哺乳动物临产期睾丸发育中的单细胞表观遗传调控

今天和大家分享一篇预印版的文献，一句话概括为：小鼠睾丸4个发育阶段的染色质开放图谱

题目：The single-cell epigenetic regulatory landscape in mammalian perinatal testis development
期刊：预印版 bioRixv
预印时间：2021-5-17
物种：小鼠
时间点：E18.5；P0.5，P2.5，P5.5
样本数：4只小鼠
技术：scATAC-seq(这里用的技术不是10x而是Bio-Rad)
分析软件：ArchR
过滤条件：每个下拨的read>2000;TSS enrichment score>20%;去除双细胞；去除线粒体DNA；去除top5%的housekeeping基因的启动子

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摘要：
1.分析了来自小鼠睾丸发育过程中25000多个细胞的单细胞染色质可及性谱
2.利用scATAC-seq数据去推测细胞类型
3.识别不同细胞类型的顺势调控元件(CRE)
4.识别细胞类型特异可及性腺管的TF
5.伪时间重建揭示了协调生殖细胞和体细胞顺序发育过程的详细调控动力学
6.揭示了支持细胞和睾丸间质细胞群中可能存在的干细胞。
7.定义了几种GWAS信号的候选靶细胞类型和基因，包括与睾酮水平和冠状动脉疾病相关的基因
8.数据提供了小鼠雄性生殖系和支持体细胞的“调节子”的蓝图。

文章内容主要板块：
1.单细胞ATAC-Seq捕获睾丸的发育和细胞类型特异性异质性：
涉及到细胞类型描述、细胞数、注释、整合方法、聚类方法、与scRNA-seq数据进行整合
2.染色质可及性决定了睾丸发育中的细胞类型：
识别到214,890染色质开放区；
细胞类型特异性的染色质开放区（DAS）；
3.染色质可及性与细胞类型特异性转录因子活性相关
识别睾丸发育过程中的细胞类型特异性的TF;
识别DAR的motif enrichment；
positive regulators分析，不同的组合TF motif 在不同的细胞类型中是明显的，并且与相应TF的基因可及性图谱密切相关;
利用与scRNA-seq数据整合，使用SCENIC检测TF活性，看TF的表达情况(识别regulon)
(这部分算是这篇文章中比较重要的板块)

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4.染色质可及性与细胞类型特异性染色质相互作用网络有关
利用相关可及性识别了35,245 peak-to-gene links，基因启动子250kb内的peak,去推测了enhancer;
利用上面发现的links去寻找细胞类型特异的可能存在测enhancer;
一些关键基因的描述；

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5.精原细胞向精原细胞转化过程中阶段特异性TF调节因子和染色质共可及性
对精原细胞重新聚类，注释，TF识别，分化轨迹，互作(peak-to-gene links);
(接下来是相同的套路分析其他细胞类型)

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