国民党复兴社干部训练班学员林楠笙（朱一龙饰）考核成绩优异且观察力惊人、敏感度超群，被国民党复兴社特务处上海区站长陈默群（王阳饰）看中，将其从南京带往上海，成为上海区一名新人特工，参加抓捕潜伏在蓝衣社的地下党活动。让他在党派间的残酷斗争中迅速成长。
富家千金朱怡贞（童瑶饰）家境优渥、生活安逸，父亲是上海知名富商。但她怀着以身报国的决心，投身民族大业，成为一名地下共产党。
以“邮差”为代号，潜伏在国民党复兴社特务处上海区的共产党人顾慎言（王志文饰），以上海区档案室主任的身份作风散漫、无心仕途为保护色，屡次躲过了林楠笙和陈默群对“邮差”展开的搜捕。
林楠笙以讲师助理许立文身份作为卧底有意接触学生朱怡贞。
那时，他笃定她是地下共产党，她不知道他是国民党特工,更不知道他靠近自己是为了核查她是否是地下共产党以及利用她牵出上线。
他借学生游行中保护朱怡贞，自己受重伤获得她的好感，且被她邀请至她家养伤。却在交往过程中暗生情愫。
她走遍上海所有书店买到他喜爱的美国作家惠特曼的浪漫主义诗集《草叶集》，他送她最喜欢的柴可夫斯基的钢琴曲《四季》唱片……时光流逝，感情与日俱增。
他们一同坐在钢琴前弹奏《四季》，她明媚娇俏地凝望他时，他羞涩深情地回望她时，我相信，那一刻，他们只是一对互相爱慕、单纯真挚的恋人。
无关时局，无关阵营和身份。
在朱怡贞不知情的情况下与林楠笙展开了一段风雨飘摇乱世中，因阵营不同却殊途同归的感情，渴望用坚毅的身躯与黑暗和腐朽抗衡。
如果在和平年代，她和他应该是一对甜蜜爱恋的年轻人，有着美好纯洁的爱情，也一定会琴瑟和鸣，伉俪情深。
但在当时险象环生的特殊时代背景下，活着尚且不易，何谈爱情？更别提站在对立阵营、各自站位、承担责任的对手。
用现在的话说，不是他PUA她，就是她说服他。
至少，位列相同的阵营，同向站位，才谈其他。
国民党军官遗孀蓝心洁（朱珠饰）独自带着孩子在乱世中艰难生存， 靠着她的阅历和高情商极有分寸感的游走于各方势力之间。却始终坚守自己的底线和家国大义，进退有度。她应该是一个谙熟人情世故，擅长察言观色的人。
与她的初相遇，也是林楠笙为了借她风情万种、性感妩媚的舞女身份接触高官富商的契机核查日本商人池田的真实身份，以此作为自己留在上海的筹码。
他的“单纯重情”让蓝心洁对他卸下了内心的防线，她教林楠笙跳舞，告诉他不要太古板、不要去迎合、做真实的自己。
整个剧情中，可以看到林楠笙对她孤家寡母的怜惜，之前的知遇之恩、对她的感情应该类似于亲情，如对待长姐般尊重、保护、照顾着她。而她对林楠笙的帅气、重情、体贴也渐渐有了依赖，慢慢产生了情愫。才有了后面的种种舍己救“他”。
为了掩护林楠笙的身份与他“假结婚”；也为了解除林楠笙被暴露的危险，临危受命，将自己的安危置之度外；又为了保全他的身份和生命，在生死攸关一刻选择了拉响手雷，与敌人同归于尽。也将自己美貌面容毁于一旦，让敌人无法甄别身份。
她曾经说过：只要对国家好，对人民好，做什么，我都不后悔。
她没说出来的应该还有一句：只要对你好，我做什么都愿意。死，也可以。
林楠笙起初是一个涉世未深、心怀善良的年轻人，在顾慎言、朱怡贞等共产党员的影响下，逐渐成长为一名坚定的共产党员。正直单纯的他被顾慎言、纪中原、朱怡贞等共产党人为国为民的使命感和大无畏的牺牲精神吸引。在对日伪的斗争中勇敢果毅，屡立战功。在民族大义面前，多次和共产党人站到一起。经过十年的认识和选择，抗战胜利以后，他成长为一名真正的共产党员。
另一部谍战片《隐秘而伟大》中的警察局新晋警官顾耀东（李易峰饰）和地下共产党（金晨饰）之间的偶遇也是奇缘。
“人要忠于自己年轻时的梦想”，这句话是警察局处长夏继成送给顾耀东的，是电视剧《隐秘而伟大》的核心。
顾耀东在同是地下共产党的，以“白桦”为代号潜伏在上海警察局、亦师亦友的夏继成和以做商人打掩护、也是益友恋人的沈青禾的影响下，认清现实，找到一条真正能够实现自己远大理想和抱负的道路。
两部剧中的青年人在人生道路上，遇到良师益友的前辈，用正直无私的品质和无坚不摧的信念，影响、呵护着一路前行；遇到相知相惜相爱的恋人，经过岁月蹉跎、人事沉浮……经历了沧海桑田、血雨腥风，最终走到一起，走在光明正确的大路上，紧握着彼此的手，你看着我，我看着你，眼含深情，眉蕴笑意，该是多么的来之不易，多么幸运有福，多么美好愉悦！
只盼云散重见青天，只盼花开你就出现。