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bubble小拾
1024程序员节java运维
目录一、分析工具二、Java转储(Javadump)Java转储内容(Javadumpcontents)标题(TITLE)GP信息(GPINFO)环境信息(ENVINFO)本地内存信息(NATIVEMEMINFO)内存信息(MEMINFO)锁(LOCKS)线程(THREADS)钩子(HOOKS)共享类(SHAREDCLASSES)类(CLASSES)场景(Scenarios)一般保护故障(Gene
- 【单细胞第二节:单细胞示例数据分析-GSE218208】
遗落凡尘的萤火-生信小白
单细胞分析数据分析mysql数据库
GSE2182081.创建Seurat对象#untar(“GSE218208_RAW.tar”)rm(list=ls())a=data.table::fread("GSM6736629_10x-PBMC-1_ds0.1974_CountMatrix.tsv.gz",data.table=F)a[1:4,1:4]library(tidyverse)a$`alias:gene`=str_split(a
- GSEA - Gene set enrichment analysis 基因集富集 | ORA - Over-Representation Analysis 分析原理与应用...
weixin_30294709
python数据库人工智能
R批量做GSEA分析还没有官方的包,但是clusterprofiler可以做,它调用了最新的gfsea包。GeneSetTestingforRNA-seq-fgsea教程RNA-seq是利器,大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据,所以RNA-seq的分析需求应该是很大的(大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧)。普通的转录组套路并不多,差异表达基因、富集分析、WGCNAnetwork以及一些
- 神经网络入门推荐知识,神经网络入门书籍推荐
快乐的小肥熊
ai智能写作神经网络matlab人工智能python
适合初学者的神经网络和遗传算法资料遗传算法(GeneticAlgorithm)是模拟达尔文生物进化论的自然选择和遗传学机理的生物进化过程的计算模型,是一种通过模拟自然进化过程搜索最优解的方法。遗传算法是从代表问题可能潜在的解集的一个种群(population)开始的,而一个种群则由经过基因(gene)编码的一定数目的个体(individual)组成。每个个体实际上是染色体(chromosome)带
- GEO数据的下载和处理|GEO数据转换为Gene symbol|GEO注释文件提取symbol|查看样本标签|查看GEO数据疾病或正常|生物信息基础
Red Red
生信小技巧学习笔记生物信息r语言GEO数据库数据库
GEO数据的下载和处理|GEO数据转换为Genesymbol|GEO注释文件提取symbol|查看样本标签|查看GEO数据疾病或正常|生物信息基础数据的下载和处理首先在GEO数据库中通过GSEID找到相关数据,然后下载txt文件。数据读取与处理。#设置工作路径,也就是你的分析数据存放以及要保存到地方setwd(dir="C:\\Users\\LiaoMinzhen\\PycharmProjects
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生信小技巧学习笔记
生物信息名词汇总|生物信息基础知识GWAS-Genome-wideassociationstudies,全基因组关联研究:用于识别遗传区域(基因组)和性状/疾病之间关联的方法。Predixcan:GWAS找到大量的SNP,可是可以解释生物学功能的SNP位点却是很有限的。gene-based关联分析软件——PredicXcan。PrediXcan包括两个步骤:-在具有可用基因型的队列中预测基因表达(
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本文是要把昨天画的聚类热图给“掰弯”,gene<-read.csv(file="clipboard",header=T,sep="\t",check.names=F)#读入数据row.names(gene)<-letters#添加上基因名,如果直接有基因名,则省去这一步gg<-hclust(dist(gene))#行聚类zz<-hclust(dist(t(gene)))#列聚类gene<-gene
- PyCharm - Run & Debug 程序安全执行步骤
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PyCharm-Run&Debug程序安全执行步骤1.Run2.DebugReferences1.Runrightclick->Run‘simulation_data_gene…’orCtrl+Shift+F102.Debugrightclick->Debug‘simulation_data_gene…’在一个PyCharm工程下,存在多个Python脚本文件,为避免运行错误,建议按照上述Run&
