10X Genomics 建立自己的参考基因组

10X Genomics为Cell Ranger提供了可以直接使用的人和小鼠基因组。此外，研究人员可以为其他物种创建自定义参考基因组，或向参考添加感兴趣的自定义标记基因，例如GFP。以下教程概述了使用cellranger mkref构建自定义参考基因组步骤。

• 1. 准备输入文件，以小鼠为例：
     输入文件为gtf与fasta文件：
     1.下载小鼠fasta文件与gtf文件

#fasta
wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-93/fasta/mus_musculus/dna/Mus_musculus.GRCm38.dna.primary_assembly.fa.gz
gunzip Mus_musculus.GRCm38.dna.primary_assembly.fa.gz
#gtf
wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-93/gtf/mus_musculus/Mus_musculus.GRCm38.93.gtf.gz
gunzip Mus_musculus.GRCm38.93.gtf.gz

• 2. 制作自己需要的GTF文件

cellranger mkgtf Mus_musculus.GRCm38.93.gtf Mus_musculus.GRCm38.93.filtered.gtf \
                 --attribute=gene_biotype:protein_coding \
                 --attribute=gene_biotype:lincRNA \
                 --attribute=gene_biotype:antisense \
                 --attribute=gene_biotype:miRNA \
                 --attribute=gene_biotype:IG_LV_gene \
                 --attribute=gene_biotype:IG_V_gene \
                 --attribute=gene_biotype:IG_V_pseudogene \
                 --attribute=gene_biotype:IG_D_gene \
                 --attribute=gene_biotype:IG_J_gene \
                 --attribute=gene_biotype:IG_J_pseudogene \
                 --attribute=gene_biotype:IG_C_gene \
                 --attribute=gene_biotype:IG_C_pseudogene \
                 --attribute=gene_biotype:TR_V_gene \
                 --attribute=gene_biotype:TR_V_pseudogene \
                 --attribute=gene_biotype:TR_D_gene \
                 --attribute=gene_biotype:TR_J_gene \
                 --attribute=gene_biotype:TR_J_pseudogene \
                 --attribute=gene_biotype:TR_C_gene
                 

• 3. 为ce​​llranger mkref设置命令，这个时间比较久，可能需要几个小时。

cellranger mkref --genome=mm10 \
                 --fasta=Mus_musculus.GRCm38.dna.primary_assembly.fa \
                 --genes=Mus_musculus.GRCm38.93.filtered.gtf \
                 --ref-version=3.0.0

• 4. 查看运行cellranger mkref的结果是否正确
     到这里自己的参考基因组就建好了，下一步就可以执行mapping了。

此外，也可以 将您的标记基因添加到FASTA和GTF中

参考：Build a Custom Reference With cellranger mkref