1. cd
cd：Change directory
$ cd / #进入根目录
$ cd - #返回上次的目录
$ cd #返回home目录
$ cd ~ #返回home目录
$ cd ../ # 返回上一级目录
2. ls
ls: List files
-a #列出包括.a开头的隐藏文件的所有文件
-A #通-a，但不列出"."和".."
-l #列出文件的详细信息
-c #根据ctime排序显示
-t #根据文件修改时间排序
3. pwd
pwd: print working directory
$ pwd
/home/licheng
4. bash
运行脚本的命令，脚本是包含很多命令的一个文件。
$ bash hisat2.sh
5. cp
cp: Copy file
$ cp 1.sh 2.sh
-b #覆盖前做备份
-f #如存在不询问而强制覆盖
-i #如存在则询问是否覆盖
-u #较新才覆盖
-t #将多个源文件移动到统一目录下，目录参数在前，文件参数在后
6. mv
mv: Move file 移动文件；如果剪切粘贴到同一目录下，则为重命名。
$ mv 1.sh ../
-b #覆盖前做备份
-f #如存在不询问而强制覆盖
-i #如存在则询问是否覆盖
-u #较新才覆盖
-t #将多个源文件移动到统一目录下，目录参数在前，文件参数在后
7. rm
rm: Remove file
删除文件不可恢复。
$ rm -rf *.gz
-r #删除文件夹
-f #删除不提示
-i #删除提示
-v #详细显示进行步骤
8. ln
ln: Link files 创建连接文件，包括软连接和硬链接，一般软连接比较常用。
$ ln -s /home/licheng/1.sh ./
-s #建立软连接
-v #显示详细的处理过程
9. mkdir
mkdir：Make directory。
$ mkdir -p chip-seq/01.raw/qc/
-p #递归创建目录，若父目录不存在则依次创建
-m #自定义创建目录的权限
-v #显示创建目录的详细信息
10. cat
cat: concatenate
cat的一个作用是查看文件，一般是比较小的文件，行数小于一个屏幕，最多不要超过两个屏幕，否则会刷屏； cat另一个作用是合并多个文件，一般配合重定向合并为一个新文件或者将一个文件内容追加到另一个文件结尾。
$ cat sam2bam.sh
ls *.sam | while read id; do (nohup samtools view -b -S -h -@ 20 $id > $(basename ${id} '.sam').bam &); done
合并文件
$ cat 1.txt 2.txt > all.txt
11. less/more
less和more都是文件查看工具，但是less功能更多一些，在windows系统下打开一个10G的文件比较困难，但是在Linux下非常方便，less可以打开非常大的文件，压缩格式也可以直接打开。
$ less -S nt.tar.gz
-m #显示类似于more命令的百分比
-N #显示行号
-S #格式化显示
12. head/tail
取一个文件的头部和尾部多少行，默认10行，可以加-n进行设置，利用管道可以取文件中间行
$ head -40 1.txt | tail -n 20 #取文件第21~40行
13. g(un)zip/ b(un)zip2
gzip和bzip2是文件压缩工具，默认直接对源文件进行处理，压缩比率在2/3左右。
$ gzip 1.txt
$ gunzip 1.txt.gz
$ bzip2 1.txt
$ bunzip2 1.txt.bz2
14. tar
tar：Tape archive （磁带档案） tar是一个比较复杂的命令，tar主要用于打包，由于tar能调用gzip或者bzip2进行压缩。
-c是creat，创建，-x是解包，-z对应gzip，-j对应bzip2即可，所以常用的命令如下：
$ tar -zcvf files.tar.gz file_1 file_2 file_3 #打包压缩为gz结尾文件
$ tar -zxvf files.tar.gz #解压缩.tar.gz 结尾文件
$ tar -jcvf files.tar.bz2 file_1 file_2 file_3 #打包压缩为bz2结尾文件
$ tar -jxvf files.tar.bz2 #解压缩.tar.bz2结尾文件
-c #建立打包档案，可搭配 -v 来察看过程中被打包的档名(filename)
-t #察看打包档案的内容含有哪些档名，重点在察看『档名』就是了；
-x #解打包或解压缩的功能，可以搭配 -C (大写) 在特定目录解开
-j #透过 bzip2 的支持进行压缩/解压缩：此时档名最好为 *.tar.bz2
-z #透过 gzip 的支持进行压缩/解压缩：此时档名最好为 *.tar.gz
-v #在压缩/解压缩的过程中，将正在处理的文件名显示出来！
-f #filename -f 后面要立刻接要被处理的档名！
