正德五年（1510年）四月，武宗遣御史杨一清和“八虎”之一的张永去平定安化王朱寘鐇叛乱。在杨一清的诱导下，张永在平定叛乱之后，向武宗揭发了刘瑾17条罪状。武宗皇帝将刘瑾拘押，在查抄其家的时候，搜出了很多僭越的器物和惊人的金银财宝。当得知刘瑾罪行属实后，武宗为了解心头之恨，将刘瑾凌迟处死。
刘瑾倒台后，很多受到过刘瑾打击的官员又重新聚首京师。正德五年八月，刘瑾被诛。九月份的时候，王阳明就到北京朝觐。朝觐就是每三年进京面见皇帝，并接受吏部和都察院的考察，以做出升迁或贬谪的调动。王阳明通过水路、陆路迅速北上，仅仅用了一个多月就到了北京。
此次朝觐在正德六年（1511年）正月才正式开始，王阳明如此迫不及待地进京，主要是为了相会数年未见的好友。湛若水作为王阳明的知音，将王阳明迎接到京师大兴隆寺居住。大兴隆寺是在英宗朝由太监王振主持修建，本是想为英宗个人祈福，不想第二年就发生了“土木堡之变”，英宗被俘虏，王振死于乱军之中。大兴隆寺虽然没有给英宗和王振祈来福，却为京城的文人商旅提供了一个好去处。
王阳明在北京讲学时的地点就是大兴隆寺，住宿在这里可以回顾过往讲学的风采。在大兴隆寺，王阳明经过致仕的户部侍郎储巏的引荐，与时为后军都督府都事的黄绾相识。储巏是成化二十年（1484年）的进士，到武宗朝时已经历任太仆寺卿、佥都御史、户部侍郎。因为不满刘瑾专横跋扈的行径，他在正德五年（1510年）春致仕。虽然之后刘瑾被诛，朝廷要召回储巏，但他仍然辞不就职。因为佩服王阳明的才学，他特意将好友黄绾引荐给王阳明。
王阳明与黄绾二人论道颇有同论，境界却是不同。黄绾虽在都督府，却并没建立功勋，对大道通明，也只是纸上谈兵。王阳明却是经过了数年官场的历练，特别是经过贬谪龙场后，更是由患难中顿悟了圣人之道。因为与黄绾投缘，王阳明将其引荐给湛若水，共同论道学习。
还没有等到朝觐，吏部的调令就来了。王阳明由庐陵任上调到南京刑部四川清吏司任主事，算是一个不小的升迁。只不过王阳明又要远离北京到南京任职，这是湛若水等人万万无法接受的。湛若水让黄绾利用与吏部尚书杨一清、户部侍郎乔宇的关系，为王阳明周旋。王阳明终于如愿以偿，在正德六年（1511年）正月又升迁为吏部验封司主事。
吏部总共有四个司，按地位高低分为：文选司、验封司、稽勋司、考功司。司的长官为郎中，副长官为员外郎，其属官有主事、令史、书令史等。文选司掌考文职之品级及开列、考授、拣选、升调、办理月选；验封司掌封爵、世职、恩荫、难荫、请封、捐封等事务；稽勋司掌文职官员守制、终养，办理官员之出继、入籍、复名复姓等事；考功司掌文职官之处分及议叙，办理京察、大计。
正德六年二月，王阳明为会试同考试官。时为吏部郎中的方献夫自恃才学非凡，到大兴隆寺与王阳明论学。在王阳明渊博的知识、精辟的言辞面前，方献夫感到万分羞愧，便拜王阳明为师。王阳明在此期间继续在大兴隆寺讲学，重点讨论了朱陆之异，表达了尊陆非朱的意思，在京城学术界引起了轩然大波。
正德六年十月，王阳明升为吏部文选司员外郎。好友湛若水奉命出使安南（越南古称，包括现广西一带），暂时与王阳明别离。王阳明一生寻寻觅觅才得到湛若水这个知音，如今却又别离，顿感个人势单力孤。王阳明心知单凭自己一人不能将圣人之学发扬光大，因此而为湛若水作《别湛甘泉序》。
在《别湛甘泉序》中，王阳明对圣人之道的嬗变提出了自己的几点看法。
圣人之道的消匿。颜回死后，圣人的绝学灭亡。虽有曾子得道传给孟子，圣人之道却自孟子后沉寂两千余年。到了宋代，周敦颐与二程重新解读圣人经典，参悟圣人之道。然而，对圣人的经典著作解释越多，圣人之道就越模糊不清。随着佛老的盛行，儒家的独尊地位已经受到了威胁。当世人虽然都读孔孟的经典，好像是得到了圣人之道，其实仍然困顿于那些注解者的思维中。
