R语言【rWCVP】——解决！wcvp_checklist在使用物种的完整科学名，并指定物种的分类等级为“species”时，找不到任何记录，并输出：No occurrences.

Package rWCVP version 1.2.4

解决方法直接看Solution。

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Parameters

wcvp_checklist(
  taxon = NULL,
  taxon_rank = c("species", "genus", "family", "order", "higher"),
  area_codes = NULL,
  synonyms = TRUE,
  render_report = FALSE,
  native = TRUE,
  introduced = TRUE,
  extinct = TRUE,
  location_doubtful = TRUE,
  hybrids = FALSE,
  infraspecies = TRUE,
  report_filename = NULL,
  report_dir = NULL,
  report_type = c("alphabetical", "taxonomic"),
  wcvp_names = NULL,
  wcvp_distributions = NULL
)

wcvp_checklist()的参数介绍和使用方法见下列文章：

• R语言【rWCVP】——使用 rWCVP 生成自定义清单
• R语言【rWCVP】——rWCVP入门与数据筛选（按分类单元或分布区域）
• R语言【rWCVP】——rWCVP：世界维管植物名录的R包
• R语言【rWCVP】——rWCVP 的函数清单

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Issue

当向参数【taxon】传入了物种的完整科学名，同时根据参数介绍和函数的使用说明，向参数【taxon】传入了 species，返回的结果很令人意外！

以 wcvp_names 中的第一条数据为例，查看它的科学名和分类等级：

library(rWCVP)
library(rWCVPdata)

wcvp_names[1,]['taxon_name']
wcvp_names[1,]['taxon_rank']

# A tibble: 1 × 1
  taxon_name        
               
1 Elymus czimganicus

# A tibble: 1 × 1
  taxon_rank
       
1 Species

好的，现在已经知道 Elymus czimganicus 是一个物种的科学名，那么尝试用 wcvp_checklist() 拿到 Elymus czimganicus 的记录数据：

wcvp_checklist(taxon = "Elymus czimganicus", taxon_rank = "species")

这个结果是不可接受的！数据就在那里，wcvp_checklist() 查不出来也太膈应人了！

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Analyse

查看源代码后，发现：将 "species" 传递给参数【taxon_rank】后，wcvp_checklist() 尝试在 wcvp_names 的 species 列中检索包含 "Elymus czimganicus" 字符串的记录，问题在于 wcvp_names 的 species 列只是种加词，而不是标准的属名+种加词。

直接查看wcvp_names 的 species 列就水落石出了：

wcvp_names[,"species"]

# A tibble: 1,422,868 × 1
   species        
             
 1 czimganicus    
 2 gracilis       
 3 sempervivoideum
 4 tenuiflora     
 5 tenuiflora     
 6 tenuiflorus    
 7 comosum        
 8 ripogonum      
 9 graminea       
10 arborescens    
# ℹ 1,422,858 more rows
# ℹ Use `print(n = ...)` to see more rows

也就是说，在 wcvp_names 的 species 列中永远也查找不到 "Elymus czimganicus" 字符串。

那么，如果要让wcvp_checklist()可以运行的思路来分析，想要查找 "Elymus czimganicus" ，只能向参数【taxon】传入它的种加词，即 "czimganicus"。但是不难想到，种加词在不同的属中是可能重复的，也就是说在 wcvp_names 的 species 列中很有可能查找到多个包含 "czimganicus" 的记录。下面来验证一下：

wcvp_checklist(taxon = "czimganicus", taxon_rank = "species")

ℹ No area specified. Generating global checklist.
# A tibble: 9 × 43
  plant_name_id ipni_id  taxon_rank taxon_status family        genus_hybrid genus    
                                                  
1        411059 400227-1 Species    Accepted     Poaceae       NA           Elymus   
2        411059 400227-1 Species    Accepted     Poaceae       NA           Elymus   
3        411059 400227-1 Species    Accepted     Poaceae       NA           Elymus   
4        411059 400227-1 Species    Accepted     Poaceae       NA           Elymus   
5        411059 400227-1 Species    Accepted     Poaceae       NA           Elymus   
6        411059 400227-1 Species    Accepted     Poaceae       NA           Elymus   
7        411059 400227-1 Species    Accepted     Poaceae       NA           Elymus   
8       2523629 712564-1 Species    Accepted     Ranunculaceae NA           Ranuncul…
9       2523629 712564-1 Species    Accepted     Ranunculaceae NA           Ranuncul…
# ℹ 36 more variables: species_hybrid , species ,
#   infraspecific_rank , infraspecies , parenthetical_author ,
#   primary_author , publication_author , place_of_publication ,
#   volume_and_page , first_published , nomenclatural_remarks ,
#   geographic_area , lifeform_description , climate_description ,
#   taxon_name , taxon_authors , accepted_plant_name_id ,
#   accepted_name , basionym_plant_name_id , …

果然不出所料，除了 "Elymus czimganicus" 的记录外，起码还包含了 Ranunculaceae 物种的记录，虽然可以手动清楚这些记录。但如果要查找的物种很多，或者种加词太普遍的话，返回的结果就会让人难以招架！

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Solution

那么，在 wcvp_names 的哪一列中可以查找到 "Elymus czimganicus" 字符串呢？答案是："taxon_name" 列。

所以，在不改动源代码（考虑到其他函数）和开发者修复之前，我们可以将"taxon_name" 列的值复制到 "species" 列即可。

wcvp_checklist(taxon = "Elymus czimganicus", taxon_rank = "species", wcvp_names = wcvp_names)

ℹ No area specified. Generating global checklist.
# A tibble: 7 × 43
  plant_name_id ipni_id  taxon_rank taxon_status family  genus_hybrid genus 
                                         
1        411059 400227-1 Species    Accepted     Poaceae NA           Elymus
2        411059 400227-1 Species    Accepted     Poaceae NA           Elymus
3        411059 400227-1 Species    Accepted     Poaceae NA           Elymus
4        411059 400227-1 Species    Accepted     Poaceae NA           Elymus
5        411059 400227-1 Species    Accepted     Poaceae NA           Elymus
6        411059 400227-1 Species    Accepted     Poaceae NA           Elymus
7        411059 400227-1 Species    Accepted     Poaceae NA           Elymus
# ℹ 36 more variables: species_hybrid , species ,
#   infraspecific_rank , infraspecies , parenthetical_author ,
#   primary_author , publication_author , place_of_publication ,
#   volume_and_page , first_published , nomenclatural_remarks ,
#   geographic_area , lifeform_description , climate_description ,
#   taxon_name , taxon_authors , accepted_plant_name_id ,
#   accepted_name , basionym_plant_name_id , …