对于任何一个历史的事件都必须同时考虑长程的背景因素与短期的促变因素，秦朝的灭亡同样如此。
从长程视角来看，公元前221年的秦朝面临着这样一组结构性矛盾：统一的观念并未深入人心，六国意识仍然具有顽强的生命力，然而另一方面，秦朝不具备足够强大的基层治理能力推行他的统治。就短期因素而言，暴秦之政无疑给了秦朝脆弱的体制致命一击。对于秦朝的灭亡，必须同时考虑这两种因素，其中尤为关键的则是长程意义上的结构性矛盾。
为了解释这种结构性矛盾，我们可以以扶苏的谏言作为切入。在面对始皇帝焚书坑儒的决定之后，扶苏谏曰：【天下初定，远方黔首未集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安。唯上察之】，而始皇帝的态度同样激烈，【始皇怒，使扶苏北监蒙恬於上郡】。
由以上两句对话，其实能看出一些几个问题，第一，始皇帝因何而怒？除了扶苏顶撞自己外是否有更深层的原因？我想关键便在于【诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安】一句，这句话中扶苏明确反对了秦始皇重视法家的政治主张，对于儒家思想报以同情甚至支持的态度，表现出扶苏与始皇帝在政治思想的冲突，这可能也是始皇帝大怒的原因所在。
第二个问题，在于始皇帝对于扶苏的处置。始皇帝大怒，将其远置边疆，这本身并无什么问题，但是问题在于恰恰是使扶苏【监蒙恬】，若是惩罚扶苏，为何让扶苏亲近于掌握四十万兵团的大秦第一武将？并且始皇帝并非使蒙恬监扶苏，恰恰相反，是令扶苏监蒙恬，这就意味着扶苏并不是以犯人的身份流放边疆，而是以正式官职入主长城兵团，若是始皇帝真心与之决裂，难道不害怕扶苏直接带兵杀回咸阳么？
第三个最为重要的问题，就在于扶苏所谓【天下初定，远方黔首未集】，此时秦帝国混一寰宇，为何又说远方尚不安定呢？秦帝国之中又潜藏着什么样的暗流呢？再结合始皇帝多次巡游天下，我们仿佛能看到在秦帝国统一之初，与其宏大气象不符的悲观氛围。
在我看来，此时之所以【远方黔首未集】，最大的原因在于秦国体制与关东六国体制上的冲突。在《语书》中对秦统一初期的南郡有这样一段记载：【今法律令已具矣，而吏民莫用，乡俗淫失之民不止……私好、乡俗之心不变】，南郡为楚国江汉核心区，随着白起破楚而入秦，此时已五十余年，仍然盛行楚俗，不用秦法，可见以秦国为代表的关中文化和以楚国为代表的关东文化矛盾之剧烈，
值得一提的是，根据语书记载，秦法不仅无法得到六国百姓的认可，甚至连连秦国官吏自身也难以接受，如何理解这种现象？我们以吴芮为例，【吴芮，秦时番阳令也，甚得江湖间民心，号曰番君。天下之初叛秦也……因率越人举兵以应诸侯】，吴芮先祖可能为吴越地区的大姓，秦国以一国兼并六国，一时间没有足够的官员管理地方社会，因而只能征募地方大姓进行管理，因而便产生一种奇特的现象，在向关东推行秦法时，政策的执行者并不是秦国人，这无疑加剧了政策推广的难度，同时也给地方社会留下了隐患。
文化上的冲突又具体表现在制度之上，众所周知，战国时代是一个各国重新建立编户制度，利用人力以致富国强兵的时代，编户制度可以说是七国共通的制度，但是其中秦国因为其特殊的地缘环境、尚武的社会风俗，其军国化最为彻底，建立了以军功爵制、什伍制度为核心的军国体制（此处军国体制意为“生产供给军事，生产服务军事”的体制，与近代法西斯无关，毋宁说是军国体制在农业时代和工业时代的不同表现）。
仍以楚国为例，楚国虽也有类似于军功爵制的体制，但是这种体制首先授爵泛滥，其次不对平民开放，无法起到秦国爵制促进社会流动的作用，至于什伍制度，陈絜在《里耶“户籍简” 与战国末期的基层社会》一文中直言【什伍制度恐怕是秦占领该地区后对旧楚编户民重新造册登记的新制度】，本非楚国旧有。可见，在秦国统一六国的过程中，也将秦国的法律、制度推往六国，试图实现文化、体制上的统一，由此带来了六国百姓的强烈不满，陈胜起义最终成了这种矛盾的总爆发，而从后续的历史来看，六国纷纷复立，体现的正是六国对秦式帝制的反动，从这个角度而言，反秦战争不仅是反秦国，更是反秦制。
为了克服这种矛盾，帝国必须完成从一个军事国家向一个文治国家转变的过程，融合关东六国的文化、制度，完成社会整合。那么始皇帝有没有意识到这种矛盾呢？虽然始皇帝一生暴戾，但是隐约之间仍可看出端倪，在始皇帝的南海石刻中写道：【饰省宣义，有子而嫁，倍死不贞。防隔内外，禁止淫泆，男女絜诚。夫为寄豭，杀之无罪，男秉义程。妻为逃嫁，子不得母，咸化廉清。大治濯俗，天下承风，蒙被休经。皆遵度轨，和安敦勉，莫不顺令。黔首修絜，人乐同则，嘉保太平】其文意带有鲜明的儒家礼乐色彩，这至少代表了始皇帝已经开始意识到这一转型问题，并且有意将其落实。
