文献学习024--[sc]单细胞测序揭示病毒性心肌炎细胞图谱和转录网络

刚刚发在iScience上的文章

1. 髓系细胞，T细胞和成化学纤维细胞是心肌炎小鼠心脏中主要富集的细胞

作者对CON和CVB3造模21天的小鼠心脏进行了消化，annexin-V 和 propidium iodide 染色，随后进行了annexin-V^-PI^-流式分选。CON和D21每组消化了7个心脏，每组上了16000个细胞（每组就一个样）(Fig 1A)。一共测的了22985细胞（CON: 9734, CVB3: 13251），聚成了26类(Fig 1B)。大体上所有的细胞群还是在两组间都有的(Fig 1C)。注释是用两种方法做的：ImmGen和SingleR。Fig 1D和E展示了cluster的细胞群评分和经典marker基因，最终注释得到12个群(Fig 1F)。Fig 1G展示了每个细胞群在CON (蓝色) 和CVB3 (红色) 的比例和绝对数量。成纤维细胞和中性粒细胞占比比较多，其他细胞数量很少。作者随后着重分析了髓系细胞，T细胞和成纤维细胞（没有选中性粒是说比例没有变化，也可能是分析了没意义。没有选其他细胞是因为少）。

2. Transcriptome analysis of myeloid cells led to the detection of predominantly monocytes and macrophages with pathways involved in immune metabolism and inflammation

作者随后对髓系细胞做了重新聚类，得到5个亚群(Fig 2A)，而且这些群在CON和CVB3中存在比例差异(Fig 2B)。根据marker基因的表达(Fig 2C)，作者鉴定出5个群(Fig 2D)，包括单核 (cluster 0,3,4)，巨噬 (cluster 1)，cDC1，moDC和Mt-High (cluster 5) 群。【这个注释很奇怪哦，怎么能把cluster 2注释成cDC1和moDC两个群又说这俩群转录水平没差异呢？】用Slingshot做了分化轨迹，发现其他细胞群都从monocyte分化而来。对这个轨迹贡献最大的是Msrb1，一个抗炎硒蛋白。Fig 2E看了一下6个cluster的细胞周期【没意义的凑图】。随后作者做了3个单核细胞群和1个巨噬细胞群的差异基因火山图(Fig 2F)，画法见单细胞亚群差异基因火山图，根据差异基因强行解释了一下细胞功能。差异基因都不多【差异基因特别少的时候可以画这个】。Fig 2G是用qPCR验证了前面一些升高的基因，显示和测序结果一致。还做了一些富集分析，结果放在supplement里。
这张图的主要结论是几群单核巨噬细胞都出现了M2巨噬marker的高表达，提示心肌炎的小鼠d21时候的单核巨噬主要起到抑炎作用。而且不同细胞群的上调基因都看到了Ccl24，提示它可能对心肌炎小鼠心脏巨噬细胞M2型的功能起到了作用。（强行找落点）

3. Th17 cells form a dominant fraction of T cells in myocarditic mice

对T细胞群进行了重新聚类得到9个亚群，并查看了一下比例变化和marker gene(Fig 3A-D)。Fig 3E-F看了一下各群的差异基因火山图。随后作者使用Slingshot做了轨迹分析，所有的T细胞看起来都是CD4⁺naive 群起源(Fig 3G)。CD4和CD8T细胞的富集分析看了一下两类细胞的功能(Fig 3H)，qPCR验证了一些marker基因(Fig 3I)。

4. Fibroblasts in myocarditic mice contained various subtypes with unique transcriptome signatures that can influence the functionalities of immune cells

对成纤维进行亚群细分，和前面套路一样，分群--差异基因火山图--富集分析条图--拟时序--qPCR验证

5. NK cells, ILC2, and ILC3 cells formed a major component of ILCs, but their numbers were low in myocarditic mice

一样的亚群细分--差异分析--富集分析

6. Neutrophils infiltrating the myocarditic hearts predominantly modulate inflammatory responses

中性粒细胞的亚群细分--差异分析--富集分析

7. Ligand-receptor analysis revealed diverse intercellular communications during myocarditis

细胞亚群都看完了，做了一个细胞互作，是CellChat做的，所有的图都是常规图。

8. TFs enriched in myocarditis modulate cardiac remodeling functions of target genes

最后做了个SCENIC

实属单细胞灌水文章，两个样品发五分，不错了。