【单细胞转录组】细胞通讯cellTalker

1.细胞通讯

细胞与人一样，彼此之间是不断交流的。人们是通过对话，而细胞是通过分泌蛋白质来传递和接收信息。细胞之间的通信对于维持体内的大多数功能而言是必需的，并且还可以帮助身体正确地响应外部线索 – 比如疾病或损伤。

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2.scRNA “配体-受体”分析工具

2.1 CellPhoneDB

CellPhoneDB（https://www.cellphonedb.org）是公开的人工校正的，存储受体，配体以及两种相互作用的数据库，细胞间的通讯依赖于多亚基蛋白质复合物，而CellPhoneDB的配体和受体均包含亚基结构，可准确代表异聚复合物。

CellPhoneDB可在线搜索特定的配体/受体或查询您自己的单细胞转录组学数据。

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2.2 iTALK

iTALK是一款用于细胞通讯分析的R包，这个包的应用比较简单，可以自定义定制的配体-受体数据库。默认数据库分析物种为人。

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2.3 celltalker

celltalker也是一款用于细胞通讯分析的R包，在这里我们将详细讲解。 对单细胞RNAseq数据可能进行的多种分析之一是对假定的细胞间通讯的分析。 celltalker试图通过寻找细胞群内和细胞群之间已知的配体和受体对的表达来评估细胞之间的通讯（即“交谈”）。可以使用任何一组已知的配体和受体。 Ramilowski等人（Nature Communications，2015年）的出色工作为细胞通讯的分析准备了一套配受体。我们可以使用此配体和受体列表作为起点，并选择自己的已知配体和受体列表。

为了稳健起见，每个组中应有多个重复样品，celltalker只对跨组一致表达的配体和受体感兴趣（而与仅在单个重复中发现的潜在的极好的相互作用相反）。通过查看组中每个样本的个体表达矩阵并仅提取那些满足给定（任意）阈值的相互作用来完成此任务。

cell talker 主要步骤如下：

1. 使用标准的Seurat工作流程（v.3.1.1）对数据进行聚类

2. 使用Celltalker建立样品组中一致表达的配体和受体的列表

3. 确定与一组的假定配体/受体相互作用

4. 评估组之间唯一表达的配体/受体对

5. 识别和可视化一组中独特的配体/受体对

具体教程如下可参见以下链接：

https://arc85.github.io/celltalker/articles/celltalker.html#summary

最终结果如下：

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