学习小组Day3笔记--DecemberChopin

Linux环境下的软件安装

了解conda，相当于Linux系统中的应用商店，下载其精简版miniconda，安装及配置，在miniconda中下载安装其他软件

下载miniconda

1. 百度搜索“miniconda 清华”，进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/?C=M&O=D，根据服务器的版本（命令 uname -a），选择下载最新版本miniconda，右键-复制下载链接

2. 在主目录中新建biosoft目录，mkdir biosoft; 在biosoft目录下下载，输入wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh；下载后开始运行miniconda，bash Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh,安装过程一路enter和yes
   

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3. 激活miniconda
   逐个输入命令：在biosoft目录下，输入source ~/.bashrc, 命令行输入conda

cd biosoft
source ~/.bashrc
conda

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4. 添加镜像
   逐个输入以下命令：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

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5. 使用miniconda安装软件
   查看conda下的软件列表，conda list;
   
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   搜索conda下的软件（以质量控制软件fastqc为例），conda search fastqc
   
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   安装fastqc软件，默认安装最新版本，conda install fastqc; 若输入conda install fastqc -y，则不需一步步点yes；若想安装指定版本，conda install fastqc=版本名
   
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6. 卸载fastqc
   输入conda remove fastqc或conda remove fastqc -y
   
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7. 了解“conda环境”

引用生信星球课程

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

查看conda环境，conda info --envs

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引用生信星球课程

比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的，不是要你学python或者用它干什么。)

输入以下命令，conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

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再次查看conda环境，conda info --envs

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发现默认环境还是base，那么需要激活rna-seq，conda activate rna-seq;若要退出当前环境，conda deactivate