【plink系列】第2篇-如何修改plink里的样本信息

接着上次写了plink的第1篇基本格式后，小Q今天开始写第2篇-如何修改plink里的样本信息啦！

• 第1篇-数据格式：https://www.jianshu.com/p/ebaa8311b318

首先我们假设数据是这个样子的，2个样本，2个SNP，这里采用ped & map

plink.ped & plink.map
ped： 家庭ID 样本ID 父亲ID 母亲ID 性别 疾病状态 SNP1的基因型 SNP2的基因型
ind1FID ind1IID F1 M1 1 0 A G G T
ind2FID ind2IID F2 M2 2 0 G G T T
map: 染色体号 SNPID 遗传距离 物理距离
1 snp1 0 100
2 snp2 0 1000
这些信息怎么表示请见《第1篇-数据格式：https://www.jianshu.com/p/ebaa8311b318》

plink里记录的样本信息主要包括以下几种：

1. family ID：家庭ID
2. 个体ID
3. 父亲ID
4. 母亲ID
5. 性别
6. 患病状态

所以更新样本信息主要是更新以下几类：

1. 样本自己的ID

• --update-ids expects input with the following four fields:
  Old family ID
  Old within-family ID
  New family ID
  New within-family ID
• inputfile内容如下
  ind1FID ind1IID ind1FID2 ind1IID2
• 命令行
  plink --file plink --update-ids inputfile --recode --out newplink

2. 父母的ID

• --update-parents expects the following four fields:
  Family ID
  Within-family ID
  New paternal within-family ID
  New maternal within-family ID
• inputfile内容如下
  ind1FID ind1IID F1new M1new
• 命令行
  plink --file plink --update-parents inputfile --recode --out newplink

3. 性别

• --update-sex
  Family ID
  Within-family ID
  sex information (1 or M = male, 2 or F = female, 0 = missing)
• inputfile内容如下
  ind1FID ind1IID 2
• 命令行
  plink --file plink --update-sex inputfile --recode --out newplink

下期预告：

• 第3篇-如何利用plink提取部分数据
• 第4篇-如何利用plink合并不同来源的数据
  ......

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撰文 & 编辑：VickieQ
校对：HCLO4 & 花毛