Bioconductor以及一些常用包的安装

       安装前提：安装R语言，安装Rstudio，安装成功后切换到合适的镜像源，如果没有新建项目。开始工作前记得新建项目。（对于windows系统，要额外安装Rtools，安装后需要手动配置路径，记得这里要添加两条来自不同bin目录的路径）

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1，Bioconductor的安装

为了方便安装生信相关的包，先安装Bioconductor（Bioconductor介绍），这是基因组数据分析相关的软件包仓库，相较于CRAN上的包更全更新。

代码：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))

  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install(version = "3.10")

（注意如果版本更新，代码可能会变，在官网查询安装说明可更新）

2，安装WGCNA，GEOqueary, limma,DESeq2,edgeR

在前面安装完Bioconductor后，利用BiocManager命令安装上述常用的包。

WGCNA：加权基因共表达网络分析

GEOqueary：用于下载GEO数据

limma：基因芯片表达矩阵的分析

DESeq2：差异基因分析

edgeR：差异基因分析

代码：

BiocManager::install("WGCNA")

(其他几个包的安装命令相同，注意引号）

安装过程要安装各种依赖包，如果出现安装依赖包失败，就先单独安装该依赖包，然后再次执行上述命令，注意，对于新升级后的mac系统，可能出现如下因为stadio.h文件缺失的报错。

图1，WGCNA安装报错

解决办法如下：

图2，解决办法

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今天继续安装一些R包，主要是如下：

GSEABase，GSVA，clusterProfiler，FactoMineR，factoextra，pheatmap，ggpubr，biomaRt

org.Hs.eg.db，hgu133plus2.db，KEGG.db

在安装FactoMineR的依赖包的时候发现，nloptr这个包装不上，报错情况如下：

图1:nloptr包安装问题

这里发现，在从source更新nloptr，安装的时候就会出现编译问题，暂时未发现解决办法，但是旧版本的nloptr包可以使用。