学习小组Day3笔记--行

今天思维迟钝了，感谢豆豆老师的引导。

Warning和error

被引用清华镜像时定的Warning给困住了，为了不再出现这样的失误，写下来时刻提醒自己。Error提示的是错误，需要修改，而Warning只是一种警告，是存在着潜在的危险，是可以不经过修改的时候,仍可以运行!

学习笔记

（参考https://m.umu.cn/session/pay?surl=1V74fd03c）

Miniconda的安装

1、下载
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2、安装
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
3、激活
source ~/.bashrc

使用清华镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

我在这里遇到了阻碍，被Warning给拦住了

(base) bio06@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
Warning: 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free' already in 'channels' list, moving to the top
(base) bio06@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
Warning: 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge' already in 'channels' list, moving to the top

去找解决办法的时候只注意到了要找怎么解决问题，豆豆老师和我说用cat ~/.condarc查看我就恍然大悟了，查看的结果我在找解决办法的时候已经见过了，但当时没有明白过来~

  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
  - defaults
show_channel_urls: true

这样的结果即是引用成功啦

使用conda

1. 查看当前所有软件列表
   conda list
   2、搜索软件
   conda search software
   3、安装软件
   conda install software -y默认安装最新版本
   conda install fastqc=版本号 -y指定安装软件版本号
   查看软件是否安装（这里也要感谢豆豆老师的引导）：
   conda list 软件名
   4、卸载软件
   conda remove software -y

conda环境管理

1、查看环境
conda info --envs (前面带*的就是默认的)
2、创建环境
conda create -n test python=3.6
（基于python3.6版本创建一个名字为test的python独立环境）
3、激活环境
conda activate test
4、退出环境
conda deactivate
5、删除环境
conda remove -n test --all