Linux基础命令12部分
第1部分:在Windows平台下使用虚拟机安装UBUNTU系统
了解,虚拟机软件已更新,ubuntu系统也更新
第2部分:通过LS命令来理解SHELL交互
终端的介绍
终端软件的一些设置,字体,颜色,放大缩小,清屏
去可视化
参数的多样化:显示隐藏文件,显示文件大小,时间排序,文件大小排序,参数组合
shell交互命令的一般规则,命令+参数+文件(必须空格分割),命令以及参数的缩写与英文全称!
查看帮助文档的2种方式。
第三种:当前目录路径及切换
需要背诵几个特殊目录代号:. .. - ~ / 以及cd 和pwd 的功能。
相对路径+绝对路径的异同,视频提到的太少
第四种:对第三种进行回顾
相对路径与绝对路径需要强化认知
第五种:创建 和删除
涉及到的命令:touch mkdir tree rmdir rm 以及它们的各式各样的参数
了解命令+参数+文件(必须空间分割)的股则中的文件是可以扩展的
了解通配符的扩展形式和规则
要理解删除的命令
到此可以练习生信人的20个liunx题目
第六种:文件的拷贝,移动和重命名
涉及到的命令:cp mv 以及它们的各式各样的参数,内容冗长
第七种:文本简单的操作
涉及到的命令:cat tac head tail more less以及它们各式各样的参数
相对路径+绝对路径区别
老旧编辑器ed ,只能是已有文件的追加编辑,理解a . w q 这四个功能即可!
还有nano编辑器的ctrl+o,crtl+x命令,不过最后都推荐vim编辑器,需要记下来 i:wq 语法。
缺少管道功能,wc命令,还以>的讲解。
第八种:使用TAR命令打包
主要是c和x参数打包和解包操作都是 先压缩包文件名再加上包里面的内容的文件名列表,但是我们解包通常是解压包内所有的文件,所以可以省略掉文件名列表
解压到指定文件夹,注意-C和-c参数的区别
第九种:BZIP2 和GZIP的压缩
就是gzip和gunzip互补命令,还有bzip2和bunzip2互补命令
了解打包与压缩的结合命令,及时zxvf,jxvf,zcvf,jcvf的组合命令参数
还可以学一下Ggz国产压缩,还有NCBI的sra压缩作为扩展
第十种:文件的查找
涉及到的命令:whicn,whereis,locate,find以及他们的各式各样的参数
了解linux系统自带了一个文件记录数据库,每天更新,管理员权限,所有locate命令非常快。
能查找到,是因为环境变量
第十一种:软件安装
离线安装使用sudo dpkg -i命令,比如学习“我是如何安装rstudio和shiny-server的deb包文件”
在线安装使用sudo apt-get install 命令,需要注意软件源
真正的生信软件还需要学习conda或docker
第十二种:使用LN链接文件
软硬链接的概念和异同点,还有其使用场景,文件名和内容是分离的
硬链接,多个文件名对应同一个磁盘的内容,修改也是同步的
软链接对应windows的快捷方式,并不会真正对应磁盘的内容