分子动力学模拟

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分子动力学（Molecular Dynamics，MD）模拟是一套结合物理，数学和化学的综合分子模拟方法，该方法主要是依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动，在由分子体系的不同状态构成的系综中抽取样本，计算体系的热力学量和其他宏观性质。引入量子力学方法后，可将研究领域进一步扩展到反应机理的研究。 

适合的研究方向包括但不限于：生物，生化，医药，医学，药物，高分子，食品，材料，环境等 

可以计算的体系包括但不限于：生物体系，蛋白质，核酸，多肽，药物分子，聚合物，小分子等

常用软件：Gromacs、Amber、Autodock、MS、DS、Desmond、AlphaFold、RosettaFold

可以计算的内容包括但不限于：

1、蛋白三维模型搭建，如同源建模、从头建模等 

2、分子对接，如蛋白质-小分子、核酸-小分子、小分子-小分子、蛋白-蛋白、蛋白-多肽、蛋白-核酸等

3、生物三维结构分析，如蛋白在不同pH、温度、电场下的三维结构变化等

4、动力学研究，如生物体系的弱相互作用分析、受体-配体组装过程、结合自由能分析、材料体系的高分子构象预测、材料与溶液界面性质、粗粒化模拟等

5、动力学后数据分析，如回旋半径（RMSF）、径向分布函数（RDF）、扩散系数、RMSD、各种能量分析、氢键数量分析、亲疏水性分析等

6、药物相关模拟，如药物衍生物库设计、虚拟筛选、成药性预测、毒性分析、QSAR预测模型构建等

 

有需要可以联系我喔

1、基础计算：同源建模、小分子蛋白对接、小(大) 分子对接、结合能(打分)、弱相互作用

2、进阶计算：结构预测、蛋白筛选、药物筛选、二级(三级)结构预测、亲疏水性、氢键作用、静电式范德华力、电荷、构象、RMSD、RMSF、弱相互作用、SASA、均方根、径向分布函数

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3、复杂计算：高分子、大分子、团簇、溶液体系、配位数、分子轨道能量、扩散率、运动轨迹、自由度、结构机制、材料拉伸、截断、分子自组装