single cell RNA-seq中的合并数据

在scRNA-seq中，既需要technical replicates,也需要biological replicates。很多时候我们需要将这些数据合并后进行处理。通常我们可以选择直接合并，即不做任何改变将两组数据混合，但有时候为了消除batch effect, 我们会对数据进行一定处理。这个时候有一个方法可以派上用场：CCA（canonical correlation analysis），其具体使用可以参照SATIJA LAB开发的Seurat package.不过当我们需要比较两组的差距时，我们显然需要直接合并。这时可以用到的function常常有Whichcells, row.names, as.matrix, dim, merge等。