Cell-Cell Interaction Database|| 单细胞配受体库你还在文章的附录里找吗？

Cell-Cell Interaction Database ：

https://baderlab.org/CellCellInteractions#ref6

Cell-Cell Interaction Database 描述了通过过滤已有的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)数据，细胞-细胞相互作用数据库的自动构建。细胞间的相互作用对理解组织结构很重要。我们和其他人建立了细胞-细胞相互作用数据库(1,2,3,4,5)。这个网站提供的资源代表了一套自动构建的蛋白质-蛋白质相互作用，它可以介导细胞-细胞间的通讯，与我们之前建立的数据库相比，这个数据库得到了扩展。

受体来源：

配体来源：

GO编号背会了吗？
人工校正：

• 既不是受体也不是配体的基因被移除
• 分类错误的基因被移到正确的列表中(即在配体列表中找到受体，反之亦然)

最后：
受体- 1851个基因
配体- 1593个基因
ECM - 433基因

点击下载吧：

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cellphonedb

https://www.cellphonedb.org/

CellPhoneDB是一个可公开获取的组织受体、配体及其相互作用的知识库。配体和受体都包括亚基结构，准确地代表异构体复合物。这是至关重要的，因为细胞和细胞之间的通信依赖于多亚基蛋白复合物，而这些蛋白复合物超出了大多数数据库和研究中使用的表示。

CellPhoneDB集成了现有数据集和新的人工审查信息。CellPhoneDB使用来自以下数据库的信息:UniProt, Ensembl, PDB, IMEx联盟，IUPHAR。

CellPhoneDB可以用来搜索一个特定的配体/受体或查询你自己的单细胞转录组数据。

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cellchat：

http://www.cellchat.org/index_inner.html
CellChat Explorer包含两个主要组件:
(a)配体-受体相互作用浏览器，使我们的配体-受体相互作用数据库的容易探索
(b)细胞-细胞通讯Atlas Explorer允许简单的探索和信息沟通对于任何给定scRNA-seq数据集

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我们发现其实受配体是某种通路的关键基因，于是我们可以：

GO：

http://amigo.geneontology.org/amigo/search/ontology?q=ligand%20receptor

落脚在pathway上，开心了吗？