- 下载
1.1 创建新环境
conda create -n FAN-C python=3.8 -y
1.2 pip 下载
pip install fanc
note，如果出现报错可以尝试以下办法
pip uninstall fanc
pip uninstall pysam
pip install Cython
pip install pysam
pip install fanc
2.测试
2.1 下载测试数据
wget -O examples.zip "https://keeper.mpdl.mpg.de/d/147906745b634c779ed3/files/?p=/examples.zip&dl=1"
unzip examples.zip
cd examples
2.2 测试软件
fanc auto SRR4271982_chr18_19_1.fastq.gzip SRR4271982_chr18_19_2.fastq.gzip output/ \
-g hg19_chr18_19.fa -i hg19_chr18_19/hg19_chr18_19 -n fanc_example -t 4 -r HindIII \
--split-ligation-junction -q 30 --run-with test
--run-with test 参数使 fanc 只打印将要执行的命令，但在运行任何处理步骤之前退出。目的是检查管道并确保选择了正确的参数。
2.3 输出信息
在结果文件夹有如下结构
output_folder
├── fastq
├── sam
├── pairs
├── hic
│ └── binned
└── plots
└── stats
从名字可以看出，分别保存了fastq, sam, pairs信息, 多种分辨率的hic文件, 以及一些统计结果的可视化.
这个工具包含很多种hic数据的常规分析，例如A/B compartments, PCA分析, TADs and TAD boundaries, Aggregate Hi-C matrices 和loop calling.
详细命令查看官网: https://vaquerizaslab.github.io/fanc/index.html
后面用到的话我会更新文章.
FAN-C.png
附上Aggregate Hi-C matrices的一张图