晚清四大谜团，似乎都与湘军攻陷天京(今南京)及曾国藩匆忙处决李秀成有关。被抓捕的太平天国高级将领中，如英王陈玉成、干王洪仁玕、冀王石达开等，行刑的方式均为凌迟处死。甚至于，对待已死去的天王洪秀全，曾国藩还下令实施“炮决”，一炮给轰上了天。
犯人通常无法自行决定将要适用何种刑罚，特别是古代的朝廷重犯，其处置权多由朝廷掌握。即便事态严重、情况紧急，也该遵循程序，先上奏再由朝廷定夺。反观处置李秀成，从抓捕到处决，仅用了十一天的时间，且处决方式一反常态。更蹊跷的，是李秀成的囗供自述，也被曾国藩删改撕掉了一部分。
李秀成被俘后与曾国藩接触的十一天里，究竟与曾国藩说过什么？二人又是否达成了什么协议？学界至今仍有争议。李秀成死后，各种传言不绝，几大事件亦无不直指曾国藩牵涉其中。一是太平天国“圣库”宝藏下落；二是曾国藩为何修改删除部分《李秀成自述》；三是“刺马案”幕后指使；四是曾国藩与左宗棠交恶。
清朝同治三年(公元1864年)7月19日，湘军攻入天京，李秀成眼见大势已去，率一百多亲信，携幼主洪天贵福假扮清兵趁夜色突出重围。李秀成亲自断后，在与拦截的清军交手后与大部队失散，逃至方山却被八村村董陶大来认出，并在23日将其交给湘军。
据清代薛福成《庸庵笔记》卷二记载: “李秀成被擒后，为了脱身，表示‘若能导我至湖州，愿以三万金为酬’，且与随行的童仆，两臂金条脱皆满，又以一骑负箱箧，皆黄金珠玉宝贵之物，约值白金数十万两” 。
身在安庆的曾国藩在得知擒获李秀成消息后，当即动身前往天京。而早在曾国荃率兵攻下天京后，就曾派人在天王府大肆找寻太平天国号称“金银如海、百货充盈” 的财物，可掘地三尺，仍一无所获。同时，严令进城将士: “凡发掘贼馆窖金者，报官充公，违者治罪”。
据《湘乡曾氏文献》记载: “曾国荃侄女说过，九叔每克一名城，奏一凯旋，必请假回家一次，颇以求田问舍自晦”。事实上，李秀成被俘后，曾国荃就曾亲自审问，其中的一项便是追问太平天国财宝的下落，甚至李秀成被“遍刺以锥，血流如注”。
咸丰九年(公元1859年)，曾国荃开始在湘乡老家修建房屋，名为“大夫第”，前后共花了8年时间才竣工，总面积约为13万平方米。若从时间跨度上看，最后的3年正好是打下天京后。至于曾国荃购置过多少的田地，一直有不同的说法。《湘军志》说有上百顷(一万亩)，《旧闻随笔》又说没这么多，曾国荃的孙媳妇文杏却说仅有屋三所、田六千亩。
曾国藩在打下天京并就清点财物及对李秀成等善后事宜的处理，给朝廷上了一道奏折。据《曾国藩全集·奏稿七》记载: “城破之日，查封贼库，所得财物，多则进奉户部，少则留充军饷，酌济难民” 。 这里的意思，是城破前也以为太平天国“圣库”里仍有不少的钱财，甚至还一度对这批财物提前作好了分配方案。
不过，下一句却写道: “然克复老巢而全无财货，实出微臣意计之外，亦为从来罕闻之事。 ” 奏折发出之时，李秀成已被处决，圣库财物不知所踪。而更令朝野上下炸锅的，是圣库离奇失火，已经“一焗成灰”。换言之，人证物证俱已灭失。
这样的结果，朝中大臣自是无一人相信。心中的疑惑，按时下的说法，当是“鬼知道都经历了什么？”因此，不仅朝中重臣沈葆祯上奏弹赅，就连曾国藩的同乡左宗棠也看不下去，不仅参与弹赅，还补上一刀，说洪秀全儿子洪天贵福并非如曾国藩奏折所说的可能已死。
据左宗棠从天京逃出的难民口中了解到，天京城破，幼主洪天贵福由东坝逃至广德，被太平军将领黄文金迎入湖州府城，想借伪幼主名号，召集太平军余众。朝廷得知后大为震怒，要求曾国藩作出解释。于是，曾国藩再上奏折对左宗棠的指责予以驳斥，称洪天贵福可能已死而黄文金为纠合太平军余众，故意编造谎言迷惑众人，这是古来常有之事。
左宗棠当初曾为曾国藩的幕僚，二人又一同组建“楚军”，同为老乡共事多年，曾国藩更将其举荐任浙江巡抚。据《曾国藩全集·书信》记载，曾国藩在写给湖南各州县公正绅耆的信中曾发誓，“惟有‘不要钱’，‘不怕死’ 六字时时自矢，以质鬼神，以对君父”。
按说，左宗棠对曾国藩的为人及行事最为熟悉，也有知遇之恩，为何在打下天京后，连番弹赅，多少有点儿落井下石，痛打落水狗的意味。不过，后世的史家有猜测，这是二人意在打消朝廷顾虑，为日后保存楚军上演的一出双簧。