- Unity网络编程(三)TCP 1VN聊天室 封包拆包
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- FLP-FRT系统--诱导性基因编辑inducible gene editing
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仍然还是那句话,如果想要快速学习一门新的技术,了解知识背景,看中文文章更好,如果有硕博士毕业论文那则是最佳。说到基因编辑技术,我一开始只知道(A)CRISPR/Cas9https://www.jianshu.com/p/b9d2a7203e6c在经过一系列挣扎之后,好不容易看懂了CRISPR/Cas9的原理,冷不丁冒出来一个(B)Cre/LoxP条件性敲除系统https://www.jianshu
- [学习笔记]TypeScript学习笔记
无知的圆
TypeScript前端笔记typescript前端
文章目录1前期准备工作1.1TypeScript的简介1.2TypeScript与JavaScript的关系1.3TypeScript的优点1.4TypeScript开发环境搭建2基本类型2.1类型声明2.2基本类型种类3编译选项3.1自动编译文件3.2自动编译整个项目4用webpack配置TS5Babel6面向对象6.1前言6.2类(class)6.3面向对象的特点6.4接口6.5泛型(Gene
- 基因的一大家子-Gene Family
刘小泽
刘小泽写于18.9.25今天接触到一个新名词——基因家族分析,不搜不知道,一搜吓一跳。2018年关于基因家族分析的文章已经超过了180篇,并且门槛不高,甚至用公共数据库就能做。什么是基因家族?想想我们人的家族,肯定是一大家子,一个共同的祖先的后代。尽管子子孙孙长相各异,但是血缘关系维持着我们的亲疏远近基因家族,当然也是来源一个祖先,经过基因重复和突变而产生的一组具有序列结构与功能相似性的基因,它们
- Seurat4.0 系列教程1 分析流程
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Seurat4.0几何学
library(dplyr)library(Seurat)library(patchwork)#LoadthePBMCdatasetpbmc.data<-Read10X(data.dir="G:/practice/singlecell/pbmc3k/filtered_gene_bc_matrices/hg19/")#InitializetheSeuratobjectwiththeraw(non-n
- 单因素Cox回归循环function
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Uni_coxquantile(exprSet[gene,],0.5),'high','low')survival_datmedian(gene),'high','low')if(table(table(phe$group))!=1){#survival_dat<-data.frame(group=phe$group,grade=phe$grade,size=phe$size,stringsAsF
- GSVA全名Gene set variation analysis(基因集变异分析)简介
Seurat_Satija
GSVA全名Genesetvariationanalysis(基因集变异分析),是一种非参数,无监督的算法。与GSEA不同,GSVA不需要预先对样本进行分组,可以计算每个样本中特定基因集的富集分数。换而言之,GSVA转化了基因表达数据,从单个基因作为特征的表达矩阵,转化为特定基因集作为特征的表达矩阵。GSVA对基因富集结果进行了量化,可以更方便地进行后续统计分析。如果用limma包做差异表达分析可
- RNA-seq-Li
bred
李老师RNA-seqPRC1.6-Gene和PRC1.6-Repeat数据分析读取要处理的文件library(ggplot2)library(VennDiagram)file.listlog2FoldChange_cutoff,ifelse(DEG$log2FoldChange>log2FoldChange_cutoff,'UP','DOWN'),'NOT'))#this_tilelog2Fold
- 遗传算法 (Genetic Algorithm, GA) 详解与实现
安替-AnTi
机器学习GA遗传算法
文章目录基本思想基本概念基本操作算法基本步骤代码实现参考文献基本思想遗传算法(GeneticAlgorithm,GA)是一种进化算法,其基本原理是仿效生物界中的“物竞天择、适者生存”的演化法则,它最初由美国Michigan大学的J.Holland教授于1967年提出。遗传算法是从代表问题可能潜在的解集的一个种群(population)开始的,而一个种群则由经过基因(gene)编码的一定数目的个体(
- 一、单词篇——01人体
宇宙仙姑
