R语言ggtree+msa可视化进化树+多序列比对的结果

这两天看用vcf文件做单倍型网络的内容，找到了一篇plos one上的论文

论文题目是

A workflow with R: Phylogenetic analyses and visualizations using mitochondrial cytochrome b gene sequences

image.png

论文提供了完整的R语言代码和示例数据

里面一小部分内容是关于进化树的可视化展示并且关联多序列比对的结果的。记录下这个代码

我自己的数据是vcf文件，论文中提供的fasta格式的文件

读取vcf文件

library(vcfR)

vcf.example<-read.vcfR("popgenome/KiwifruitPathogenFiltered.recode.vcf")
df<-vcfR2DNAbin(vcf.example)

做进化树并使用ggtree可视化展示

library(ggtree)
library(ape)
dnbin<-dist.dna(df,model = "K80")
dnbin
tree<-nj(dnbin)
tree
ggtree(tree,branch.length = "none")+
  geom_tiplab()+
  #theme_tree2()+
  xlim(0,10)

image.png

关联fasta序列内容

这里使用到的是msa这个R包

首先是安装

BiocManager::install("msa")
library(msa)
help(package="msa")

可视化展示

ggtree(tree)+
  xlim(0,0.1)+
  geom_tiplab(align = T) -> p1
p1
njmsaplot<-msaplot(p1, df, 
                   offset = 0.02, 
                   width=1, 
                   height = 0.5, 
                   color = c(rep("rosybrown", 1), 
                             rep("sienna1", 1), 
                             rep("lightgoldenrod1", 1), 
                             rep("lightskyblue1", 1),
                             "red"))

image.png

msa这个包是第一次接触，还没有学会其中函数的用法，先知道有这个功能，等到用到的时候再来学习吧

今天推文的示例数据偏大，运行时间可能会比较长

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