2020-06-17

plink2学习(一)

最近学东西很杂,基本上是做啥学啥,嘛,又懒得做。。。。就酱紫。。。。

  1. 下载plink2,下载解压之后就是个可执行文件了
  2. 把plink2配置到全局变量,参考我同事的笔记,懒得指路了
  3. 研究研究plink2的基本用法
    plink2下载下来,包里是没有example的,那我就只能看着别人的笔记看看这些命令都是啥意思了。
#以plink的命令为例,毕竟我么得example,
plink --file toy --freq --out toy_analysis
#plink以执行时,命令时用plink开头的嘛,但是plink2就是以plink2开头的
#--file 代表的输入文件 只要所有输入文件的前缀就可以
#--freq 这一层是表示要进行运算,后续有很多其他的运算,用的时候就是换名字换成其他运算,当然还有各种参数,这里freq指的是统计等位基因的频率
#--out 指定输出文件,默认输出‘plink.xyz','.xyz'就是其中一个扩展名,只要指定前缀就可以,当然--out之后前面的'plink'就会被替换成你提供的前缀。建议前缀不要重复,因为会抹掉前面同名的文件。如果你不设置的话,应该是会报错的

看起来就很简单的操作,等我用起来之后再吐槽吧,感觉不像看起来这么简单,科研bug我本人。。。。

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