2019-07-02 在R3.5.2上安装Monocle3失败及解决

按照官方的文档安装Monocle3，及其相依关系，结果屡屡失败。

https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3/monocle3_docs/#constructing-single-cell-trajectories

这些相依关系的安装没有问题。Optional安装一个Python包，louvain，但是因为anaconda总是连不上，按照网上的帖子改镜像，改default，都试过了还是不行，崩溃。我已经放弃这个操作了，反正也写了是optional的，用到的时候再说。

继续安装monocle3失败报错： devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3')

看样子是cluster_cells.R出了问题，然而并不知道这种问题怎么解决，google也没搜到，到github上搜到一个issue

https://github.com/cole-trapnell-lab/monocle-release/issues/351 那就学着人家那样，把源码clone下来，然后试试看修改一下。

安装Github桌面版，然后Clone到自己的一个文件夹后，没有改源码，而且不知道怎么手动安装R包，手动安装的R包不是应该是压缩格式吗？这个解压后的文件夹难道要重新压缩一下吗。网上大神就是多，随便一搜就查到了解决方法https://blog.csdn.net/Allen_jinjie/article/details/79805339

install.packages("PATH/monocle3",repos=NULL,type="source")

，

虽然还是有一些error，但是好像library没有问题。cluster_cell这个函数貌似也可以正常使用。

困扰了好久的问题，终于解决了。不知道为什么monocle2那么好装，monocle3就这么费劲。