bioconductor入门——第一弹

写在前面的废话

说话要算数，挨打要立正……
既然之前说了要写一个bioconductor系列，那肯定不能食言。

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当然了，现在天气这么冷，我猜你们肯定不愿意动手撸代码。没关系，咱今天不看代码，不写脚本，写点看起来比较轻松的蹲坑读物

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太长不看系列

今天没有太长不看系列……
既然是蹲坑读物，那必须要长，要有意思，能让你蹲的腿脚发麻才算是成功

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废话超多系列

你既然选择来看这个bioconductor系列，那我就默认你对R有了一定的了解。如果你说你还没接触过R，那对不起，出门左转买本《R语言实战》，把前四章简单看看，再回来继续阅读咱这蹲坑专用读物。

bioconductor是开源的这些老生常谈的话，咱不多说，我猜你们也不喜欢听。咱先思考一下，为什么这个东西叫作bioconductor？看看它的名字，conductor，你可以叫它指挥官，也可以把它译为指挥家。但是大致的意思，我猜你是能理解的。

处理生物数据的R包就是不同的音乐家，而bioconductor就是那个指挥，可以将这些工具完美的协调。你也可以把bioconductor看作是一个仓库，里面汇聚着各种生物数据处理的R包。

Bioconductor的一些包只有很少的用户，而其他一些包被认为是针对特定领域的黄金标准分析工具。因为是开源的，因此任何人都可以写，这就导致了一些R包的质量很高，而另一些包的质量就相对较到底。

正所谓“林子大了什么鸟都有”

那么，我们为什么要选择biocondutor呢？它有俩有点，一个是效率高，另一个则是灵活性好。就像乐高积木一样，你可以对这些R包组合使用，完成你的科研任务！！！（来自一枚生物狗的呐喊……）

官方网站知多少？

也许你第一次接触bioconductor，也许你每天都在使用bioconductor，但我猜你肯定没有认真的看过它的官网，如下图。

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我们首先看一下左下角的Use模块，我们可以看到bioconductor把它的包分成了三个部分，分别是software，Annotation，Experiment，分别是一些软件包，注释包和实验数据包。

software

随便找一类试下，比如software，首先点击software，进入一个新的界面，具体如下：

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我们可以看到左侧是一些名字列表，这些叫作BioCViews或者说是Bioconductor Views。这些关键词可以帮助我们很快的找到我们想要的R包。这个东西类似于我们的文件目录管理系统。比如我们打开BiologicalQuestion下的DIfferentialExpression，我们发现右侧出现了我们常用的差异表达package（如下图）。

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我看到了我最喜欢用的差异表达工具DESeq2，那么我们就以DESeq2为例，继续介绍bioconductor的其他信息。点击DESeq2进入详情页。

首先映入眼帘的是DESeq2的标准信息，比如R包版本，功能描述以及作者之类的信息。

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你往下划拉划拉，你会看到下图所示的部分。这一部分是R包的vignette，也就是这个R包的说明文档，它主要告诉你这个R包具体如何使用，可以说是我们学习一个软件包的第一手资料了。

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vignette：这是每个包都有的信息，是我们了解这个包的具体信息的第一个地方。或长或短，甚至有的包有多个vignette
可以看到

再仔细看看，里面有个NEWS部分，这也是很有用的信息。它记录了这个包每次release，所修改的地方，帮助我们更清楚的认识每次的删改。比如，我就是从bowtie和Tophat的更新信息，深刻的认识了它们的关系

work flow

讲的有点深了，不适合蹲坑读了……咱再看看这个官网主页其他有意思的地方，比如这个workflow，如下图：

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点击进入之后，是这个鬼样子：

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workflow是Bioconductor的一个很实用的功能，它帮我们规划好了比较经典的分析流程，减轻了我们思考的负担。让我们随便点击其中一个，如RNAseq123，打开是这样的：

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然后自己找找vignette部分，看看具体信息，你会发现一片新大陆。原来你苦苦寻找的教程，竟然在这里也能发现，而且还是官方的！！！！

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写在最后的话

bioconductor官网上有意思的部分，还有很多。但这是一个蹲坑读物啊，为了防止你脚麻了心里骂我，我就不继续写了。

所谓授人以鱼不如授人以渔，说的不就是我吗？此处臭不要脸一下……希望这篇文章可以帮助你更好的认识bioconductor，更好的找到适合自己的分析工具

未完，待续……