一、人体组织1、cell:细胞2、chromosome:染色体3、gene:基因4、tissue:组织5、organ:器官6、bloodvessel:血管7、artery:动脉8、vein:静脉二、面部1、head:头2、hair:头发3、brain:大脑4、cerebraldeath:脑死亡5、forehead:额头=brow6、wrinkles:皱纹=lines7、eyebrow:眉毛8、ey
- MyBatis自动生成插件 生成批量插入 生成PO注释 自动分页limit
泯三人
mybaits自动生成
MyBatis自动生成插件生成批量插入生成PO注释自动分页limitMapper生成批量插入batchInsertbatchInsertSelectiveimportorg.mybatis.generator.api.IntrospectedColumn;importorg.mybatis.generator.api.IntrospectedTable;importorg.mybatis.gene
- ID转换、利用clusterProfiler做GO、KEGG富集分析
欧阳松
首先需要加载的包library(AnnotationHub)library(org.Hs.eg.db)library(clusterProfiler)library(DOSE)#GO分面用library(ggplot2)#加大泡泡图圈圈需要准备的文件包含gene列表的txt或csv文件,如“genelist.txt”格式为ENSEMBL一、读取表格f<-read.table("genelist.t
- 通用 Mapper 专用代码生成器
言什
mybatisjavamysql
使用该插件可以快速生成实体类、Mapper接口以及对应的XML文件。1、使用maven进行依赖集成maven-compiler-plugin是springbooot项目中自带的插件,不需要自己引入mysql-connector-java需要兼容自己项目构建的版本,我这里使用的是8.0.29mapper使用最新版本4.1.5代码如下:org.mybatis.generatormybatis-gene
- EVM 对预测结果进行整合
斩毛毛
从头预测,同源注释和转录组整合都会得到一个预测结果,EVidenceModeler(EVM)可以对上述结果进整合软件安装wget-4https://github.com/EVidenceModeler/EVidenceModeler/archive/v1.1.1.tar.gztarxfv1.1.1.tar.gz#添加环境变量使用流程所需数据gene_prediction.gff3标准的gff3格式
- FeatureExtract--extracts sequences and feature annotation from genbank format file
小明的数据分析笔记本
最近一直在看和植物叶绿体基因组有关的知识,其中有一项内容是分析叶绿体基因组的密码子偏向性,这就要求我们首先要拿到基因的CDS序列,在NCBI的organellegenome数据库中我们通常可以下载到叶绿体全基因组的fasta文件,genbank文件;gff3文件,但是没有把gene和CDS序列单独列出来的文件(如果有的话自己目前也不知道在哪个地方下载)这就需要我们利用现有的文件来提取,今天找到了一
- <文献阅读>用转移熵通过微阵列的时间序列推断基因调控网络(inferring gene regulatory networks from microarray time series data ...
我们一起舔过铁栏杆
这篇文章是2007的时候发表在IEEE杂志上,并没有收录到PubMed里面。是韩国的学者开发出来的方法。具体来说,通过转移熵计算基因对的因果关系(causalrelations),也就是转移熵的值。转移熵不是负数,而且大小代表因果关系的强度。题目:Inferringgeneregulatorynetworksfrommicroarraytimeseriesdatausingtransferentr
- 差异分析完的基因列表,可以这样画KEGG通路
欧阳松
差异分析完以后,就有了基因列表和差异倍数,有了这两个东西,就可以用clusterprofiler做GSEA,然后有了pathview包的话,就可以可视化KEGG通路怎么做GSEA,可以参考我之前的文章,R做GSEA富集分析基因列表必须是entrezid,也就是数字,这个可以用clusterprofiler转换geneList<-gene$logFC#可以是folodchange,也可以是logFC
- [基因组学]使用GAMP根据已知CDS序列来进行未知基因组序列的功能注释
巩翔宇Ibrahimovic
GMAP最早用于讲EST/cDNA序列比对到参考基因组上,可以用于基因组结构注释。后来高通量测序时代,又开发了GSNAP支持高通量数据比对。软件安装我采用的是利用源代码且在无root权限下进行安装。wgethttp://research-pub.gene.com/gmap/src/gmap-gsnap-2019-09-12.tar.gztarzxvfgmap-gsnap-2019-09-12.ta
- 怎么改手机视频格式?
