R包升级报错成常态,搜索告诉你。。。

看到报错不要怕，多试试一定会解决的，尝试和搜索能力很重要。

背景： 有天不知道为什么，我升级了我的R包，从3.5.1到3.6.1，结果报错就成了常态。
在做RNA-seq差异分析的时候，想要加载DESeq2，如图：

image.png

需要载入包忽略，是被mask掉，但后面的错误是要管。
载入需要的程辑包：S4Vectors
载入需要的程辑包：stats4
载入需要的程辑包：BiocGenerics
载入需要的程辑包：parallel
错误: 找不到‘DESeq2’所需要的程辑包‘IRanges’
于是一顿操作：

1. 最简单的当然是install.packages()

install.packages('IRanges')
#Warning in install.packages :
#package ‘IRanges’ is not available (for R version 3.6.1)

2. 百度找原因，有说是镜像问题

   
   
   image.png
   
   

   再用install.packages()还是找不到，换了几个镜像都是一样的

install.packages('IRanges')
#Warning in install.packages :
#package ‘IRanges’ is not available (for R version 3.6.1)

3.还有使用help()的，可能是加载问题,结果是找不到

help(package="IRanges")
#URL '/help/library/IRanges/html/00Index.html' not found

4. 把Warning in install.packages :package ‘IRanges’ is not available (for R version 3.6.1)直接复制到英文搜索引擎中，Bioconductor官网IRanges

#用BiocManager包管理工具进行安装，意思是如果需要BiocManager，直接安装，然后用BiocManager安装IRanges，原理类似于Linux下的conda
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("IRanges")

IRanges

5. 再次加载DESeq2,还是需要依赖包，不过这次就好解决了，BiocManager::install()

library(DESeq2)
#错误: 找不到‘DESeq2’所需要的程辑包‘GenomicRanges’
BiocManager::install("GenomicRanges")