安装R包MTA遇到的那些事儿

在安装R包MTA时发现有些依赖的包没有安装,反正在家闲来无事,就拿出手记录一下吧:

2020-02-07 14-26-43屏幕截图.png
  • 先找一个看着简单的R包fda试试吧:
2020-02-07 14-32-59屏幕截图.png

bingo!安装上了!

  • 接着安装toOrdinal,同样是使用BiocManager::install()命令,问题也得到了很好的解决,安装过程就不截图了~

  • 在接下来,如法炮制,安装matlib,到这里就遇到问题了,也是我这两天一直在折腾的地方:

2020-02-07 14-59-30屏幕截图.png

有几个包在安装过程中遇到了报错,那就再单独安装一下这几个软件看具体的报错信信息,首先是curl,报错信息如下:

2020-02-07 15-04-05屏幕截图.png

检查$PATH后发现'pkg-config' 是在环境变量中的,但是我之前并未配置过$PKG_CONFIG_PATH,而且在相应目录/usr/local/lib/pkgconfig/下也没有发现libcurl.pc文件,经过网上搜索发现如下做法是可以解决这一问题的:

$wget https://github.com/curl/curl/releases/download/curl-7_55_0/curl-7.55.0.tar.gz
$./configure
$make 
$sudo make install
$export PKG_CONFIG_PATH="/usr/local/lib/pkgconfig/"

哈哈哈哈,我终于搞定了这个问题......继续!

这一问题解决后,立马重新尝试安装R包matlib,原先安装失败的curlriocar都成功安装,除了rgl以外,具体的报错信息如下:

2020-02-07 16-01-54屏幕截图.png

在网上查了半天,都在说需要安装可以提供gl.h文件的软件,比如说mesa-common-dev,但是通过查询我使用的服务器上已经安装了相关的软件,把这个文件添加到环境变量中或者重新安装相关也没有作用。

所以我暂时还没有找到解决这一问题的办法,待我再查询一番......ps:安装R包什么的最麻烦啦.......

aaaaa,捣鼓了好久都没有搞定,先不管他了,回头再弄他!

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  • adephylo

同样是使用BiocManager::install()安装adephylo,又双叒叕遇到了问题,问题出现在了依赖包sf上:

2020-02-10 10-12-40屏幕截图.png

解决策略是缺啥安啥:

$apt-file search gdal-config
libgdal-dev: /usr/bin/gdal-config
libgdal-dev: /usr/share/man/man1/gdal-config.1.gz
libgdal-doc: /usr/share/doc/libgdal-doc/gdal/gdal-config.html

$sudo apt-get install libgdal-dev

刚才的报错没了,在安装R包sf现在又出了另外一个报错:

2020-02-10 10-34-43屏幕截图.png

单独安装sf查看报错信息`
安装报错:

2020-02-10 16-16-51屏幕截图.png

哎......要疯,捣鼓了一个下午都没把这个sf安上......

-----------再来个手动分割线-------------

突然觉得自己傻暴了......我是在conda的虚拟环境中安装的R 3.6,却一直没想到用conda去安装R包,昨晚上突然回过味儿之后,一直困扰我的问题就迎刃而解了!

这次我不管什么rglsf了,直接去安装matlibadephylo

$conda install r-matlib
$conda install r-adephylo

经过一串的刷屏后,包成功安装!

  • 所有的依赖包都已经成功安装,那么最后就是安装MTA自然也不会再出现什么问题:
2020-02-11 10-36-42屏幕截图.png

  • 来个不成熟的总结

在conda虚拟环境中,若使用以往的方式去安装包或者软件,很容易就会遇到这个库那个软件无法访问的类似问题,我把它归结到conda虚拟环境与系统环境的兼容问题上(可能就是不知道哪里的路径出了啥妖蛾子),最直接的解决方法就是用conda去安装!!省去了恶心的编译过程,当然如果conda没有提供相应的软件或者安装包,那就没的办法了!!

-------------------总结是不成熟的---------

因为服务器昨天恢复至去年10月,我还得重新安装一下相应的包,不过没关系,相信有了先前的经验,这次一定会顺风顺水!

$conda create --prefix=/k11e/pvdisk/fastbase/Users/zhanghuanhuan/projects/conda_env R=3.6
#经检查,目前想要安装MTA,我缺少的包有adephylo、fda、ggplot2、reshape2、toOrdinal和matlib,使用conda install一条命令即可解决问题!
$conda install r-adephylo r-fda r-ggplot2 r-reshape2 r-toOrdinal r-matlib

最后将我提前下载好的MTA package 安装一下就完成拉!


2020-02-12 17-48-31屏幕截图.png

多简单!现在想想之前在那为解决报错抓耳挠腮真是蠢透了......

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