刘小泽写于18.12.27
参考biostar handbook以及Wei Shen的SeqKit（处理fa/fq领域还比较出名）http://bioinf.shenwei.me/seqkit/，它可以处理压缩的或者解压的fa/fq
下载测试数据
wget http://data.biostarhandbook.com/reads/duplicated-reads.fq.gz
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/viral/viral.1.1.genomic.fna.gz
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/viral/viral.1.protein.faa.gz
小操作们
先看一下整体的数据统计
$ seqkit stat *.gz
file format type num_seqs sum_len min_len avg_len max_len
duplicated-reads.fq.gz FASTQ DNA 15,000 1,515,000 101 101 101
viral.1.1.genomic.fna.gz FASTA DNA 7 197,450 1,608 28,207.1 154,675
viral.1.protein.faa.gz FASTA Protein 113 56,244 38 497.7 3,122
关于GC含量
使用fx2tab 将fq/fa的统计信息转为制表符分割的表格，(fasta默认包括ID、sequence；fastq默认包括ID、sequence、quality）；另外可以自己指定length、GC等信息
# 默认输出：ID、sequence
$ seqkit fx2tab viral.1.1.genomic.fna.gz
# 指定输出(输出name、GC、length)
$ seqkit fx2tab --name --only-id --gc --length
viral.1.1.genomic.fna.gz
NC_024015.1 1608 44.22
NC_001798.2 154675 70.38
NC_030692.1 8908 50.10
NC_027892.1 8957 40.57
NC_029642.1 9006 39.88
NC_001607.1 8910 50.07
NC_001422.1 5386 44.76
# [--name可以用-n替代，--only-id可以用-i替代]
当然，除了GC含量，任何碱基的含量也可以得到
$ seqkit fx2tab -H -n -i -B a -B c -B ac viral.1.1.genomic.fna.gz
#name seq qual a c ac
NC_024015.1 27.18 26.43 53.61
NC_001798.2 14.87 35.03 49.90
NC_030692.1 25.03 25.25 50.28
NC_027892.1 29.68 19.44 49.11
NC_029642.1 30.14 19.22 49.36
NC_001607.1 25.30 25.54 50.84
NC_001422.1 23.97 21.48 45.45
如何根据ID得到fa/fq的子集？
这个还真是一个高频问题，许多时候就想要一个fastq/fasta中的某些ID的信息，利用seqkit grep可以方便解决
# 先做一个测试数据，包括一些ID信息(就是从duplicated-reads.fq.gz中随机取样)
$ seqkit sample --proportion 0.001 duplicated-reads.fq.gz | seqkit seq --name --only-id >id.txt
SRR1972739.2996
SRR1972739.3044
SRR1972739.3562
SRR1972739.4162
SRR1972739.5975
# 然后根据ID抽取其中的序列
$ seqkit grep --pattern-file id.txt duplicated-reads.fq.gz > dup_sub.fq.gz
# 用这个检查一下是不是这些ID
$ seqkit seq --name --only-id dup_sub.fq.gz
找到质量差的碱基（非ATCG）并定位它们
先用conda安装好csvtk
$ seqkit fx2tab -n -i -a xxx.fq.gz | csvtk -H -t -f 4 -r -i grep -p "[^ATCG]"
# 因为这里的实例数据都是不错的，没有低质量(可能之前的序列结果又更新了)。可以自己找一个包括N碱基的序列试试，替换掉xxx.fq.gz就好
# csvtk参数表示：
# -H: --no-header-row
# -t: --tabs
# -f: --fileds
# -r: --use-regexp
# -i: --ignore-case
# grep -p: grep --pattern
假入找到了低质量碱基，我们想过滤掉
# 先找到低质量序列ID
$ seqkit fx2tab -n -i -a xxx.fq.gz | csvtk -H -t -f 4 -r -i grep -p "[^ATCG]" | csvtk -H -t cut -f 1 > id2.txt
# 然后找到这些ID并去除
$ seqkit grep --pattern-file id2.txt --invert-match xxx.fq.gz >clean.fa
或者我们想看看这些低质量碱基所在序列的信息（包括基因ID、正负链、起始终止位点等）
$ seqkit grep --pattern-file id2.txt xxx.fq.gz | seqkit locate --ignore-case --only-positive-strand --pattern N+
# 其中--pattern可以多设置几个，就找出包含多种碱基的序列，比如可以再加一个 --pattern K+
# 这个+表示含有一个或者多个前面的碱基
想要移除重复的序列
$ seqkit rmdup --by-seq --ignore-case duplicated-reads.fq.gz > rmdup.fq.gz
# 如果序列非常大的话，可以用 -m/--md5，利用md5信息代替原始序列信息，来减少内存占用
# 如果想根据序列名进行去重，可以使用参数 --by-name
序列定位motif/subsequence/enzyme digest sites
假入现在有一个文件存放的是motifs / enzyme digest sites
$ cat enzymes.fa
>EcoRI
GAATTC
>MmeI
TCCRAC
>SacI
GAGCTC
>XcmI
CCANNNNNNNNNTGG #表示我们这里就像匹配到CCA和TGG，中间保证9个碱基就好
我们为了保证上面的XcmI这种情况也能成功进行匹配，需要定义一个-d或者--degenerate参数
seqkit locate --degenerate --ignore-case --pattern-file enzymes.fa viral.1.1.genomic.fna.gz
#或者
seqkit locate -d -i -f enzymes.fa viral.1.1.genomic.fna.gz
将fasta序列排序
可以按照序列长度
$ seqkit sort --by-length viral.1.1.genomic.fna.gz > sorted.fa
# 对于大型的fasta文件，可以使用-2或者--two-pass减少内存使用
以上都是一些较为常用的小操作，对于更复杂的比如“拆分fasta”、“合并fasta“等，用到可以再去搜索
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