肝细胞癌异常甲基化差异表达基因及通路的生物信息学分析

原文题目：Bioinformatics analysis of aberrantly methylateddifferentially
expressed genes and pathways in hepatocellular carcinoma

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背景：
1.肝细胞癌(HCC)是最常见的肝癌类型，是世界范围内主要的侵袭性恶性肿瘤之一，是导致癌症相关死亡的第三大原因。
2.肿瘤表观遗传学被认为是基因表达的遗传修饰，包括DNA甲基化、非编码RNA和组蛋白乙酰化。
3.DNA序列的甲基化改变，包括癌基因的低甲基化和抑癌基因的高甲基化，被认为是肿瘤发生的关键事件。因此，甲基化差异表达基因(MDEGs)的检测和对其特征的深入了解可能有助于发现HCC的分子机制和发病机制。
方法及结果：
1.微阵列数据
挖掘基因表达数据集GSE25097和基因甲基化数据集GSE57956（GPL10687）

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2.数据处理
使用GEO2R分析差异表达
DEGs和DMGs截止标准：P < 0.05 and |fold change| > 2
MATCH DEGs和DMGs（见上图）
确定Hyper-LGs和Hypo-HGs
3.功能和通路富集分析
使用DAVID作GO和KEGG分析

GO

KEGG

p-value<0.05 认为具有显著性
4.建立PPI及模块分析
使用STRING建立Hyper-LGs和Hypo-HGs的PPI，截止标准及相互作用数值为0.4

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使用Cytoscape可视化PPI
使用cytoHubba对hub genes排序

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使用MCODE分析PPI的模组（MCODEscore > 4 and number of nodes > 5）

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参考来源：生信技能树

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