无可辩驳的真理
晚上闲着无聊或者坐在车上的时候,拿出手机看视频是一件很惬意的事情,然而手机上支持的视频格式并不多,不过可以用迅捷视频转换器来转换手机视频的格式。曼城的一位警探SamTyler在办案中被车撞倒在地,从昏迷中醒来后发现自己的4×4车变成了30年前的款式,车内有把他调到曼城警署的文件。原来他回到了1973年,还是在同一栋楼里办公,成了另一个警探GeneHunt的下属,Gene是DCI(Detective
- 【Gene Expression Prediction】Part4 Predicting splicing from primary sequence
丸丸丸子w
生物信息生物信息深度学习RNA剪接
文章目录7第三个讲座:Predictingsplicingfromprimarysequence7.1RNAsplicing7.2Decodingsplicingwithdeeplearning7.3Modelperformance,interpretation,andapplication来自ManolisKellis教授(MIT计算生物学主任)的课YouTube:(GeneExpression
- 宏基因组CAG、MGS、MLG、MAG傻傻分不清?
斗战胜佛oh
在之前的Binning文章中(文章链接:《如何打破瓶颈,提升宏基因组研究level》、《宏基因组高分文章里的小技巧》),主要针对Contig进行聚类,旨在得到潜在的单菌基因组信息。除了Contig,宏基因组中还有一类序列信息,即Gene。所以类似的,我们也可以基于基因丰度进行序列聚类,比如Canopy聚类算法、Chameleon算法,得到的集合(Cluster)称为CAG、MLG、MGS等,不同的
- Day1-R 01-get_start
养猪场小老板
2.1.向量生成(1)用c()逐一放到一起,允许重复值>c(2,5,6,2,9)[1]25629>c("a","f","md","b")[1]"a""f""md""b"(2)连续的数字用冒号“:”>1:15[1]123456789101112131415(3)有重复的用rep(),有规律的序列用seq(),等差数列随机数用rnorm>rep("gene",times=15)[1]"gene""ge
- 基本数据类型和引用类型的初始值
3213213333332132
java基础
package com.array;
/**
* @Description 测试初始值
* @author FuJianyong
* 2015-1-22上午10:31:53
*/
public class ArrayTest {
ArrayTest at;
String str;
byte bt;
short s;
int i;
long
- 摘抄笔记--《编写高质量代码:改善Java程序的151个建议》
白糖_
高质量代码
记得3年前刚到公司,同桌同事见我无事可做就借我看《编写高质量代码:改善Java程序的151个建议》这本书,当时看了几页没上心就没研究了。到上个月在公司偶然看到,于是乎又找来看看,我的天,真是非常多的干货,对于我这种静不下心的人真是帮助莫大呀。
看完整本书,也记了不少笔记
- 【备忘】Django 常用命令及最佳实践
dongwei_6688
django
注意:本文基于 Django 1.8.2 版本
生成数据库迁移脚本(python 脚本)
python manage.py makemigrations polls
说明:polls 是你的应用名字,运行该命令时需要根据你的应用名字进行调整
查看该次迁移需要执行的 SQL 语句(只查看语句,并不应用到数据库上):
python manage.p
- 阶乘算法之一N! 末尾有多少个零
周凡杨
java算法阶乘面试效率
&n
- spring注入servlet
g21121
Spring注入
传统的配置方法是无法将bean或属性直接注入到servlet中的,配置代理servlet亦比较麻烦,这里其实有比较简单的方法,其实就是在servlet的init()方法中加入要注入的内容:
ServletContext application = getServletContext();
WebApplicationContext wac = WebApplicationContextUtil
- Jenkins 命令行操作说明文档
510888780
centos
假设Jenkins的URL为http://22.11.140.38:9080/jenkins/
基本的格式为
java
基本的格式为
java -jar jenkins-cli.jar [-s JENKINS_URL] command [options][args]
下面具体介绍各个命令的作用及基本使用方法
1. &nb
- UnicodeBlock检测中文用法
布衣凌宇
UnicodeBlock
/** * 判断输入的是汉字 */ public static boolean isChinese(char c) { Character.UnicodeBlock ub = Character.UnicodeBlock.of(c);
- java下实现调用oracle的存储过程和函数
aijuans
javaorale
1.创建表:STOCK_PRICES