15. wc
wc: Word Count 统计一个文件中，行数，单词数，字符数
$ wc -l filename #报告行数
$ wc -c filename #报告字节数
$ wc -m filename #报告字符数
$ wc -w filename #报告单词数
16. sort
排序，默认按第一列排序，可以通过-k进行设置；默认排序规则为按ASCII码排序，可以通过-n进行修改；-r取相反方向； -n 依照数值的大小排序。 -o 将排序后的结果存入指定的文件。 -r 以相反的顺序来排序。 -t 指定排序时所用的栏位分隔字符。 -k 选择以哪个区间进行排序。
17. df
df: disk free df用于查看磁盘消耗，显示磁盘可用空间数目信息及空间结点信息。一般加一个-h选项，然后接要查看的磁盘，默认所有磁盘。 -a 显示全部文件系统 -h 文件大小友好显示 -l 只显示本地文件系统 -i 显示inode信息 -T 显示文件系统类型
$ df -h
Filesystem Size Used Avail Use% Mounted on
/dev/mapper/centos-root 5.5T 742G 4.7T 14% /
devtmpfs 126G 0 126G 0% /dev
18. du
du: Disk usage df用于查看磁盘大小，du用于查看目录所占磁盘大小，一般也加-h选项 -h 方便阅读的方式 -s 只显示总和的大小
$ du -sh wgs/
27G wgs/
19. find
find主要用于查找文件。因为当文件越来越多的时候，由于Linux是文本界面，不方便可视化文件，这个时候就可以利用find快速找到需要的文件。find支持多种搜索方式。
与时间有关的选项：共有 -atime, -ctime 与 -mtime 和-amin,-cmin与-mmin，以 -mtime 说明
与使用者或组名有关的参数：
与档案权限及名称有关的参数：
额外可进行的动作。
#1：搜索Data目录下以点fna结尾的文件；
$ find ../Data -name *.fna
#2：搜索系统中最近5分钟内编辑过的文件；
$ find / -amin 5
#3：查找大于100M的文件；
$ find ./ -size 100M
#4：按照文件类型搜索；
$ find ./ -type 文件类型
c 的档案
d: 目录
b: 区块装置档案 ，
p: 具名贮列
f: 一般档案
l: 符号连结
s: socket
#5：搜索文件，直接处理；
$ find ./temp/ -name *.fna -exec rm '{}' \
20. which
which 可执行文件名称 | 查看可执行文件的位置，在PATH变量指定的路径中查看系统命令是否存在及其位置
$ which hisat2
/home/licheng/anaconda3/bin/hisat2
21. top/htop
top可以动态显示系统进程使用情况，类似于windows系统的任务管理器。可以显示当前系统正在执行的进程的相关信息，包括进程ID、内存占用率、CPU占用率等。
22. ps
ps: process status ps也是系统进程管理工具，与top不同的事，top可以动态显示，而ps则是静态显示，是某一时刻的快照，静态显示的好处是便于其他程序捕获结果，进行处理。 a 显示所有的进程 -a 显示同一终端下的所有程序 e 显示环境变量 f 显示进程间的关系 -H 显示树状结构 r 显示当前终端的程序 T 显示当前终端的所有程序 -au 显示更详细的信息 -aux 显示所有包含其他使用者的行程 -u 指定用户的所有进程
23. kill
kill的作用是杀死进程，给定一个任务的ID号，可以通过top或者ps命令获得，例如当前有一个sleep进程，pid号为12000；通过kill -9可以强制杀死。
$ ps | grep 'bowtie2-bulid' | awk '{print $1}' | xargs kill -9
24. chmod
chmod: Change mode 用于修改文件权限。
#原始权限
$ ll a1.index.sh
-rwxr-xr-x. 1 root root 287 Oct 16 16:05 a1.index.sh
#421模式修改
$ chmod 644 a1.index.sh
$ ll a1.index.sh
-rw-r--r--. 1 root root 287 Oct 16 16:05 a1.index.sh
#ugo模式修改
$ chmod ug+x a1.index.sh
$ ll a1.index.sh
-rwxr-xr--. 1 root root 287 Oct 16 16:05 a1.index.sh与之类似的还有chown与chgrp； chown: Change owner chgrp: Change group
25. passwd
