R语言【rgbif】——用rgbif下载物种分布数据（rgbif包的初步探索）
简介
GBIF开放了全球物种分布数据
准备工作
install.packages("rgbif")
物种查询与下载
1. 在GBIF中查询数据需要目标类群的唯一物种识别号（key number）。
key <- name_suggest(q="Mahonia", rank = "genus")$data$key[1]
key
博主以Mahonia属为例。输出的识别号如下：
3033842
详解name_suggust函数
官方提供的用户手册中翻译如下：
1. 描述
简便快捷地查询==单次至多20个科学名==的唯一识别号。输出结果依次排列。
2. 函数用法
name_suggest(
q = NULL,
datasetKey = NULL,
rank = NULL,
fields = NULL,
start = NULL,
limit = 100,
curlopts = list()
)
3. 参数详解
| 参数 | 含义 |
|---|---|
| q | （字符型，必填）单一的搜索参数。可以是单个，也可以是俗名 |
| datasetKey | （字符型）根据checklist数据集键(uuid)进行筛选 |
| rank | （字符型）分类等级。包括 class, cultivar, cultivar_group, domain, family, form, genus, informal, infrageneric_name, infraorder, infraspecific_name, infrasubspecific_name, kingdom, order, phylum, section, series, species, strain, subclass, subfamily, subform, subgenus, subkingdom, suborder, subphylum, subsection, subseries, subspecies, subtribe, subvariety, superclass, superfamily, superorder, superphylum, suprageneric_name, tribe, unranked, or variety |
| fields | （字符型）决定输出的data.frame |
| start | 默认0 |
| limit | 默认100，最大值1000 |
| curlopts | 传给HttpClient的已命名curl选项列表 |
4. 可多项输入的参数
- rank
- datasetKey
2. 查询目标类群在GBIF中的地理分布记录数量
occ_count(taxonKey=key, georeferenced=TRUE, basisOfRecord=
"PRESERVED_SPECIMEN")
输出显示有7274条记录。
注意
虽然上述语句可以执行，但在rgbif3.7.6版本中，会提示：arg ‘georeferenced’ is deprecated since rgbif 3.7.6, use ‘hasCoordinate’ and ‘hasGeospatialIssue’ instead.
尽管不会影响使用，但仍建议将上述语句替换为：
occ_count(taxonKey=key, hasCoordinate=TRUE, basisOfRecord= "PRESERVED_SPECIMEN")
并且，修改后的语句，返回结果更多：8697
详解occ_count函数
官方提供的用户手册中翻译如下：
1. 描述
获取记录数量
2. 函数用法
occ_count(..., occurrenceStatus = "PRESENT", curlopts = list())
3. 参数详解
| 参数 | 含义 |
|---|---|
| … | 传递给occ_search()的参数 |
| occurrenceStatus | （字符型）默认值PRESENT。可以指定为 “PRESENT” 或 “ABSENT” |
| curlopts | Curlopts(列表)curl选项。 |
4. 详情
occ_count()实际上是occ_search(limit=0) m e t a meta metacount的封装函数。需要注意，在rgbif3.7.6版本中，occ_count()使用了与以往版本不同的GBIF API。georeferenced, type, date, to, from参数被移除
c(“a”,“b”)写法会报错，可替换为"a;b"
3. 搜索目标类群在GBIF中的地理分布记录
data <- occ_search(scientificName = "Mahonia", limit= 10000, hasCoordinate = TRUE, basisOfRecord= "PRESERVED_SPECIMEN")
4. 保存数据
write.xlsx(data$data, "D://Work_Space/mahonia/Mahonia现存分布数据/GBIF-Mahonia.xlsx", overwrite = TRUE)