学习小组Day3笔记--郭妞 linux环境下的软件安装

今天的学习内容

来源于生信星球
linux如何安装软件？

• 第一步，简单了解conda--“linux的应用商店”
• 第二步，给你的服务器下载conda-我们用它的精华版--miniconda就可以。
• 第三步，安装和配置miniconda
• 第四步（重点），使用miniconda，也就是查看已安装的软件、搜索、安装、卸载（生信需要的）软件，我们以fastqc为例，其实安装软件很复杂，甚至有专门的一门课来讲这个，今天这里仅是入门操作。
• 第五步（选修），不同的生信实战项目，需要定制conda的分身。

一、软件介绍

软件管理：Miniconda
最方便快捷的软件下载器，没有之一。它的作用就相当于App store，90%以上的软件都能搜到，一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可
软件关系

软件关系.png

二、conda介绍

链接：来自生信星球公众号

教程梳理

• 1、下载miniconda
  百度/谷歌搜索“miniconda 清华”（是清华的conda镜像网站）
  网址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
  linux下面有64-bit（x86_64）、32-bit(x86)两种版本
  查看自己服务器是多少位的：输入命令uname -a
  安装最新版本，复制链接
  注意：

复制链接的不同png

• 2、登陆服务器，斌如biosoft目录，命令：cd ~/biosoft
• 3、用wget命令，后接复制的链接
  
  安装包下载完成图.png

备注：sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。

• 4、安装miniconda

图来自生信星球

安装过程.png

安装完成图.png

重要一定要激活
命令：source ~/.bashrc 用来激活conda
命令行输入conda,出现满屏信息说明成功了。

安装成功示意图.png

提示：如果安装不成功，就将miniconda这个目录删除，再重新安装
安装有问题可以参考视频
链接：https://share.weiyun.com/5J82l9g 密码：iwcd4k

• 5、添加镜像
  所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。
  将下述代码全部复制到命令行，粘贴、回车
  代码如下：

#使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

准备工作完毕，开始使用conda

1、查看当前所有软件列表 conda list

如图.png

2、搜索软件 conda search fastqc 以数据质控软件fastqc为例

如图.png

**3、安装软件 conda install fastqc -y 【加上-y是自动安装，你可以试试不加-y有什么区别】

如图.png

注：默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本
如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y

**4、卸载软件 conda remove fastqc -y

如图.png

基本软件安装到此结束。

三、不同的生信实战项目，定制conda的分身

首先理解一个“conda 环境”。
生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

• 先查看当前conda环境
  输入命令：·conda info --envs 前面带*的就是默认的

  
  
  如图.png

• 比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rna的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）
  conda create -n rna python=3 fastqc trimmomatic -y
  分布步骤：
  

  如图.png

• 创建完之后，再次查看一下我们的conda环境，conda info --envs ，看是不是多了一个rna。

• 激活新的conda环境，conda activate rna，这时默认的*就会转移到rna前面；
  另外你会发现在用户名root前面出现了(rna) ;
  

  如图.png
  
  -rna环境下安装软件
  
  如图.png

• 接着，你可以输入fastqc试试，如果出现下面的一大片信息就说明可以使用了（了解一下：其实这些是帮助信息，你只输入了一个软件名称，没有给他跟上操作对象，所以他不会执行命令，就给你显示帮助文档让你看看，虽然，，并不需要仔细看，就是给你提供下安全感而已。）

  
  
  如图.png

环境切换：conda activate 环境名

image.png

删除环境：

没有了chl这个环境.png