passwd 修改密码，Linux密码要求大写字母开头，包含字母与数字组合，不能过于简单。 -l 使密码失效 -u 与-l相对，用户解锁 -S 列出登陆用户passwd文件内的相关参数 -n 后面接天数，shadow 的第 4 字段，多久不可修改密码天数 -x 后面接天数，shadow 的第 5 字段，多久内必须要更动密码 -w 后面接天数，shadow 的第 6 字段，密码过期前的警告天数 -i 后面接『日期』，shadow 的第 7 字段，密码失效日期。
26. exit
退出登录t，exit是正确退出
27. vim
vim是Linux系统自带的文本编辑器，可以理解成为windows系统下的word软件。
:w filename 将文章以指定的文件名保存起来 :wq 保存并退出 :q! 不保存而强制退出 命令行模式功能键 1）插入模式 按「i」切换进入插入模式「insert mode」，按"i"进入插入模式后是从光标当前位置开始输入文件； 按「a」进入插入模式后，是从目前光标所在位置的下一个位置开始输入文字； 按「o」进入插入模式后，是插入新的一行，从行首开始输入文字。
2）从插入模式切换为命令行模式 按「ESC」键。 3）移动光标 vi可以直接用键盘上的光标来上下左右移动，但正规的vi是用小写英文字母「h」、「j」、「k」、「l」，分别控制光标左、下、上、右移一格。 按「ctrl」+「b」：屏幕往"后"移动一页。 按「ctrl」+「f」：屏幕往"前"移动一页。 按「ctrl」+「u」：屏幕往"后"移动半页。 按「ctrl」+「d」：屏幕往"前"移动半页。 按数字「0」：移到文章的开头。 按「G」：移动到文章的最后。 按「$」：移动到光标所在行的"行尾"。 按「^」：移动到光标所在行的"行首" 按「w」：光标跳到下个字的开头 按「e」：光标跳到下个字的字尾 按「b」：光标回到上个字的开头 按「#l」：光标移到该行的第#个位置，如：5l,56l。
4）删除文字 「x」：每按一次，删除光标所在位置的"后面"一个字符。 「#x」：例如，「6x」表示删除光标所在位置的"后面"6个字符。 「X」：大写的X，每按一次，删除光标所在位置的"前面"一个字符。 「#X」：例如，「20X」表示删除光标所在位置的"前面"20个字符。 「dd」：删除光标所在行。 「#dd」：从光标所在行开始删除#行
5）复制 「yw」：将光标所在之处到字尾的字符复制到缓冲区中。 「#yw」：复制#个字到缓冲区 「yy」：复制光标所在行到缓冲区。 「#yy」：例如，「6yy」表示拷贝从光标所在的该行"往下数"6行文字。 「p」：将缓冲区内的字符贴到光标所在位置。注意：所有与"y"有关的复制命令都必须与"p"配合才能完成复制与粘贴功能。
6）替换 「r」：替换光标所在处的字符。 「R」：替换光标所到之处的字符，直到按下「ESC」键为止。
7）回复上一次操作 「u」：如果您误执行一个命令，可以马上按下「u」，回到上一个操作。按多次"u"可以执行多次回复。
8）更改 「cw」：更改光标所在处的字到字尾处 「c#w」：例如，「c3w」表示更改3个字
9）跳至指定的行 「ctrl」+「g」列出光标所在行的行号。 「#G」：例如，「15G」，表示移动光标至文章的第15行行首
28. sed
sed = Stream Editor 流处理器。
#1：输出固定的行
$ sed -n '100p' seq.fasta #输出文件第100行
$ sed -n '100,200p' seq.fasta #输出文件第100-200行
#2：替换操作
$ sed -e 's/Gh/gh/' seq.fasta #将文件中gi全部替换为大写GI；
$ sed -i 's/Gh/gh/g' seq.fasta #在原文件上进行替换，并且进行全部替换；
$ sed -i.bak 's/Gh/gh/g' seq.fasta #在原文件上进行替换，并进行备份；
$ sed -e 's/Gh/gh/2；s/ref/REF/2' seq.fasta #只将第二次出现的gi和ref进行替换；
$ sed -f sed.list cds.list #根据文件中的模式进行替换，可同时进行多条件替换；
$ sed -n 's/Gh/gh/p' seq.fasta #打印发生替换的行；
#3：删除空白行；
$ sed -e '/^\s*$/d' seq.fasta #删除文件中的空白行；
$ sed -n '/ref/p' seq.fasta #输出文件中包含ref关键字的行；
$ sed '100,2000s/Gh/gh/g' seq.fasta #则只替换100行到2000行的内容；
$ sed '100,2000!s/Gh/gh/g' seq.fasta #加感叹号取反，在这个范围之外的执行操作；
#4：删除操作
$ sed -e '/>/d' seq.fasta #删除包含 ">" 的行；
$ sed -e 's/:.*//g' seq.fasta #删除冒号之后的所有内容；
#5：对应替换，类似于tr的功能
$ sed -e 'y/ATCG/atcg/' seq.fasta #修改大小写
