R语言循环多个文件画图生成一个or批量生成多个pdf文件

这是我第一次写上面的文章，为什么这一次提笔想记录一下整个下午自己遇见问题，解决问题的过程，以前都是自己解决完问题记录在有道云笔记上就OK了，今天感觉像这样的过程在以往的科研生活中遇见了很多次。遇见问题，解决问题，实验室的师兄师姐都有各自的事情忙，科研的道路上又不是一味的问别人请教别人，想想请教别人的前提还是得自己先谷歌百度，实在不能解决了再请教别人才更能理解别人在说什么，但是也有一个问题存在，问多了别人别人也没有那么多空闲时间来帮你，偶尔问问别人也不是不可，但总之一句话还得靠自己。下面我将我所遇见的问题及解决方法进行记录，并发表，希望更多的人能看见解决问题，节约时间去解决更多的问题。

背景

我有多个数据格式形式一样的文件，想循环所有文件，并将画出来的图存在一个pdf中或者一个文件生成一个pdf。根据个人需要，这两种结果会带来不同的方便。
（1）生成一个pdf：循环所有文件，将所有图生成在一个pdf中有利于查看，不用一个一个的文件打开。
（2）每个文件生成一个pdf:根据需求，避免重复繁琐的工作量。

解决问题过程

根据我的需求进行了谷歌以及百度的搜索，进行过相关词“R循环画图保存到1个pdf”、“R语言中使用ggsave保存”，“R语言批量画图”等等相关词，但是，然而，可是~做科研有时候就是这样，你想搜索的东西没有完美的匹配度，有人也做了相关的回答，但是不是你想要的那个样子，又或者是说没有你想要的那种结果，再或者是科研工作者们有很多已经解决了这个问题，但是像我开头说的那样自己会了记录到自己的笔记上，其他人遇见类似的问题反反复复，复复反反的谷歌百度还是查不到自己想要的东西。介于此，我这一次想记录下来，让更多的人看见，以后可以遇见这个问题很快解决。

如何解决（附上相关代码）：

1.有多个格式相同，命名相似的文件，循环每个文件画图，每个文件生成相应的pdf文件

setwd("C:/Users/Hilary/Desktop/test") 

file=list.files(getwd(),pattern = ".txt")  ###将当前工作目录下文件名为.txt的文件找出

len=length(dir("C:/Users/Hilary/Desktop/test"))   ###len当前路径中文件的个数

for (i in dir("C:/Users/Hilary/Desktop/test")){

  name=sub(".txt","",i)     ###将文件名中.txt前面的名字提出来，也为了后面批量生成文件名准备

  cc <- paste("C:/Users/Hilary/Desktop/test","/",i,sep="")   ###正确的找到文件的路径及名称

  data<-read.table(cc,header=F,sep="\t")  ###读取文件

  names(data)=c("group","RI")   ###data列名

  p<-ggplot(data=data, aes(x=group,y=RI))+geom_boxplot(aes(fill=group),outlier.shape= NA)

  ggsave(p,file=paste(name,".pdf",sep=""))   ##ggsave批量生成name变量为名字的pdf文件

}

2.有多个格式相同，命名相似的文件，循环每个文件画图，每个文件所画出来的图生成到1个pdf文件中

setwd("C:/Users/Hilary/Desktop/test")

file=list.files(getwd(),pattern = ".txt")

data_all <- lapply(file,read.table)  ###运用lappy函数进行file一个个存在列表里

pdf("plots.pdf")

for(i in data_all){

  p<-ggplot(data=i, aes(x=V1,y=V2))+geom_boxplot(aes(fill=V1),outlier.shape= NA)

  print(p)  ###这一步简单又重要，当时自己就是卡在这里，知道这个命令的觉得很简单，不知道的就得查好久

}

dev.off()

以上便是，用R语言循环多个文件画图生成一个or批量生成多个pdf文件的解决方法啦，还是希望越来越多的人可以看见，遇见类似的问题可以很快的解决，不要像我一样不会的话一卡就卡了一下午，各种搜还都不到好的结果。

祝各位科研顺利，一路畅通（咦，虽然畅通有点点夸大）但是希望总是要有的。
科研路上奋斗的小猪猪
2019年3月25日