可单凭难民的口供而捅出洪天贵福未死一事，至少是将曾国藩推入困境，毕竟指出曾国藩说谎无疑有涉嫌欺君之罪。而此事也成了历史上著名的“曾左交恶之谜”的源头，至今学界仍没有一个统一的说法。
一波未完一波又起，朝廷随后又发现曾国藩呈交的《李秀成自述》是删减本，即谕曾国藩将原本详细抄录呈上。接谕旨后，曾国藩命人把李秀成自述的最后部分“招降十要” 、“天朝十误” 和“防鬼反为先” 等内容补抄送清廷。(《补抄李秀成亲供》现存中国第一历史档案馆)
1864年8月7日，李秀成在狱中写下5万余字的供状(即《李秀成自述》)后，于南京被杀害。曾国藩在看过自述后，先是进行删改，后又撕毁其中一部分，秘密命人做成两份，定名《李秀成亲供》， 一份送清廷军机处，一份送到安庆交给儿子曾纪泽。
并命儿子将其刊刻成书，即所传“九如堂本”， 共计两万七千余字，而李秀成手迹则一直藏于曾氏后人手中。 直到1963年，由曾国藩的曾孙曾约农在台湾世界书局把李秀成自述原稿影印本公布于世。较刻本多出９千多字，共计74页。
曾国藩为何要删改和撕去部分李秀成自述，他究竟害怕什么？即便内里有什么大逆不道甚至劝其反清的言词，那也是李秀成的自述，与曾国藩没有半毛钱的关系。并且，朝廷为何只让曾国藩将删改的内容抄送，而不是直接提交原文？李秀成是否与曾国藩达成某项协议，以换取不被凌迟处死？
著名史学家罗尔纲先生对《李秀成自述》作了全面研究后认为，曾国藩私自删改李秀成自述原稿的地方共有四处: 一是关于洪秀全的死因。自述中说洪秀全是病死的，而曾国藩却改成是因“官军猛攻，服毒而死”；
二是修改李秀成被俘一事。李秀成被俘时随身带有许多珍珠宝物，是被村民认出而将其押送交给湘军。 但曾国藩在原稿上用朱笔将其中7个字勾去，改为“遂被曾帅官兵拿获”，而抄送给朝廷的版本中，又改成“遂被曾帅追兵拿获”；
三是修改李秀成护送幼主洪天贵福突围的时间。原稿中写道: “初更之后，舍死领头冲锋，由九帅放倒城墙而出，君臣舍命冲出关来。”曾国藩将“初”字改为“四”字，将时间改为“四更”，即从傍晚更改到凌晨；
四是删改“天朝十误”中的第十误。原稿是:“误立政无章。误国误命者因十误之由而起，而性命无涯。”曾国藩直接用朱笔圈去。改为: “十、误不应专保天京，扯动各处兵马。”按罗尔纲先生的解释，这样一改，至少掩盖了李秀成被捕后曾与曾国藩进行过密议等。
早在曾国荃攻下天京后，清政府也想着希望能得到太平天国的藏宝，用以补充因连年征战而日渐虚空的国库。因此，派出僧格林沁和多隆阿到南京督促。但即便如此安排，不仅太平天国的藏宝查不出个子丑寅卯，就连曾国藩与李秀成密议的具体内容也不知晓。
而据清代赵烈文的《能静居士日记》记载，湘军“在伪天王府取出金银不资，即纵火烧屋以灭迹” 。1866年5月19日的《上海新报》上则报道: “曾国藩的夫人由金陵回湖南，护送的船只足有 200 多艘。”
两处记载虽有专家质疑其可信度，但也有认为，太平天国的藏宝，极有可能被曾氏兄弟分别藏于湖南娄底双峰县荷叶镇的富厚堂，和天坪村白杨坪的曾国藩两处故居。毕竟在广东的韶关，至今仍留有一座“曾氏银库”。天京之役后，曾国荃有感群疑众谤而辞官回乡，兄弟俩一手打造的湘军也在一两年内裁撤完毕。
同治九年七月二十六日(公元1870年8月22日)，两江总督马新贻亲临校场检阅武职操练时，被凶手张汶详刺杀身亡，即“刺马案”，此案亦被称作“清末四大奇案之一”。案情貌似简单，可背后涉及清末官场的各股势力交集，相互盘根错节异常复杂。
以至于出现了几度更换主审，同治皇帝甚至前所未有地在一天之内连发四道谕旨的情景。到了最后，案件又成了人人惟恐避之不及的烫手山芋。作为一同会审的江苏候补道孙衣言和山东候补道袁保庆，在案件奏结上奏中居然拒绝签字画押。
公元1871年3月26日，慈禧下达懿旨，确认凶手没有幕后指使，同意奏结，案件到此结束，凶手张汶详凌迟处死。诡异的一幕再次出现，本案主审之一由刑部指派的郑敦谨竟然从江宁直接回乡，称病辞官，拒绝回京复旨。
坊间一直流传，此案与曾国荃打下天京后发生的事件有莫大关系，嫌疑最大的，就是曾国藩。时至今日，“刺马案”的幕后主使仍停留在揣测中。追本溯源，晚清四大谜团，都与湘军攻陷天京后有关。
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