圣人之道被肢解。宋儒在研究孔孟之学的过程中，不从整体入手，而是钟情于只字片语的解说。一叶障目、管中窥豹的意味可以想象，从而对圣人之道的理解走上了歧途。这些研究者只不过是用圣人的言辞来佐证自己的思想，并非是由圣人之道本身出发。就像我们过分地将科技发明附会到古人的聪明上一样，臆断的成分过多，就改变了最初的味道。明代沿用朱熹对四书五经的注本，受到朱熹臆断之说影响最大。
圣人之道与佛老迥异。宋代之所以又出现了一次中国思想史上的高峰，与佛老在中原的传播不无关系。佛教和道教在魏晋南北朝的时候就开始与政治结合，得到了很多统治者的宣扬。在唐宋的时候，佛老已经成为与儒学相抗衡的学术。宋代的儒者为了挽救思想信仰上的颓势，不得不为儒学注入新的活力。为此宋代形成了其特有的理学，是以儒学为主体，兼收佛老的思想。在圣人之学中，儒学才是根本，虽然在某些地方与佛老契合，但却是迥然不同的。很多人在儒学中寻求不到圣人之道，就悲观地转向了佛老。
王阳明自幼在儒释道之间穿梭，对圣人之道已经有所参悟，能更清楚地看到明朝的学术弊端。只不过要矫正明朝的学术歪风，以王阳明一人之力是远远不够的，他需要知己的相助。可是湛若水就要离开了，他内心未免显得异常空虚。就在这年年底，方献夫也因病回到了西樵，开始了长达十年的隐居生活。至于黄绾，则在第二年告病回到浙江黄岩。王阳明在北京的好友都散去了。
正德七年（1512年）三月，王阳明升任吏部考功司郎中。王阳明并没有因为诸多朋友的离京而放弃讲学，反而将更多的热情投入到讲学上。有穆孔晖、顾应祥、郑一初、方献科、王道、梁谷、万潮、陈鼎、唐鹏、路迎、孙瑚、魏廷霖、萧鸣凤、林达、陈洸、黄绾、应良、朱节、蔡宗兖、徐爱等爱徒的陪伴，王阳明似乎又有了底气。
王阳明只不过是个吏部考功司郎中，在京城中大张旗鼓地讲学，已经引起了很多人的非议。更何况王阳明的很多学问都是直指朱学的要害和明朝学术流弊，这让当权者非常担忧。为了阻止王阳明继续蛊惑年轻的学子们，朝廷决定对王阳明进行柔性制裁，那就是明升暗降。在正德七年（1512年）十二月，王阳明被任命为南京太仆寺少卿。因为徐爱接受吏部考核后升任南京工部员外郎，所以师徒二人一同南下。
徐爱既是王阳明的妹婿，又是王阳明最早招收的弟子。徐爱最大的特点并非聪慧绝顶，而是善于揣摩王阳明的心思。很多圣人回答弟子的问题从来都不会直接回答或者详细解说，而是希望弟子们自己顿悟。徐爱总是能从王阳明的讲话中抓住很多寓意深刻的话语，成为王阳明学说最明晰的解说者。王阳明与徐爱犹如孔子与颜回，有着惺惺相惜的师徒情谊。
在北京讲学的时候，王阳明就以批判朱熹等宋儒为主，特别是对朱熹注解编纂的四书五经大加批评。在陆九渊与朱熹之间，王阳明最终选择了陆九渊，其意图就在于寻找一条属于自己的通往圣人的道路。正所谓“工欲善其事，必先利其器”，王阳明要想否定朱熹，就得从朱熹的经典著作入手。王阳明首先让徐爱背诵《大学》，徐爱不知王阳明何意，就背了起来：“大学之道，在明明德，在新民，在止于至善……物有本末，事有始终，知所先后，则近道矣”；“古之欲明明德于天下者，先治其果；欲治其国者，先齐其家……”王阳明特意点出徐爱读“在新民”读错了，可是明朝所用朱熹版本的确是“在新民”。王阳明说程颐和朱熹错了，而且错得离谱。
