Day3 Linux环境下软件安装

一、Linux系统的App store

1.常用Conda、Anaconda、Miniconda
2.Miniconda满足绝大部分生信分析需求
3.Miniconda可搜索、安装、卸载、查看各类生信所需软件

二、Miniconda下载

1.清华镜像地址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
2.进入镜像地址，查看各版本Miniconda信息（64位还是32位）；
3.查看服务器是多少位，用uname -a
4.找到最新版本的下载链接；
5.定位到下载的文件夹，用wget 链接下载；

三、安装Miniconda

1.在下载好的文件夹，敲代码：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh(即下载好的Miniconda安装包名称)
2.出现版权信息就Enter，出现yes|no就敲yes，出现Enter就敲Enter
3.安装成功后激活conda，敲source ~/.bashrc
4.敲conda验证，如果出现一大段信息就是安装成功，如下图

conda命令出现的信息

5.如果没有就是失败，用rm -rf删除miniconda的目录，然后走上面流程，重新安装

四、添加镜像下载网站

添加镜像下载网站可以极大提升软件的下载速度，以下是添加清华镜像网站代码：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

五、Miniconda下载和卸载软件

1.查看当前软件：conda list
2.搜索软件：conda search 软件名
3.安装软件：
3.1 自动安装：conda install 软件名 -y
3.2 非自动安装：conda install 软件名 会以下出现提示

非自动安装

3.3 加版本号安装：conda install 软件名=x.xx.x(版本号) -y
4.卸载软件：
4.1 自动卸载：conda remove 软件名 -y
4.2 非自动卸载：conda remove 软件名 会出现以下提示

非自动卸载

六、设置Miniconda环境

1.设置环境的作用

不同项目可能需要同一软件的不同版本，设置不同的环境可以满足这一要求

2.查看Miniconda环境

conda info --envs

conda环境

3.建立一个RNASeq环境

创建环境的同时，安装fastqc、trimmomatic，指定Python版本为3
conda create -n RNASeq python=3 fastqc trimmomatic -y

建立环境后

4.激活conda环境

conda activate RNASeq

激活RNASeq环境