TCGA超过1G的病理wsi数据下载-gdc-client

使用网页端下载TCGA超过1G的病理wsi数据,数据下载到1G后就不能完整下载。遂采用gdc-client下载。

Win 环境下新建这个文件夹放在系统盘进行储存,否则会报错:ERROR: Unable to write state file: [WinError 17] 系统无法将文件移到不同的磁盘驱动器。好像是

TCGA数据集下载及gdc-client相关问题汇总_gdc client error-CSDN博客

gdc-client软件及环境

下载GDC Data Transfer ToolGDC (cancer.gov)

TCGA超过1G的病理wsi数据下载-gdc-client_第1张图片

TCGA超过1G的病理wsi数据下载-gdc-client_第2张图片

安装到自己需要的位置,英文路径,Windows需要进行环境变量配置
打开电脑控制面板——系统和安全——系统——高级系统设置——环境变量——Path——“加入你的gdc-client所在路径” (点击放置gdc-client的文件夹名复制即可),然后应用保存。

TCGA数据下载教程:使用官方gdc-client软件下载-CSDN博客

打开CMD命令行窗口输入  gdc-client -h  然后回车,成功将会显示:

gdc-client -h

TCGA超过1G的病理wsi数据下载-gdc-client_第3张图片

Manifest及病理svs数据下载

将需要下载的数据从TCGA上加入购物车,然后下载Manifest.txt文件

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将文件放置于配置环境变量及gdc软件的文件夹

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然后右击选在→在终端中打开(cmd)输入“gdc-client download -m gdc_manifest自己的.txt”回车下载

gdc-client download -m gdc_manifest自己的.txt

现在即可下载超过1G的病理WSI文件。

TCGA超过1G的病理wsi数据下载-gdc-client_第6张图片

接下来就可以使用qupath软件进行查看和分析

Projects — QuPath 0.5.0 documentation

TCGA的gdc-client的下载优化_gdc 下载没速度-CSDN博客

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