孔子说“修己以安百姓”，其中的修己就是“明明德”，安百姓就是“亲民”。程颐将亲民改为新民，朱熹还错误地沿用。用第二手资料难免有错误，更可恨的是朱熹还将原有的文字分割解释，掺杂了很多自己的思想，将圣人之言改得面目全非。其实在《礼记》的旧本中就有对大学之道的记载，一味地遵循朱熹的解释，只能是误入歧途。
王阳明的论学是让学生打破对权威的崇拜，在思想上得到真正的解脱。徐爱从小读的就是朱熹注解的四书五经，早就将二程、朱熹奉为圣人。在他的心中，从来没有怀疑圣人之言的想法，只是遵从。王阳明所说的“格物是诚意功夫，明善是诚身功夫，穷理是尽性功夫，道问学是尊德性功夫，博文是约礼功夫，惟精是惟一功夫”让徐爱的思路大开，不禁对王阳明更加钦佩。徐爱将王阳明的论断记录下来，并收录在《传习录》中，犹如孔子之徒所集成的《论语》一样。
起初徐爱以为这是王阳明凭空而思所得，之后才了解到这是王阳明经过谪居龙场后所悟到的。经过实践得到的很多论断，都会有很多旁证，比凭空的思想构架更加具有合理性。学为实则用，如果不能将所学的运用到实践中，那这种学问就没有存在下去的必要。这也就是为什么中国很多能工巧匠的绝学都失传的一个缘故。
王阳明和徐爱二人没有直接上任滁州，而是绕道回余姚老家。正德八年（1513年）二月，他们到达了余姚，与父亲王华、祖母岑氏相见。王阳明终于忍不住心中的激动，流下了泪水。在家中居住多时，王阳明唯一感到压力的就是父亲和祖母催促子嗣的问题。王阳明已经42岁，和诸氏结婚也已经25年，却连个孩子都没有。在那个时代，“不孝有三，无后为大”，弄得王阳明甚为头痛。
王阳明无子的原因有很多，大概包括以下几个原因：一、王阳明和诸氏两人中有一人生理上没有生育能力，或者两人都没有生育能力；二、王阳明和诸氏在心理上有太多压力，导致诸氏不能怀孕；三、王阳明为官在外，很少与诸氏团聚，影响了延续子嗣。因为王阳明没有子嗣，诸氏内心的压力也特别大。在古代，一般都怀疑女人没有怀孕的能力，会催促男人娶妾来延续子孙。王阳明觉得新婚之日夜宿铁柱观很对不起诸氏，所以一直都没有娶妾。
这次省亲，王阳明决定多停留数月，好在江南各地游览一番。在黄岩养病的黄绾曾与王阳明相约游黄岩。黄岩地处浙江东南，北有天台山，南有雁荡山，是个游览的绝佳之地。因为黄绾迟迟不来余姚相会，在徐爱的怂恿下，王阳明与徐爱踏上了南游的旅途。他们首先游览了四明山，之后又登虞山，观赏白水冲，再登雪窦山。
王阳明本打算游览四明山后，经奉化去黄岩与黄绾相会，没想到在奉化看到了当地的旱情。王阳明看到百姓生活的惨景，游览的兴致顿消，便返回宁波，然后回到了余姚。回到余姚，王阳明才看到黄绾的来信，知道黄绾在黄岩等候。王阳明特意写了一封关于游览各处用意的书信给黄绾，并拿给徐爱浏览。
徐爱本以为游山玩水是一种放松心情的好方法，没想到王阳明却将其当做点化弟子、促使弟子顿悟的方式。徐爱对王阳明的很多理论都有感悟，并在心中树立了实践出真知的理念。王阳明论道虽然多为言辞，却从来都不提倡以文辞争执解决问题，而是尊崇实实在在的具体实践行为。
正德八年（1513年）十月，王阳明终于走马上任滁州，出任南京太仆寺少卿。明朝设立的太仆寺为兵部的分支机构，专督马政，为从三品衙门。太仆寺设卿一人，主寺事；少卿三人，一人佐主寺，一人督营马，一人督畿马；寺丞四人，分理京卫、畿内及山东、河南六处的孶牧、寄养马匹。太仆寺在明初的规模建制很大，有利于保障军事力量的强盛。随着后世君王的懈怠，太仆寺的职责逐渐减弱，成为名副其实的清闲衙门。
