gromacs学习及使用(3)

1.GROMACS分子动力学模拟教程：多肽-蛋白相互作用
8. 溶剂和氢原子位置的弛豫: 位置限制MD

gmx grompp -v -f 03_nvt_pr1000_PME.mdp -c protein-EM-solvated.gro -p protein.top -o protein-NVT-PR1000.tpr
gmx mdrun -v -deffnm protein-NVT-PR1000

9. 放开限制: 第二次预平衡
   

gmx grompp -v -f 04_npt_pr_PME.mdp -c protein-NVT-PR1000.gro -p protein.top -o protein-NPT-PR1000.tpr
gmx mdrun -v -deffnm protein-NPT-PR1000

gmx grompp -v -f 04_npt_pr_PME.mdp -c protein-NPT-PR1000.gro -p protein.top -o protein-NPT-PR100.tpr
gmx grompp -v -f 04_npt_pr_PME.mdp -c protein-NPT-PR100.gro -p protein.top -o protein-NPT-PR10.tpr

溶剂可及表面(SAS, solvent accessible surface)或溶剂可及表面面积(SASA, solvent accessible surface area).
对轨迹进行主成分分析(PCA, PrincipalComponents Analysis).

2.GROMACS中文教程之: 蛋白质配体复合物
3.GROMACS进行蛋白小分子复合物分子动力学模拟流程及遇到的问题

4.GROMACS教程2：蛋白-配体复合物（Protein-Ligand Complex）
5.物美价廉：GROMACS 2018在GPU节点上的使用

6.计算化学购机配置推荐
7.阿里云E-HPC GROMACS分子动力学模拟实践