网络药理学基本概念与常用数据库

参考：https://www.sohu.com/a/316309297_170798
解螺旋 官方

什么是网络药理学

网络药理学是基于药物与药物之间在结构、功效等方面的相似性，并考虑到机体内靶标分子、生物效应分子的多种相互作用关系。通过构建药物-药物、药物-靶标、靶标-疾病、药物-疾病等网络，来1）预测某药物的潜在功效以及 2）具备特定功效的药物。

一般分析思路

网络药理学的分析一般有两类思路：

1. 基于网络药理学的某天然药物或中药方剂类对某疾病或表型的改善的分子机制研究。(或逆向研究)

2. 基于网络药理学的某天然药物或中药方剂类通过调节某信号通路或某机制对某疾病或表型的改善的分子机制研究。（或逆向研究）

• 逆向研究指由疾病-->药物的思路。

计算机批量筛选与预测+湿实验验证

网络药理学常用研究流程其一

1. 对天然药物有效成分进行提取与分析。
2. 结合数据库，根据有效成分预测靶标。
3. 根据疾病/表型获得对应靶标。
4. 将药物/有效成分靶标与疾病/表型靶标进行分析。（ps：最好能从统计学上给出一个置信）
5. 构建药物-有效成分-靶点-疾病网络。
6. 构建靶点之间的蛋白互作网络与药物之间相互作用网络。
7. 对获得的网络进行分析，如GO分析（分子功能）、KEGG分析（分子通路分析）。
8. 分子结合验证。（药物与靶点的分子结合）
9. 选择性地从分子、细胞、组织、动物、临床等层面，通过计算机、体内、体外的一系列技术进行验证。

网络药理学常用数据库

疾病数据库

OMIM数据库 http://www.omim.org/
PharmGkb 数据库 http://www.pharmgkb.org/
GAD数据库 http://geneticassociationdb.nih.gov/
TTD 数据库 http://db.idrblab.org/ttd/

化学结构数据库

Pubchem数据库 https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
chemspider 数据库 http://www.chemspider.com/

天然药物数据库

TCMSP数据库 http://5th.tcmspw.com/tcmsp.php
上海有机所的中药与化学成分数据库 http://www.chemcpd.csdb.cn/scdb/main/tcm_introduce.asp
TCMID数据库 http://119.3.41.228:8000/tcmid/search/
BATMAN-TCM数据库 http://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/

蛋白分子数据库

Uniprot数据库 https://www.uniprot.org/
PDB数据库 https:// www.rcsb.org/#Category-search

蛋白互作数据库

STRING数据库 https://string-db.org/
BioGRID数据库 https://thebiogrid.org/

基因互作预测数据库

GeneMANIA数据库 http://www.genemania.org

化学药物与蛋白互作数据库

STITCH database http://stitch.embl.de/
Comparative Toxicogenomics Database http://ctdbase.org/

功能富集分析数据库

David https://david.ncifcrf.gov/
KEGG https://www.kegg.jp/
WebGestalt http://www.webgestalt.org/

高通量分析数据库

GEO 数据库 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/
TCGA数据库 http://www.tcga.org/

分子对接数据库

systemsDOCK http://systemsdock.unit.oist.jp/iddp/home/index
CPI-BIO http://cpi.bio-x.cn/drar/
PharmMapper https://omictools.com/pharmmapper-tool

其他

软件：cytospace
编程语言：R、python