滁州在明初时为太仆寺的治所，被称为当时最大的养马基地。明成祖定都于北京后，滁州的太仆寺则隶属于南京的行政体系，地位一落千丈。原有的牧场又被百姓开垦为田，马匹的数量也锐减。等御马监干预马政之后，两京太仆寺的地位都不再重要。王阳明升任南京太仆寺少卿，实则是又一次的放逐。
因为在滁州过于闲散，王阳明只能寄情于山水，与门人遨游琅琊、瀼泉间。很多门人弟子都赶到滁州与王阳明游历，逐渐形成一种风气。在游历的过程中，王阳明与诸位门人论学、唱歌、跳舞，乐在其中，忘乎所以。在此期间，王阳明很乐意与门人弟子讨论问题，或者回答他们提出的千奇百怪的问题。其中最有争议的问题就是，很多人将王阳明宣扬的学问误认为禅学，引起了世人的误解。王阳明并没有将儒学与禅学对比，非要将两者分个清楚，而是要学生由本心出发去理解儒学和禅学。
在回答学生问题的过程中，王阳明突然发现自己犯了一个很大的错误。由自己的本心出发看待世间的万事万物，首先得确定内心有一个判断是非、美丑、善恶的标准。而内心这个标准的形成却需要阅历的锤炼。王阳明有那样的经历锤炼，并不代表每个人都有过那样的经历，从而在心中塑造一个评判的标准。
正德九年（1514年）四月，王阳明升任南京鸿胪寺卿。明朝的鸿胪寺是礼部的分支机构，掌管朝会、宾客、吉凶仪礼等事。郊庙、祭祀、朝会、宴飨、经筵、册封等国家大典礼和在外官员的朝觐、外国使节的朝贡、派出使臣的复命及谢恩，都由鸿胪寺主持办理。然而南京的鸿胪寺却是一个清闲衙门，并没有什么事情要处理。
在门人的相送下，王阳明于五月份抵达南京。因为在南京公务甚少，王阳明依然选择了与门人讲学。此时黄宗明、薛侃、马明衡、陆澄、季本、许相卿、王激、诸偁、林达、张寰、唐俞贤、饶文璧、刘观时、郑骝、周积、郭庆、栾惠、刘晓、何鳌、陈杰、杨杓、白说、彭一之、朱箎辈，同聚师门。在论学的过程中，王阳明本来是为了宣扬“经世致用，革除弊政”的思想，没想到却导致很多门人养成了空谈的风气。
王阳明缩小了讲学的范围，将“存天理，灭人欲”立为主要宣扬的思想。修身的最终目的就是达到个人无私欲，只有天理。唯有达到思想通明，才能看透功名利禄，看透生死轮回，看透人欲天理。王阳明希望可以净化门人弟子的凡心，剔除那些被功利所熏染的陈杂。对于佛老与儒学的区别，很多弟子都再次提出来。
佛老与儒学在某些方面是契合的，所以才会产生宋儒糅合儒佛老三者而成的宋学。王阳明认为只有亲身地去了解佛老之学，然后与儒学相对照，才能真正窥测到它们之间细微的不同。王阳明前边提倡的“知行合一”学说，并不能真正地被弟子们所接受，这为王阳明创立新学说提供了一个绝佳的思考环境。
正德十年（1515年）正月，王阳明趁着朝廷举考察之典，上疏提出辞官归乡，被朝廷驳回。是年八月，王阳明又以自己疾病缠身为由向朝廷提出回家养病的意愿，又没有得到朝廷的批准。为何王阳明几番辞官归隐，都得不到朝廷的恩许？其中隐含着朝廷太多的无奈。第一，王阳明与其父都曾为朝廷服务多年，特别是其父王华本为成化年间的状元，却遭到了刘瑾的迫害。朝廷为了表达自己的愧疚，断然不会让王阳明致仕，断了王门的仕途。第二，王阳明在京师讲学引起了很大的反响，与朝廷的统治思想相左。如果王阳明在朝廷任职，朝廷尚有手腕打压王阳明继续宣扬异说。如果放王阳明出官场，王阳明必定要致力于宣扬自己的学说，会引起朝廷的动荡。第三，王阳明确实是文武全才，在当朝来说绝无仅有。朝廷正处多事之秋，放走王阳明就有可能减弱朝廷抵抗危机的力量。朝中很多有见识的贤臣良相对王阳明抱有希望，所以都极力挽留。
这年龙山公王华为王阳明解决了子嗣问题，此时王阳明已经44岁，还没有孩子，只有将堂弟王守信的第五子正宪立为子嗣。王阳明虽然心有不甘，但过继正宪，总算是了却了一件烦心事。