生信星球第115期Day3笔记-Joe

Day3的主要学习任务：

今日重点：A、下载miniconda到服务器上 B、学会通过conda下载/卸载软件

·下载并安装miniconda（相当于App Store）

（1）Baidu/Google搜索“miniconda 清华”（即清华的conda镜像网站）
a.先查看服务器是多少位的（uname -a），以此下载64-bit/32-bit
b.注意安装最新版本的（latest）
c.右键复制下载链接（下面到服务器里使用）
（2）进入下载的目录（cd biosoft）
（3）下载链接用到的命令（wget）
a.在~/biosoft 目录下输入（wget+下载链接）
（4）安装miniconda
a.一般都会安装失败，接着输入下面的命令(bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh)
b.根据提示输入Enter/yes
c.出现“Thank you for installing Miniconda3!”即表示安装成功
（5）最后一步“激活”
a.conda的激活命令（source ~/.bashrc）
b.随后输入命令（conda）,若出现满屏的信息则提示激活成功
c.（我遇到的问题）如果报错出现conda ：command not found，则提示原因就是你在安装过程中略过了某一步yes，导致你的conda没有被放在环境变量，所以再怎么source依然还是找不到。解决方法是，重新把conda放进环境变量
d.解决上述问题，输入两行命令①（echo export PATH=/home/$USER/miniconda3/bin:$PATH>>~/.bashrc）②（source ~/.bashrc）
--整理摘自公众号“生信星球”，以及豆豆的老师的回答

·conda的使用：下载/卸载软件

几个常用命令：
①查看当前服务器上安装的所有软件列表（conda list）
②安装软件，以fastqc为例（conda install fastqc -y/conda install fastqc）两者的区别在于加了“-y”→安装过程中全部回答yes，而后者需手动输入yes
③确认软件是否安装完成（fastqc --help），若出现大片文字（帮助文档）即提示安装完成
④卸载软件，同以fastqc为例（conda remove fastqc -y/conda remove fastqc）

·在安装软件时，遇到的一些问题

报错→（直接上图）

fastqc安装.png

---然后根据提供的网址，再次搜索关键词fastqc，按照下面步骤即可解决

输入需要的软件.png

选择需要下载的版本.png

找到救命指令.png

复制黏贴+yes.png

完成.png

--上面是我自己的解决方法，如果发现不大行，我们可以讨论讨论哈哈
今日笔记就到这了，晚安~