Pymol一些命令及使用小技巧

pymol 选择对接的分子5A 范围内的氨基酸残基

图形界面选中配体，action-modify-around 5A residues

create pocket, byres 4dxd within 5 of resn 9pc (这条命令的目的就是以残基9pc为中心，在4dxd这个蛋白质里找出跟9pc距离在5 A的氨基酸，生成一个pocket， 9pc这个残基是4dxd这个蛋白质晶体中的一个配体）

或者下面的命令
select 5Alig, byres lig around 5
show sticks, 5Alig

选择残基100.102,108-111
select res, resi 100+102+108-111

阴影关掉
set ray_shadow, off

ray 渲染下，然后保存图片(分辨率为300dpi) 及pse格式
出版社要求全版图片宽度≤2000像素，半版图片宽度≤1000像素，分辨率≥300 dpi
save pocket.pse
png h_bond.png, width=20cm, height=20cm, dpi=600