坂上之云》是一部描写明治时代国民如少年般怀揣希望，致力于国家的近代化建设，并且战斗在事关民族存亡的日俄战争中“少年之国*明治”的故事。
故事前半是三位主人公的求学和发展过程，包括好古的骑兵学习，真之的海军战术研究，和子规对于日本短诗/现代散文改革运动。故事后半，特别是在子规逝世后，集中在秋山兄弟关连至深的日俄战争。
第一部
明治维新时诞生的秋山真之，跟成为陆军官的哥哥好古一同住在东京，并与好友正冈升一起在东京大学预备门求学。不过，由于对学生生活产生怀疑，真之从预备门辍学改进入海军兵学校成为海军军官。另一方面，立志于改革俳句的升，也进入了帝国大学就读，不过同时期发现感染了肺结核。甲午战争爆发时，秋山兄弟与子规从不同的角度都参与了这场战争。
第二部
19世纪是帝国主义的时代，日本虽然打败中国，但严重地感受到北方俄罗斯力量的威胁，当时，俄国力量已经深入中国东北，并控制旅顺等重要军事要地。日本在维护自己领土与利益下，也体认到难免终将与俄国一战。当时在外考察的秋山、广濑等人，跟政界人士积极地推动与英国同盟，以增加日本的国际支援。
俄国的尼古拉二世自从在日被刺杀未遂以后，对日本一直没有好感，同时也支持俄国的东进政策，到20世纪初期，日俄两国的关系逐渐恶化，同时俄国远东总督也野心勃勃，意欲教训日本这个“东洋的猴子”。
1904年2月6日，日俄开战，日本海军首先攻击旅顺港的俄军。但旅顺港已经被俄国建设成难攻不落的军港，除拥有世界最大舰队外，沿岸的火炮更是让日军毫无攻击机会。日军联合舰队的参谋有马良橘考量地形，建议采美西战争的“闭塞作战”，并于夜间实施，降低被俄军发现的机会。但实施3次的闭塞作战均失利。
第三部
日本海军深知不是俄国波罗的海舰队之敌，也无法拿下旅顺军港，于是要求陆军从陆上攻占制高点，从陆上摧毁旅顺俄军。满州日军编成了第三军，由乃木希典率领，意欲从最强点突破，攻占俄国要塞。但当时，第三军没有俄国要塞的详细情资，只好以正攻法，经二次攻顶换得部分资讯、死伤惨重，但仍无法击破俄军重重防卫与炮火阵地。最终，第三军决定改变战略，进攻另外一个据点-203高地。虽然可以拿下山头，但是由于攻顶部队仅剩下40人，又被之后反击的俄军歼灭。
担任满州军总司令部总参谋长的儿玉源太郎，甘冒被送军法会议的危险，只身前往旅顺，虽与第三军参谋冲突，但仍说服乃木希典交出指挥权，改采攻顶搭配炮击的方式，虽可能牺牲一部份攻顶部队，但可拿下203高地免于俄军反击。第三军最后终于拿下203高地，并且猛击旅顺港的俄国海军，最终也成功占领旅顺。
海战部分，波罗的海舰队由于延迟抵达东方，日本海军猜测可能有两条方向：第一走东海、于对马海峡决战，第二则是绕过太平洋，经日本津轻海峡进入海参威军港。然而，任何一条路径，日本海军若猜测错误，将会无法拦截。秋山真之认为俄军延迟进入东方，应该是采第二条路径，故建议司令东乡前往津轻海峡，但最后东乡仍认为应该在对马海峡决战，因此决定留在对马海峡并成功拦截到波罗的海舰队。
双方战舰接触前夕，东乡决定敌前左转采丁字战法，成功击沉俄军多艘主力战舰，最后俄国投降 日剧「坂上之云」：
一种史观
司马辽太郎的历史观（司马史观）对日本民众影响颇深，概括起来的话，在看待近代化的观点上，司马史观的特征是：
「明治时代」无比光明，「昭和时代」一片黑暗。 本剧每集开头引用司马氏的原文：
まことに小さな国が,开化期を迎えようとしている。（真的是很小的国家，正在迎来它的开化期）
明治时期是司马氏心中日本蓬勃发展，乐天向上的「开化期」。
片尾引用中村草田男的俳句：
降る雪や明治は遠くなりにけり（雪落而明治渐远） 此句怀念明治时期的光鲜，都是该史观特征的体现。
两个对比
在本剧中，贯穿着两个比较明显的对比：
「日本」与「对手国家」
在本剧前半部分，主要是日本与清国的对比：
从高升号事件之后，李鸿章对小村寿太郎的嘲笑，到子规母亲对「清国」的同情，东乡参观北洋舰队之后提出：「战争」的核心是「人」，而不是「器」的论断，到甲午海战中方避战，舰队覆灭，丁汝昌自杀，以至最后旅顺侵略后：胜利不是来自日本的「英勇」，而是来自清国的「软弱」的反思——
一介小国日本的「奋起」与泱泱大朝清国的「沦落」令人唏嘘不已。
而贯穿本剧的，则主要是日本与其他帝国主义国家的对比：
从开始外国商人对日本平民的掠夺与欺凌，到日本积极近代化与西化，争取「脱亚入欧」，却被其他西方国家鄙视，戏谑为「猴子」，到逐渐被接受与尊重，于1902年争取到「日英同盟」，直至最后获取犹太人无息贷款，击败制度腐朽，矛盾层出的章鱼大神俄罗斯，漫长的过程中还夹杂着日本人对「近代化」残酷真相的复杂情感与反思。
「个人」与「国家」
作为大哥的秋山好古少年时就常用福泽谕吉的「先立身后立国」教育年幼的秋山真之，考入东大的真之放弃了唾手可得的安逸生活，离开了好友子规，放弃了成为守护家人与朋友的「个人之盾」，而选择了海军学校，成为了「护国之盾」。
遍览全剧，到处都充满了这样的转变——广濑武夫离开恋人阿里阿茨娜，毅然回国投入战争；山本权兵卫牺牲十几年发小友情，确立了东乡平八郎海军主将的地位；乃木希典抛弃安逸的农夫生活，丢下两个儿子的尸体面不改色地指挥军队前进。暂不论史实正确与否，这些转变实际上是明治时代「国民转变」的写照。
三位人物
全剧的中心人物有三位：秋山好古（信三郎），秋山真之（淳五郎），正冈常规（子规）；他们的成长过程分别代表着明治时代日本陆军，海军以及传统文学的发展。
一方面突出了秋山兄弟坚定修身，忠诚报国，从温饱难存的下士子弟，到运筹帷幄的军中精英，伴随明治时代特有的「乐天」精神，热血励志。
另一方面也将极大的笔墨投向俳人正冈子规，作为一位自幼胆小懦弱，半生在病榻上，剧集中期就已经去世的人物，司马氏塑造了他从懦弱到刚强的转变，将其在病痛中的搏命创作与军人在战场中的浴血奋战等同起来
这样架构主人公或许是为了表现明治时期是一个均衡发展的时期，从而与昭和时期的军国化倾斜形成对比。
那真的是一个很小的国家，那也真的是一个不可思议的时代。明治时代日本的强大用了三十年。那个时候日本人贫穷、负担沉重，但他们并不悲观，相反，大多数人都是乐天派。因为他们都能看到希望，自己的希望，民族的希望，国家的希望。