2.插入测试数据:
3.建立一个返回游标:
PKG_PUB_UTILS
4.创建和存储过程:P_GET_PRICE
5.创建函数:
6.JAVA调用存储过程返回结果集
JDBCoracle10G_INVO
- Velocity Toolbox
antlove
模板toolboxvelocity
velocity.VelocityUtil
package velocity;
import org.apache.velocity.Template;
import org.apache.velocity.app.Velocity;
import org.apache.velocity.app.VelocityEngine;
import org.apache.velocity.c
- JAVA正则表达式匹配基础
百合不是茶
java正则表达式的匹配
正则表达式;提高程序的性能,简化代码,提高代码的可读性,简化对字符串的操作
正则表达式的用途;
字符串的匹配
字符串的分割
字符串的查找
字符串的替换
正则表达式的验证语法
[a] //[]表示这个字符只出现一次 ,[a] 表示a只出现一
- 是否使用EL表达式的配置
bijian1013
jspweb.xmlELEasyTemplate
今天在开发过程中发现一个细节问题,由于前端采用EasyTemplate模板方法实现数据展示,但老是不能正常显示出来。后来发现竟是EL将我的EasyTemplate的${...}解释执行了,导致我的模板不能正常展示后台数据。
网
- 精通Oracle10编程SQL(1-3)PLSQL基础
bijian1013
oracle数据库plsql
--只包含执行部分的PL/SQL块
--set serveroutput off
begin
dbms_output.put_line('Hello,everyone!');
end;
select * from emp;
--包含定义部分和执行部分的PL/SQL块
declare
v_ename varchar2(5);
begin
select
- 【Nginx三】Nginx作为反向代理服务器
bit1129
nginx
Nginx一个常用的功能是作为代理服务器。代理服务器通常完成如下的功能:
接受客户端请求
将请求转发给被代理的服务器
从被代理的服务器获得响应结果
把响应结果返回给客户端
实例
本文把Nginx配置成一个简单的代理服务器
对于静态的html和图片,直接从Nginx获取
对于动态的页面,例如JSP或者Servlet,Nginx则将请求转发给Res
- Plugin execution not covered by lifecycle configuration: org.apache.maven.plugin
blackproof
maven报错
转:http://stackoverflow.com/questions/6352208/how-to-solve-plugin-execution-not-covered-by-lifecycle-configuration-for-sprin
maven报错:
Plugin execution not covered by lifecycle configuration:
- 发布docker程序到marathon
ronin47
docker 发布应用
1 发布docker程序到marathon 1.1 搭建私有docker registry 1.1.1 安装docker regisry
docker pull docker-registry
docker run -t -p 5000:5000 docker-registry
下载docker镜像并发布到私有registry
docker pull consol/tomcat-8.0
- java-57-用两个栈实现队列&&用两个队列实现一个栈
bylijinnan
java
import java.util.ArrayList;
import java.util.List;
import java.util.Stack;
/*
* Q 57 用两个栈实现队列
*/
public class QueueImplementByTwoStacks {
private Stack<Integer> stack1;
pr
- Nginx配置性能优化
cfyme
nginx
转载地址:http://blog.csdn.net/xifeijian/article/details/20956605
大多数的Nginx安装指南告诉你如下基础知识——通过apt-get安装,修改这里或那里的几行配置,好了,你已经有了一个Web服务器了。而且,在大多数情况下,一个常规安装的nginx对你的网站来说已经能很好地工作了。然而,如果你真的想挤压出Nginx的性能,你必
- [JAVA图形图像]JAVA体系需要稳扎稳打,逐步推进图像图形处理技术
comsci
java
对图形图像进行精确处理,需要大量的数学工具,即使是从底层硬件模拟层开始设计,也离不开大量的数学工具包,因为我认为,JAVA语言体系在图形图像处理模块上面的研发工作,需要从开发一些基础的,类似实时数学函数构造器和解析器的软件包入手,而不是急于利用第三方代码工具来实现一个不严格的图形图像处理软件......
