记录一次MRI图像目标检测任务（未完待续）

edit:2021.03.11

前言

最近老师给安排了一个医学图像的深度学习任务。目前刚刚明确了输入输出的数据格式和大概的任务目标。

任务简介

本项目的目的是从患者的一个序列MRI图像中，判断是否有“不稳定斑块”，且如果有，指出它的位置。属于“目标检测”任务。

• 输入数据：同一个病人的两组MRI序列（nii格式），已经配准过，即两个shape相同的张量。shape大约为512*512*256左右，每个病人的shape不同。
• 输出数据：不稳定斑块的位置。目前的标注数据是用六个坐标数据表示的一个小立方体（acsv格式）。不稳定斑块的体积相对整个tensor来说很小。

预处理

查看和导入数据

对于医学图像，目前接触过dcm格式、nii格式、nrrd格式。老师推荐的查看软件是slicer，支持大部分医学图像格式，可以展示出3d效果，功能强大。
导入nii数据使用python库SimpleITK，可参考：

1. 使用SimpleITK读取和保存Nii.gz文件
2. 【python】SimpleITK 和 Nibabel 读取医学图像 nii 数据（2D显示）

下一步想法

1. 等待更多的数据。
2. 查找论文和代码，目前有哪些主流的医学图像的roi目标检测。如何处理六个数值表示立方体的标注数据。
3. 数据预处理：写一个函数将所有病人的tensor数据reshape或裁剪成相同shape，并且用相同的变换作用于标注数据。

未完待续