由此我们再来审视扶苏与始皇帝的冲突，我们就能明白此时始皇帝的心境，可以说此时始皇帝是【且怒且喜且忧】，怒的是扶苏公然顶撞自己，否认自己的政策，喜的是扶苏敏锐的观察到了此时的政治现状，并对其有着清醒的认识，哪怕自己不幸逝世，扶苏也能继承帝国转型的使命，而他忧虑的则是扶苏毕竟涉事不深，没有自己的班底，尤其是缺乏军功，一旦自己去世，担心扶苏无法控制朝局，因此始皇帝最终决定让扶苏远去北疆，与蒙恬共事，一方面加强扶苏与蒙恬的关系，让蒙恬以及军方可为扶苏所用，在其继位之后稳定朝局，另一方面也让他多些历练，在北疆之地体会一下帝国的危险，让其领会自己政策的良苦用心，使扶苏继位之后不至矫枉过正。可为佐证的是赵高对李斯所言：【长子刚毅而武勇，信人而奋士，即位必用蒙恬为丞相】，作为内臣的赵高无疑看透了始皇帝的政治布局。
既然提到了赵高与李斯之对话，我们不妨再看一段，【高曰：“君侯自料能孰与蒙恬？功高孰与蒙恬？谋远不失孰与蒙恬？无怨於天下孰与蒙恬？长子旧而信之孰与蒙恬？”斯曰：“此五者皆不及蒙恬。“】，赵高提出了蒙恬强于李斯的五点，其中前三点都是个人能力，暂且不论，第五点直指扶苏与蒙恬的亲密关系，再一次显示出了始皇帝对扶苏处置的良苦用心，但是最值得注意是第四点，蒙恬三代从军，杀伐无数，李斯长居朝堂，不涉军事，然而赵高却认为李斯比之蒙恬更【有怨于天下】，并且李斯自己也深表赞同？那么李斯究竟做了什么，以至于有怨于天下了呢？
其中最关键的，便在于始皇帝统一之后李斯参与的种种政策，其时淳于越向始皇帝提出尊重六国传统，恢复分封体制，而李斯【谬其说，绌其辞，乃上书曰：“古者天下散乱，莫能相一，是以诸侯并作……今陛下并有天下，别白黑，而定一尊；而私学乃相与非法教之制……如此不禁，则主势降乎上，党与成乎下。禁之便。臣请诸有文学诗书百家语者，蠲除去之……若有欲学者，以吏为师。”】，李斯所言有两个要点，第一，坚持郡县制、否定恢复分封，第二，坚持法家文吏政治，禁止私学，恰好是从制度、文化两方面坚持秦国军国传统。其上书致使秦国体制、文化进一步推广到六国，引发了六国百姓的不满，这应该便是李斯【有怨于天下】的根源，可与上文关中、关东社会之矛盾相印证。
经过上面一段对话，我们进一步印证了始皇帝的意图和关东社会、关中社会之间的矛盾，同时从李斯德政治倾向里，我们又隐隐能看出秦朝的政治分野，我们不妨再来看看赵高。与传统印象不同，赵高有着明显的政治倾向，赵高自云【高受诏教习胡亥，使学以法事数年矣】，可见赵高本人有着极高的法家修养，以致于始皇帝亲自令其教导皇子，就这点而言，我们可以看到，赵高和李斯身上带有鲜明的秦国传统法家色彩。
赵高对李斯所言【长子刚毅而武勇，信人而奋士，即位必用蒙恬为丞相，君侯终不怀通侯之印归於乡里，明矣】更是直指秦朝内部的政治矛盾，一旦公子扶苏即位，帝国开始转型，作为法家政治代表的李斯又当如何立足？秦朝首臣的地位和权势又如何保得住？正是赵高一次次的叩问，最终让李斯下定了决心与其共谋大事，形成了胡亥为核心，李斯居朝堂，赵高居内廷的三人政治格局。
百年之后，汉武一朝的巫蛊之祸可谓扶苏、胡亥的翻版，难怪石德劝告太子：【上疾在甘泉，皇后及家吏请问皆不报，上存亡未可知，而奸臣如此，太子将不念秦扶苏事耶？】当真一语成谶。
胡亥即位之后，不仅没有进行改革，反而为了巩固权力，【行诛大臣及诸公子】，进一步摧毁了自身的统治基础，导致政治日益腐化，甚至三人的政治集团也开始争斗，最终伴随着指鹿为马的闹剧，秦朝宫廷政治彻底陷入了混乱。
与朝堂的混乱相呼应，秦帝国对于民间社会的控制力也彻底瓦解。陈涉起义后，作为帝国地方长官的县令们偏偏成为反抗的主力，【吴芮，秦时番阳令也，甚得江湖间民心，号曰番君。天下之初叛秦也……因率越人举兵以应诸侯】【诸郡县皆多杀其长吏以应陈涉。沛令恐，欲以沛应涉】【其九月，会稽守通谓梁曰：江西皆反，此亦天亡秦之时也。吾闻先即制人，後则为人所制。吾欲发兵，使公及桓楚将】，至此帝国再也无法阻挡六国遗民的怒火。
总而言之，秦朝统一之后将其军国主义的文化、制度推向六国，引起了六国的强烈不满，始皇帝和扶苏试图转型，但是以李斯、赵高为代表的法家势力为了保卫自己的权势，决心改诏拥立胡亥，秦朝不仅错失了转型可能，反而因暴政进一步削弱了统治基础，最终在关东六国的起义之中走向了灭亡，其灭亡的根本原因便在于关中体制与关东传统之间的矛盾。