&nb
- MonkeyRunner的使用
dai_lm
androidMonkeyRunner
要使用MonkeyRunner,就要学习使用Python,哎
先抄一段官方doc里的代码
作用是启动一个程序(应该是启动程序默认的Activity),然后按MENU键,并截屏
# Imports the monkeyrunner modules used by this program
from com.android.monkeyrunner import MonkeyRun
- Hadoop-- 海量文件的分布式计算处理方案
datamachine
mapreducehadoop分布式计算
csdn的一个关于hadoop的分布式处理方案,存档。
原帖:http://blog.csdn.net/calvinxiu/article/details/1506112。
Hadoop 是Google MapReduce的一个Java实现。MapReduce是一种简化的分布式编程模式,让程序自动分布到一个由普通机器组成的超大集群上并发执行。就如同ja
- 以資料庫驗證登入
dcj3sjt126com
yii
以資料庫驗證登入
由於 Yii 內定的原始框架程式, 採用綁定在UserIdentity.php 的 demo 與 admin 帳號密碼: public function authenticate() { $users=array( &nbs
- github做webhooks:[2]php版本自动触发更新
dcj3sjt126com
githubgitwebhooks
上次已经说过了如何在github控制面板做查看url的返回信息了。这次就到了直接贴钩子代码的时候了。
工具/原料
git
github
方法/步骤
在github的setting里面的webhooks里把我们的url地址填进去。
钩子更新的代码如下: error_reportin
- Eos开发常用表达式
蕃薯耀
Eos开发Eos入门Eos开发常用表达式
Eos开发常用表达式
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
蕃薯耀 2014年8月18日 15:03:35 星期一
&
- SpringSecurity3.X--SpEL 表达式
hanqunfeng
SpringSecurity
使用 Spring 表达式语言配置访问控制,要实现这一功能的直接方式是在<http>配置元素上添加 use-expressions 属性:
<http auto-config="true" use-expressions="true">
这样就会在投票器中自动增加一个投票器:org.springframework
- Redis vs Memcache
IXHONG
redis
1. Redis中,并不是所有的数据都一直存储在内存中的,这是和Memcached相比一个最大的区别。
2. Redis不仅仅支持简单的k/v类型的数据,同时还提供list,set,hash等数据结构的存储。
3. Redis支持数据的备份,即master-slave模式的数据备份。
4. Redis支持数据的持久化,可以将内存中的数据保持在磁盘中,重启的时候可以再次加载进行使用。
Red
- Python - 装饰器使用过程中的误区解读
kvhur
JavaScriptjqueryhtml5css
大家都知道装饰器是一个很著名的设计模式,经常被用于AOP(面向切面编程)的场景,较为经典的有插入日志,性能测试,事务处理,Web权限校验, Cache等。
原文链接:http://www.gbtags.com/gb/share/5563.htm
Python语言本身提供了装饰器语法(@),典型的装饰器实现如下:
@function_wrapper
de
- 架构师之mybatis-----update 带case when 针对多种情况更新
nannan408
case when
1.前言.
如题.
2. 代码.
<update id="batchUpdate" parameterType="java.util.List">
<foreach collection="list" item="list" index=&
- Algorithm算法视频教程
栏目记者
Algorithm算法
课程:Algorithm算法视频教程
百度网盘下载地址: http://pan.baidu.com/s/1qWFjjQW 密码: 2mji
程序写的好不好,还得看算法屌不屌!Algorithm算法博大精深。
一、课程内容:
课时1、算法的基本概念 + Sequential search
课时2、Binary search
课时3、Hash table
课时4、Algor
- C语言算法之冒泡排序
qiufeihu
c算法
任意输入10个数字由小到大进行排序。
代码:
#include <stdio.h>
int main()
{
int i,j,t,a[11]; /*定义变量及数组为基本类型*/
for(i = 1;i < 11;i++){
scanf("%d",&a[i]); /*从键盘中输入10个数*/
}
for
- JSP异常处理
wyzuomumu
Webjsp
1.在可能发生异常的网页中通过指令将HTTP请求转发给另一个专门处理异常的网页中:
<%@ page errorPage="errors.jsp"%>
2.在处理异常的网页中做如下声明:
errors.jsp:
<%@ page isErrorPage="true"%>,这样设置完后就可以在网页中直接访问exc