生信学习思路小分享

以下分享一下生信学习的一些小总结。
首先，进行生信分析的学习，主要分为三大块：
1.文献阅读
2.工具学习
3.数据下载

文献学习

大家学习生信的动机可能都不太同，除了自己领域上经典、前沿的文献，生信相关的文献可以帮助我们了解：
1.有什么数据我们可以应用；
2.有什么样的分析方法，分析思路；

文献阅读方面，推荐一个公众号：科研君，就是带你看文献，似乎每天都更新。
推荐一个网站：geenmedical。跟哥这个网站很多文献都有资源。文献阅读放pdf进去就能翻译。还有各种功能，入股不亏。

工具学习

R和R包的学习

这是一个比较长的过程，建议：
1.先在datacamp上进行R学习。已经学会基本的数据处理和画图后，我们基本能够读懂和修改别人的代码了。
2.然后根据自己需要在网上搜索自己分析所需要的包和代码，比如：“R 差异分析”，“R 通路分析”等，几乎都有大佬们写过教程。
3.试着自己跑一下代码和数据，熟悉R包和命令的应用，这是一个有点磕磕绊绊的过程。各种定义的学习，debug等…细节的东西找百度。
4.大量文献阅读后，我们可能有了自己课题的初步思路，按照思路，综合别人的代码，自己一步步地下数据、写代码。

ps：datacamp之前写过一篇介绍，可以戳这个链接了解一下，也可自己探索

线上分析网站的应用

GEO数据库自带GEO2R分析工具

TCGA数据库线上分析网站

有许多可以分析TCGA数据库的网站：
cBioPortal：http://www.cbioportal.org/
GEPIA：http://gepia.cancer-pku.cn/index.html
UCSC XENA：https://xenabrowser.net/

如果我们已经有了目标基因，以上三个网站是一个很好的分析工具，界面都挺整洁，可以慢慢探索一下。

免疫浸润方面分析：
TIMER：https://cistrome.shinyapps.io/timer/
CIBERSORT：https://cibersort.stanford.edu/index.php
TICA：https://tcia.at/home
TIDE：http://tide.dfci.harvard.edu/login/

其他工具性网站

STRING：PPI网络，通路分析等
GSCALite：药敏等
THPA：人类蛋白数据库
PanglaoDB：PanglaoDB is a database for the scientific community interested in exploration of single cell RNA sequencing experiments from mouse and human. We collect and integrate data from multiple studies and present them through a unified framework.
CTRP：The Cancer Therapeutics Response Portal
sanger：On this website, you will find drug response data and genomic markers of sensitivity.

有些网站需要教育邮箱才能注册，建议学校能够申请教育邮箱的同学先申请一个，说不定之后在别的地方也能用到。

数据下载

这里主要介绍TCGA数据下载，通过官网下载数据时间长且很容易卡壳，且文件都是按照标本一个个文件，下载后还得整合处理。建议通过UCSC XENA下载，有整理好的数据集：


比如我们看看肝癌的：

点进去就能下载啦。

其实就是一个简单的生信学习思路的分享，就是先了解大概，然后根据需要不停地各种拓展技能。生信方面的也还有很多不会的，后面也在慢慢学习。大家加油吧，欢迎补充。