R下载合并ENCORI RBP（RNA binding protein）靶基因数据

前面给大家简单介绍了

☞starbase（ENCORI）数据库介绍（一）

☞RNA相互作用神器——ENCORI

也给大家介绍了如何从ENCORI批量下载miRNA的靶基因，并且合并成表格。ENCORI数据库不提供整理好的结果一次性下载。

☞R下载合并ENCORI miRNA靶基因数据

得到所有miRNA和所有靶基因之间的所有调控关系之后，我们就可以在本地批量预测miRNA的靶基因了

☞R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-ENCORI篇

ENCORI这个数据库还可以零代码做生存曲线，这个我们前面也通过视频讲解过

☞零代码生存曲线—ENCORI篇

ENCORI这个数据的功能还远不至于我们已经介绍过的内容，今天我们就来聊聊利用ENCORI预测RBP与靶基因的结合。

RNA 结合蛋白（RBP，RNA binding protein）能与RNA分子相互作用，影响RNA分子稳定性，剪接，细胞核输出以及靶标转录序列的翻译。因此找到RBP-RNA是如何相互作用，对于了解基因表达，细胞功能等具有重要意义。

跟预测miRNA靶基因一样，ENCORI不提一次性下载。那么如果你有好几个RBP需要研究，那么你就不得不在这个网站上查询好几次。这不是小编的风格。我们可以采用☞R下载合并ENCORI miRNA靶基因数据类似的思想来批量下载所有RBP的靶基因。

跟miRNA不一样，我们知道目前所有人的miRNA ID是什么。可以参考☞如何获取人的所有miRNA ID获取。但是我们不知道ENCORI数据库中究竟有多少RBP。庆幸的是小编也懂一点网络知识。利用chrome浏览器查看了一下网页的源代码。找到了网页中，选择RBP的下拉列表的代码。

跟普通的下来列表的代码不一样。普通的下拉列表会直接写出所有选项的内容。也就是我想知道的所有RBP的名字。

仔细研究了HTML的代码，这个网站的开发者应该是专业的，采用了ajax异步响应，RBP的列表名字是从后台数据库获取的

仔细研究了一下，通过chrome的检查工具，找到了RBPajax.php脚本的响应结果，从而成功的获取得到了ENCORI数据库中所有的RBP的名字。

那么接下来我们就可以用☞R下载合并ENCORI miRNA靶基因数据提供的方法来批量的下载RBP-mRNA,RBP-lcnRNA,RBP-circRNA之间的调控关系了。

比较懒的小伙伴或者觉得比较难得小伙伴，小编已经帮大家做好了。三个文件夹中分别存放的是每一个TF跟mRNA，lncRNA，circRNA之间的调控关系。最后也帮大家合并好了，分别在TF_mRNA_interaction.txt, TF_lncRNA_interaction.txt和TF_circRNA_interaction.txt中。ENCORI数据库中所有的TF的名字在ENCORI_TF.txt中。

下面是TF_mRNA文件夹中的文件

下面是TF_mRNA_interaction.txt中的内容

☞这里有所有RBP的靶基因