉手箱G,一种促老化武器。既然没有办法让自己变年轻美丽，那就让世上所有人都变老变丑，自己就是最美丽的那个人了。为此乙姬准备将龙宫飞到江户的中心上方发射相当于十万个玉手箱G气体的天元寿老炮，将地球变成真正的老龄化星球。
龙宫曾是不受任何拘束和侵扰的桃源乡，那样的龙宫为什么会沉到如此偏远星球的海底？很久以前，一个年轻人救了龙宫使者，乙姬对心地善良的年轻人颇有好感，对他热情款待，然而跨越行星国家经历遥远行程的龙宫和地球的时间相差很多，当男子回到地球时，他所有爱的人都已经不在了。乙姬听闻此事伤感不已，将龙宫沉入这个岛国的海洋中，再未飞起。那么曾是那样美丽并且品德高尚的人又是为何变成现在这个样子的呢。
三千年，太漫长了。在这漫长的等待岁月中，乙姬已经失去了重要的东西。她产生的这样自私的想法，为了自己而牺牲他人不顾把这个世界变混乱的想法让新八一行人无法忍受，并决心拯救地球，摧毁乙姬的天元寿老炮计划。几人兵分三路前往乙姬和阿妙所在之处。
阿妙与乙姬起了争执。阿妙说，把自己看不顺眼的人杀掉，把比自己漂亮的人变老，做这种事情的乙姬永远也得不到美丽。就算乙姬得到了青春，穿着华丽的衣服，乙姬也很丑陋，丑陋到让人发笑的内心。
乙姬捏着阿妙的脸咆哮到“年轻美貌的你又懂些什么，在几千年的岁月中独自衰老却又必须要活下去的女人的心情，一个人变得丑陋腐朽却不能死去我的心情”。
“上了年纪的人又不只你一个，无论多么漂亮的人最后都会变得满脸皱纹然后死去，即使如此，就算外貌和身材都变了，不是还想让什么东西一成不变吗，就算这个身躯毁灭了，不管经历多少岁月，也会想去相信那些无法毁灭的东西吧。”
阿妙在被沉入有鲨鱼的水里前说道。
同时新八、假发和阿银躲避士兵时进入到一个奇怪房间。一个男人被放置在机器里，安静的沉睡着，根据旁边的电脑屏幕显示，新八等人了解到原来这个人就是浦岛。乙姬把他放在冷冻睡眠装置里，希望有一天他能再醒过来，并且希望他再醒来的时候看到的自己依旧是以前那个美丽的熟悉的容颜。
广阔闪烁的星空像撒着珍珠般耀眼，身边的男子说“我，还是第一次看到这么美丽的东西”，乙姬在扇后笑笑。男子认真说道，“乙姬大人，你真的很漂亮”。
她是龙宫的公主，是深海里的珍珠，这样廉价的台词，曾经有像星星那么多的男生对她说过，可是那时，只有这个人说出来的话让她如此难忘，就算过了几千年也只有这个人的话还停留在脑海里。
多想再见他一面，无论是花上几百年还是几千年。
乙姬自己也不知道她的做法对不对。浦岛因为感叹孤独而选择了死亡，如果将来有一天他醒来。面对的仍是像曾经一样，茫然一片的陌生的世界。到那时，自己又该对他说些什么呢？乙姬认为也许自己一直在相同的错误上重蹈覆辙，然而就算如此，因为那千年都无法忘记的廉价的台词，她还是想再次与那人相见。
乙姬无疑是爱着浦岛的，只是她用了错误的方法。
“你这样做到底谁会高兴，你一直等待的那个人，会希望你做出这样的事吗？”
面对阿妙的问题，乙姬已经不会去想了，她对浦岛的爱已经成为了一种执念。千年的漫长岁月，执念越来越深，深入骨髓，执念到只剩对浦岛的爱，其他应该思考的问题早就全然化为乌有了。
正如假发说的那样
乙姬没有明白，真正爱一个人不是对她皮囊的执着，而是她内心深处的灵魂。用阿银的话来说就是“比起年轻美貌什么的来说，即使折了腰还能笔直而走的活下去才是更难的。让灵魂保持美丽才是真正困难的事哦。”
该走的路还是应该笔直的好好走下去。于是假发和阿银两个已经老得走不动，眼睛看不清的老头儿决心去给那个三千岁的老太婆做做康复治疗。
天元寿老炮在发射时受到了不知名者的干扰，修复漏洞需要十五分钟，同时新八在屏幕上看到“去救乙姬，把抗老化的病毒疫苗散发到世界各地，期望就寄托你们了，浦岛”。假发、阿银和新八三人得到疫苗，一路奔向发射处。
即使成为了老人，即使满脸皱纹，即使腰弯曲得厉害，这群具有银魂精神的人也不遗余力的朝前走着。热血动漫的收尾当然是一番波折之后成功释放了疫苗，人们恢复了原样。
龙宫即将坍塌，乙姬被压在废墟之下。假发的一席话让她知道她一直等待的那人也一直在黑暗中思念着自己，如同相信深海中的光芒一样相信着乙姬不会迷失方向。既然不能再与那人相见，一直在暗中默默等候了几百几千年也真的累了，于是她选择和那个一直沉睡的人一同留在黑暗的深海中，至少能与他一同安睡。
任何人都不应该被放弃。重重的铁架砸下来，浓浓烟尘中阿银抗住了倒下来的废墟。
明月当空，酒馆内被女孩甩了的男人向酒馆的老妈妈哭诉，老妈妈说起自己年轻时的事，即使被怀疑也微笑着回应。新进来的客人随意坐下，他说“真漂亮啊”。
轻轻抿一口酒，他又说“这是我第二次见到这么漂亮的人啊。乙姬大人，你和以前一样，还是那么漂亮啊。”
当你老了，满脸皱纹，有一个人还虔诚爱着你的灵魂。所以，不要让自己在漫长的等待和思念中迷路，失去指引所爱之人找寻自己的光芒。