$ sed -e '/\n/!G; s/\(.\)\(.*\n\)/&\2\1/; //D; s/.//' seq.fa #DNA序列反向，并修改大小写
$ sed -e '/\n/!G; s/\(.\)\(.*\n\)/&\2\1/; //D; s/.//; y/atcg/tagc/' seq.fa #DNA反向互补序列
29. awk
awk也是非常强大的文本处理工具，awk本身也是一门编程语言。
#1：输出一个列表任意列；
$ awk '{print $8}' SRR8089970_exp.txt #输出SRR8089970_exp.txt结果的第8列
awk -F ":" '{print $1,$NF}' passwd.list #通过-F修改默认分隔符为冒号，输出第1列与最后1列
#2：格式转换
$ awk '{print "@" $1 "\n" $10 "\n" "+" "\n" $11}' SRR8089874.hisat2.sam > SRR8089874.hisat2.fastqc #将短序列比对上的reads输出出来，生成fq文件；
#3：过滤blast结果
$ awk ’{if ($3>=80 && $4>=100) print $0}' blast_m8.out #过滤blast比对结果，将identity 大于80，并且比对长度大于100bp的结果输出；
#4：比较
$ awk '$8>$10' input.txt #输出第8列大于第10列的行。
#5：匹配输出
$ awk '$0~ /licheng/{print $0}' passwd.list #利用正则表达式，将秘密表中姓licheng的账户都输出出来；
#6：格式化输出
$ awk 'BEGIN{print "The Program Begin\n"}{if ($3>=80 && $4>=100) print $0}END{print " The Program End\n"}' input.txt #利用BEGIN和END关键字生成报告；
#7：修改字段和记录分隔符
$ awk 'BEGIN{OFS="\t"}{print $2,$4,$5}' input.txt #在BEGIN中设定字段分隔符和记录分隔符；
#8：awk编程计算
awk '{x+=$3}END{print x/NR}' input.txt #计算第三列的平均值，最后在END将其输出出来。
#9：awk编程比较大小
$ awk 'BEGIN { max=100 ;print "max=" max} {max=($1 >max ?$1:max); print $1,"Now max is "max}' input.txt #取得文件最后一个域的最大值。
#10：awk编程求和
$ awk '{print $0,$3+$4}' input.txt #计算第3列和第4列的和。
#11：输出固定行内容
$ awk 'NR>=20 && NR<=80' input.txt #输出第20到第80行内容。
#12：合并文件
$ awk 'BEGIN{while((getline<"file1")>0)l[$1]=$0}$1 in l{print $0"\t"l[$1]}' file2 #将两个文件按列合并起来，类似jion命令的功能。
#13：去重复
$ awk '!($0 in a) {a[$0];print}' input.txt # 打印不重复的行，类似uniq的功能;
$ awk '!($2 in l){print;l[$2]=1}' input.txt #计算第二列内容非冗余的次数，类似于uniq的功能;
#14：统计字符
$ awk '{for(i=1;i!=NF;++i)c[$i]++}END{for (x in c) print x,c[x]}' input.txt 计算每个字符出现的次数，类似wc的功能。
#15：替换
$ awk '{sub(/test/, "no", $0);print}' input.txt 进行替换，类似sed的功能，
#16：fastq转换为fasta
$ awk '{getline seq;getline plus;getline qual;sub("@",">",$0);print $0 "\n" seq}' test.fastq
30. grep
文本搜索工具，类似于正则表达式搜索，可以在一个大的文件中快速搜索到满足一定规则的内容。
#1：统计fasta文件中序列的条数；
$ grep -c ">" seq.fa
#2：输出满足条件的序列；
$ grep -A 2 "3 gi 29732 34486" lastz.axt
#3：筛选出不满足条件的内容；
$ ps -fx | grep -v "S"
初学生信，打好基础，先来总结一波linux基本操作。
参考来源：
https://mp.weixin.qq.com/s/9q9R1YgRpUK_nLonAq1euw
https://blog.csdn.net/ljianhui/article/details/11100625
http://c.biancheng.net/linux_tutorial/30/